Liste des posters 2024
Cliquez sur l’icône pour visualiser le résumé du poster. Les pdf des posters seront accessibles post-manifestation.
► Les posters seront exposés pendant toute la durée du congrès du lundi 16 décembre 8h30 au mardi 17 décembre 16h30. Aucun poster ne sera renvoyé, les posters non récupérés seront détruits.

► L’ensemble du comité d’organisation et du comité de programme a décidé de continuer à valoriser les posters en proposant une séance spécifique de visite des posters le lundi 16 décembre de 14h15 à 15h00. Il est demandé aux présentateurs de se tenir devant leur poster pour présenter au jury leur travail en une minute et répondre aux éventuelles questions.
Les membres du jury procèderont à la sélection des Prix Posters qui seront remis lors de la Session de Remise des Prix le mardi 17 décembre de 14h15 à 15h00. Les lauréats se verront attribuer un montant de 750 euros.
► Afin de faciliter la lecture des posters, les dimensions suivantes sont conseillées : 80 cm de large sur 100 à 120 cm de haut.
 Le matériel de fixation sera fourni sur place.

Objectif - Introduction
La France et l’Europe connaissent, en 2024, une recrudescence des cas de coqueluche après 3 ans d’incidence quasi nulle. Nous décrivons ici l’épidémiologie des cas détectés au laboratoire Cerba de janvier à août 2024 en France alors que l’épidémie suit, depuis mi-juin, une nouvelle accélération communautaire.
 

 

Materiels
Du 1er janvier au 24 août, 51 959 prélèvements collectés sur le territoire national ont été testés par PCR (Viasure Bordetella RT PCR) permettant la détection différenciée de B.pertussis, B.parapertussis et B.holmesii. La date de prélèvement, l’âge, le sexe et le département des patients ont été analysés.
 

Resultats
Parmi les 48 607 patients présentant l’ensemble des informations nécessaires, 9 654 (19.9%) étaient positifs. Parmi eux, 290 (3,0%), 1499 (15,5%), 1881 (19,5%) et 2751 (28,5%) étaient respectivement âgés de 0-1 an, 2-5 ans, 6-10 ans et 11-25 ans, et 895 (9,3%) étaient des femmes en âge de procréer. Le nombre mensuel d’infections par B.pertussis a été multiplié par 4 entre janvier et août 2024 avec des taux de positivité passant de 6,5% à 26,6% malgré un ralentissement ponctuel en juin (figure 1). Cette épidémie est très largement dominée par la tranche d’âge des 0 à 25 ans qui représente la majorité des cas et les taux de positivité les plus élevés sur toute la période. Au sein des <25 ans, les 2-5 ans et les 6-10 ans présentent les taux de positivité les plus élevés (respectivement 48,9% et 52,2% en août) malgré le calendrier vaccinal visant à les protéger (i.e. obligation de primovaccination à 2 et 4 mois puis d’un rappel à 11 mois, et recommandation de rappel à 6 ans et à 11-13 ans (figure 2). La nouvelle accélération épidémique observée dès la semaine 25 chez les 2 à 10 ans n'est observée que 3 semaines plus tard chez les 0-1 an.
 

Conclusion
Cette étude montre une image actualisée de l’épidémie nationale d‘infection par B.pertussis en milieu communautaire. Les fortes prévalences observées dans les populations jeunes, qui semblent être le moteur de l’épidémie, posent la question de l’efficacité vaccinale. Une future étude spécifique parait nécessaire. En effet, la primovaccination est réalisée dans 2/3 des cas avec un vaccin dépourvu de pertactine, antigène présent dans la très grande majorité des souches de l’épidémie actuelle à la différence des souches circulant avant la pandémie COVID-19.
 

Mots cles
Bordetella pertussis
coqueluche
enfants
épidémie
 

Evolution du taux de positivité dans le temps

Taux de positivité par tranche d'âge dans le temps

Objectif - Introduction


Materiels
Nous avons analysé 4836 échantillons provenant de 7 départements différents région Occitanie ouest. 
Technique : SEEGENE Allplex Pneumobacter Assay. 
Bactéries recherchées: Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Haemophilus influenzae, Steptococcus pneumoniae. 
Période :  14 juin au 31 juillet 2024 
 

Resultats
C.pneumoniae, M.pneumoniae : circulation à bas bruit avec une prédominance de  M.pneumoniae (236) par rapport à C.pneumoniae (77). 
H.influenzae, S.pneumoniae : forte prévalence pour ces germes de la flore ORL largement au-dessus de 20%, dépassant les 30% pour H.influenzae.  
L.pneumophila : 0 échantillon positif. 

Conclusion


Mots cles
Epidémiologie moléculaire, bactéries respiratoires, coqueluche

Demande de PCR coqueluche et prévalence de Bordetella pertussis par âge

Objectif - Introduction
Depuis l’hiver 2023, des épidémies d'infections pulmonaires à Mycoplasma pneumoniae (Mp) et Bordetella pertussis (Bp) en pédiatrie nous ont incités à les documenter rapidement pour une prise en charge clinique optimale et débuter précocément un traitement par macrolides. Les panels multiplex sont intéressants car ils permettent de documenter l'infection virale ou bactérienne dans les 2 heures. Dans cette étude, nous avons évalué les performances du panel multiplex (MuP) QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 (QIAGEN*), testant 18 cibles dont Mp et Bp, en comparaison de 2 kits de PCR en temps réel VIASURE testant pour l’un 3 cibles bactériennes dont Mp (Mp-RT), pour l’autre 3 espèces de Bordetella  dont Bp  (Bp-RT).

 

Materiels
Entre octobre 2023 et juillet 2024, des écouvillons nasopharyngés ont été prélevés chez des enfants <.15 ans examinés aux urgences ou hospitalisés et présentant des symptômes pulmonaires. Les résultats de MuP pour la détection de Mp et de Bp ont été comparés à ceux des RT, à l'aide de l'outil statistique kappa (k).

 

Resultats
Sur les 175 et 69 échantillons prélevés pour Mp et Bp respectivement, 65 (37.1%) et 28 (40.6%) étaient positifs avec MuP pour Mp et Bp, Les résultats étaient concordants avec les RT dans 163 cas (93.1 %, k=0.85, IC95% : 0.76 – 0.93) pour Mp et 55 cas (79.7 %, k=0.54, IC95% : 0.35 – 0.74) pour Bp.  Les 12 discordances pour Mp (11 Mup +/RT- et 1 Mup-/RT+) et les 14 discordances pour Bp (Mup +/RT-)  concernaient des Ct> 30.

 

Conclusion
La concordance du panel MuP avec la RT est modérée pour Bp mais très bonne pour Mp. Sur les 12 discordances Mp, une seule était  Mup-/RT+ (Ct 38.4), montrant une plus grande sensibilité de MuP,  possiblement liée à un portage non responsable de la symptomatologie. MuP permet la détection simultanée de Mp et Bp avec un délai de rendu beaucoup plus rapide que la RT (2 H versus >= 12H), ce qui est un réel progrès pour la prise en charge des infections respiratoires en pédiatrie, notamment pour éliminer une infection bactérienne.  Cependant elle est beaucoup plus coûteuse, et devrait donc être réservée aux enfants des services d'urgence et aux cas graves à l'hôpital, afin de commencer immédiatement un traitement antibiotique efficace ou éviter un traitement inutile si le résultat est négatif.
.
 

Mots cles
Bordetella oertussis
Mycoplasma pneumoniae
PCR multiplexe

Objectif - Introduction
Dans un contexte de ré-emergence de cas d'infection à Mycoplasma pneumoniae (Mp) en 2023, les principaux objectifs de cette étude sont:
- Comparer les caractéristiques épidémiologiques et cliniques des cas d'infection à Mp diagnostiqués chez des adultes hospitalisés au CHU de Marseille (2023-2024) par rapport à celles des précédentes épidémies (2017-2022).
- Analyser les facteurs de risque d'infection à Mp sévère sur l'ensemble de notre cohorte de cas d'infection à Mp diagnostiqués chez des adultes hospitalisés au CHU de Marseille (2017-2024). 

Materiels
Une analyse rétrospective de séries de cas a été réalisée sur les patients adultes, admis au CHU de Marseille de juin 2017 à juin 2024, avec une PCR nasopharyngée et/ou respiratoire positive pour Mycoplasma pneumonie. Les présentations cliniques, biologiques et radiologiques, ainsi que l'évolution ont été analysées. Nous avons, dans un premier temps comparé les caractéristiques épidémiologiques et cliniques des infections à Mp entre 2017 et 2022 (période 1) avec l'épidémie actuelle (période 2). Nous avons, par la suite, déterminé les facteurs de risque d'infection à Mp sévère (pneumonie oxygénorequérante ou formes extrapulmonaires nécessitant une hospitalisation). 

Resultats
Au total, 202 patients ont été inclus, avec un sex-ratio de 1,7 et un âge moyen de 44 ans. Les caractéristiques cliniques, biologiques et radiologiques ne différaient pas significativement en analyse multivariée entre la période 1 (N=94) et la période 2 (N=108), hormis que les patients de la période 2 étaient moins oxygénorequérants et étaient moins fréquemment fébriles à l'admission. Les facteurs de risque indépendants d'infection sévère à Mp étaient l'âge, la présence d'une tachycardie, d'expectorations purulentes et de co-infection au moment du diagnostic. 

Conclusion
Au cours de l'épidémie actuelle (2023-2024), un plus grand nombre d'hospitalisations pour une infection à M. pneumoniae ont été observées au CHU de Marseille que pendant les cinq années précédentes. Les caractéristiques cliniques, biologiques et radiologiques demeurent comparables à celles des années antérieures. La co-infection constitue un facteur de risque de forme sévère renforçant l'intérêt de l'utilisation de panels syndromiques.

Mots cles
Mycoplasma pneumoniae; émergence; PCR; pneumonie

Objectif - Introduction
La mucoviscidose est causée par des mutations du gène de la protéine CFTR. Pour la majorité des patients qui y sont répondeurs, le traitement par ivacaftor-tezacaftor-elexacaftor (Kaftrio, ETI) entraine une nette amélioration de leur état respiratoire et une relative diminution ou disparition rapide des sécrétions bronchiques. L’examen cytobactériologique des crachats (ECBC) est l’examen de référence pour analyser leur colonisation bactérienne bronchique. L’écouvillon oropharyngé (EO) pourrait être une solution pour évaluer la flore bronchique chez les patients devenus non sécrétants et donc non expectorants y compris après une séance de kinésithérapie respiratoire. Dans notre hôpital, les patients n’arrivant pas à expectorer ont eu systématiquement un EO. Le but de cette étude est d’évaluer l’apport de l’EO chez les patients sous ETI.

Materiels
Dans cette étude rétrospective, tous les patients suivis au CRCM depuis au moins 1 an avant la mise sous ETI ont été inclus. Trois périodes ont été analysées: les années n-1, n+1, n+2 autour de la mise sous ETI. Les données colligées chaque année ont été : nombre de consultations et d’hospitalisations, nombre d’ECBC et d’EO, prélèvements positifs à S. aureus, P. aeruginosa, Stenotrophomonas spp,  Burkholderia spp et Achromobacter spp.

Resultats
63 patients ont été inclus entre février 2020 et aout 2023. Parmi eux, des données étaient disponibles chez 54 patients pour l’année n+2. Les patients ont été vus en consultation de pneumologie en moyenne 5,3, 4,7 et 3,7 fois par an respectivement les années n-1, n+1 et n+2. Le nombre moyen d’hospitalisation annuelle était de 0,8, 0,4 et 0,2 respectivement les années n-1, n+1 et n+2. Le nombre moyen d’ECBC et de EO par patient était respectivement de 5,6 et 0,4 l’année n-1, 3 et 1,6 l’année n+1 et 2,2 et 1,5 l’année n+2. L’ECBC seul permettait de mettre en évidence la colonisation par au moins une bactérie pathogène chez 67% des patients l’année n+1 et 54% des patients l’année n+2. L’ECBC et l’EO permettaient de mettre en évidence une colonisation chez 84% (p=0,04 vs ECBC seul) l’année n+1 et 74% l’année n+2 (p=0,04).

Conclusion
L’utilisation de l’EO en remplacement de l’ECBC quand celui-ci n’est pas réalisable améliore la détection de la colonisation par les pathogènes respiratoires après traitement par ETI.

Mots cles
Mucoviscidose, Kaftrio, écouvillon oropharyngé, expectoration

Objectif - Introduction
Haemophilus influenzae est l’une des principales bactéries du nasopharynx pouvant causer des infections en particulier chez les enfants. Le changement du profil bactériologique des souches d’H.influenzae responsables d’infections, ainsi que l’absence des données épidémiologiques en Algérie sur le portage de cette bactérie, soulignent la nécessité de déterminer la prévalence du portage nasopharyngé d’H.influenzae chez les enfants de moins de 5 ans asymptomatiques et d’étudier le profil de sensibilité aux antibiotiques.

Materiels
Des prélèvements nasopharyngés ont été collectés chez les enfants au niveau de la PMI du CHU Mustapha à Alger, durant une période de 4 mois allant de 03 Mars au 20 Juin 2024 et analysés au Laboratoire Central de Biologie Médicale (LCBM) à l’EHS EL HADI FLICI (Ex El Kettar). H.influenzae a été identifié par des méthodes microbiologiques standards. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée par méthode de diffusion des disques et la détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) à l’ampicilline par E-test conformément aux recommandations du Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) 2020. Le sérotypage a été effectué par l’agglutination au latex spécifique du sérotype b. La détermination du biotype s’est faite par la recherche d’urée, indole et ornithine décarboxylase.

Resultats
Parmi 159 enfants inclus, 24 (15,1%) étaient porteurs d’Haemophilus spp. avec 16 (10,1%) souches identifiées H.influenzae. Toutes les souches d’H.influenzae étaient de sérotype non b et de biotype différent. La résistance à l’ampicilline était de 37,5% (n=6) par production de pénicillinase (n=3) et modification de PBP3 (BLNAR) (n=3). Les CMI de l’ampicilline étaient entre 1 et 4 µg/ml chez 2 souches et ≥4 µg/ml chez 4 souches. Aucune résistance à l’amoxicilline/acide clavulanique et au céfotaxime n’a été détectée. Six souches étaient résistantes à trimétroprime-sulfaméthoxazole.

Conclusion
Cette étude, la première en Algérie, fournit un premier aperçu sur le taux de portage nasopharyngé d’H.influenzae chez les enfants et la résistance aux antibiotiques, notamment aux bêtalactamines. Des enquêtes de portage doivent être poursuivies régulièrement afin d’assurer une surveillance épidémiologique.

Mots cles
Nasopharynx, enfants de moins de 5ans, Haemophilus infuenzae, sérotype non b, BLNAR/pénicillinase.

Objectif - Introduction
Analyser les données de résistance aux antibiotiques et les sérotypes des souches de pneumocoque (Sp) isolées d’infections invasives (IIP) entre 2009 et 2023 dans l'Observatoire Régional du Pneumocoque (ORP) Pays de la Loire.

Materiels
Les souches isolées de liquide cérébro-spinal (LCS) et d’hémocultures chez l’enfant (E) et l’adulte (A) ont été étudiées pour leur résistance à pénicilline G (PEN), à l’amoxicilline (AMX) et au céfotaxime (CTX) et interprétés selon les recommandations du CASFM/EUCAST 2023. Le sérotypage a été réalisé par le CNRP sur un quota de souches. Nous avons analysé l’année 2009, année avant l’introduction du PCV13 en France puis toutes les années impaires jusqu’en 2023.

Resultats
Entre 2009 et 2015, nous avons observé un diminution importante du nombre de souches de Sp, à la fois chez l’A et chez l’E, suivie d’une augmentation jusqu’en 2019, d’une nouvelle baisse liée à la pandémie de COVID puis d’une ré-augmentation en 2023.
La résistance à la PEN reste globalement stable ces dernières années. Concernant les LCS, en 2023, 7% des souches de Sp isolées chez l’A étaient résistantes à l’AMX mais aucune au CTX. Dans les HEM, en 2023, aucune souche résistante à l’AMX ou au CTX n’a été observée, que ce soit chez l’A ou chez l’E.
En 2023, les sérotypes du vaccin PCV13 ne représentent plus que 27% des souches de Sp isolées d’IIP chez l’A et 0% chez l’E. Chez l’A, la plus grande couverture vaccinale est obtenue avec le PPV23 (73%), suivie du PCV20 (64%). Chez l’E, le nouveau vaccin PCV15 couvre 28% des souches de Sp isolées d’IIP et le PCV20, 67%, mais l’effectif est faible (n=17). Chez l’A, les sérotypes 3 et 19A restent encore très présents, ils représentent 24% des souches isolées d’IIP. De plus, on note une augmentation majeure du sérotype 8 qui représente en 2023 17% des souches isolées. Tous ces sérotypes sont compris dans le vaccin PPV23 et dans le PCV20.

Conclusion
La poursuite de la surveillance du pneumocoque par les ORP apparaît indispensable du fait de la variation rapide des sérotypes impliqués et de l’évolution des résistances associées, en particulier depuis l’introduction des nouveaux vaccins, notamment PCV15 et PCV20.

Mots cles
Observatoires Régionaux du Pneumocoque (ORP) ; Pays de la Loire ; épidémiologie pneumocoque ; résistance ; sérotypes

Objectif - Introduction
La tuberculose est l’une des 10 premières causes de mortalité dans le monde et entraîne 1,8 M de décès chaque année. L’infection tuberculeuse latente (ITL) est définie comme un état de réponse immunitaire persistante à la stimulation par les antigènes de M. tuberculosis sans signes cliniques d’une tuberculose maladie. Le diagnostic de l’ITL s’effectue à l’aide d’un test cutané à la tuberculine (TCT) ou de tests Interféron Gamma Release Assay (IGRA). Au laboratoire Eurofins-Biomnis les tests IGRA sont réalisés avec le kit Quantiféron Gold Plus, Qiagen® (QTF). Les demandes de QTF au sein de notre laboratoire ne cessent de croître ces dernières années (en moyenne +24%/an sur les 3 dernières années). Fin 2022, l’Assurance Maladie a ajouté la mention « exposition documentée à un cas index sujets > 15 ans », dans la liste des indications pour lesquelles les tests IGRA sont pris en charge (JO 16.12.2022). L’objectif de ce travail était d’évaluer l’impact de la parution de ce Journal Officiel sur la prescription des tests IGRA.

Materiels
Pour cette étude rétrospective nous avons extrait les données suivantes de QTF (Quantiféron Gold Plus, Qiagen®) reçus au laboratoire Eurofins-Biomnis sur la même période (février à avril inclus) pour les années 2022 et 2023 : indication de prescription (cf tableau 1) et résultat du test QTF. Ont été exclus les dossiers pour lesquels l’indication de prescription n’était pas renseignée. Nous avons déterminé les % de croissance entre les deux périodes et comparé les % de QTF positifs sur les 2 périodes étudiées.

Resultats
Les résultats sont synthétisés dans le tableau 2.

Conclusion
Nous observons une croissance majeure de la prescription de QTF pour l’indication « exposition à un cas index » (+157.30%) entre les deux périodes. Ces résultats sont en faveur d’un impact positif et immédiat de l’ajout d’une nouvelle indication de remboursement des tests IGRA par l’Assurance Maladie. En outre nous observons une diminution globale du nombre de QTF positifs ainsi qu’une baisse significative du % de QTF positifs entre les deux périodes. Ceci pourrait être le fruit de la stratégie de l’OMS de 2015 visant à réduire de 90% l’incidence de la tuberculose d’ici à 2035 (la prévention de la tuberculose évolutive par le traitement de l’ITL est une composante essentielle de la stratégie de l’OMS pour mettre fin à la tuberculose).

Mots cles
ITL, IGRA, tuberculose

Tableau 1. Les différentes indications de la prescription des tests IGRA

Tableau 2. Synthèse des résultats

Objectif - Introduction
Le diagnostic bactériologique de nocardiose repose principalement sur la culture qui s’avère longue et fastidieuse. La PCR BactoReal® Nocardia spp. à usage vétérinaire est le seul test de PCR en temps réel commercialisé disponible pour la détection des Nocardia. L’objectif de ce travail a été d’évaluer rétrospectivement les performances de ce kit sur des prélèvements respiratoires enrichis artificiellement en Nocardia et en bactéries apparentées.

Materiels
Dans un premier temps, le kit a été évalué sur 46 échantillons (23 LBA et 23 crachats) qui ont été artificiellement enrichis à partir de culture de Nocardia. Au total, 15 souches de Nocardia caractérisées (10 espèces différentes) et huit autres bactéries appartenant à la classe des Actinomycetes (4 Actinomyces sp., 3 Gordonia sp. et 1 Detzia) ont été utilisées avec 2 inocula différents (106 et 103 UFC/ml). Dans un second temps, 23 prélèvements cliniques primaires incluant 2 positifs à Nocardia ont été rétrospectivement testés. Chaque échantillon a été extrait en Qiasymphony (DSP Virus/pathogen kit, QIAGEN) et la PCR en temps réel a été réalisée sur Applied 7500 (ThermoFisher) à l’aide du kit BactoReal® Nocardia spp.

Resultats
Tous les prélèvements enrichis en Nocardia ont été détectés positifs par la PCR, quelle que soit l’espèce testée [Cycle Threeshold (Ct) 19,4-29,7]. Dans les LBA et les crachats enrichis en Nocardia, la moyenne des Ct était de 23,4 (20,8-26,2) et 24,7 (19,4-27,3) pour les inocula à 106 UFC/ml et de 26,1 (23,9-28,0) et 27,3 (24,5-29,7) pour les inocula à 103 UFC/ml, respectivement. Les inocula de Nocardia spp. à 106 UFC/ml avait un Ct significativement plus bas que ceux à 103 UFC/ml. (Fig.1). Dans les LBA enrichis avec d’autres genre bactériens (Actinomycetes), des amplifications tardives étaient observées [moyenne des Ct : 37,7 (32-46)] pour un inoculum de 106 UFC/ml.
Les 2 prélèvements positifs en culture/examen direct avaient une PCR positive avec un Ct à 33,1 et à 28 et les 21 restants négatifs en culture étaient négatifs en PCR.

Conclusion
La PCR BactoReal®Nocardia spp. est une technique très sensible et pourrait être positionnée en première intention chez les patients suspects de nocardioses pulmonaires avant la culture. Une évaluation prospective des performances du kit à partir des prélèvements cliniques est en cours.

Mots cles
Nocardia spp. – Diagnostic moléculaire – Actinomycetes

Figure 1 : Comparaison des Ct entre les différents inocula des prélèvements enrichis en Nocardia et en bactéries apparentées (autres actinobactéries).

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
infection ostéoarticulaire
microbiologie
matériel d'ostéosynthèse

Objectif - Introduction
Les infections ostéoarticulaires sur matériels (IOAM) présentent un risque élevé d’échec thérapeutique et de morbidité à long terme, avec une évolution fréquente vers la chronicité ou la récidive. L'antibiothérapie est un pilier fondamental de la prise en charge des infections ostéoarticulaires (IOA). Une antibiothérapie adaptée est cruciale pour favoriser la guérison, éviter les complications, et limiter les risques de rechute.

Materiels
Étude rétrospective sur une période de cinq ans (2019-2023), réalisée au Centre de Traumatologie et des Grands Brûlés de Tunis. Tous les prélèvements ostéoarticulaires provenant de patients suspects d’IOAM ont été inclus. L'identification des bactéries a été effectuée par les méthodes conventionnelles. L'antibiogramme a été réalisé par diffusion en milieu gélosé (selon les recommandations CA-SFM annuellement révisées).

Resultats
Sur les 495 prélèvements effectués, 624 souches bactériennes ont été isolées, avec un taux de positivité de 80,5 %. Les infections ostéoarticulaires polymicrobiennes représentaient 38,7 % des cas. Staphylococcus aureus était l'agent pathogène le plus fréquemment identifié (20,3 %), suivi de Klebsiella pneumoniae (Kp) (14,6 %) et des staphylocoques à coagulase négative (SCN) (12,8 %). Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii représentaient respectivement 9 % et 6,1 % des souches. Le taux de résistance à la méticilline était de 21,1 % pour S. aureus, contre 55,9 % pour les SCN p < 0,0001). Toutes les souches de Staphylococcus spp étaient sensibles aux glycopeptides, au linézolide, et à la tigécycline. Concernant Kp, les taux de résistance au céfotaxime, à la pipéracilline-tazobactam et à l’imipénème étaient de 66,7 %, 64,1 % et 16,1 %, respectivement. De plus, 53,5 % des souches étaient résistantes à la gentamicine et 73,7 % à la ciprofloxacine. Deux souches ont montré une résistance à la colistine. P. aeruginosa présentait des résistances à la ceftazidime et à l’imipénème dans 16,7 % et 18,3 % des cas, respectivement. Plus de 90 % des souches d’ A. baumannii étaient résistantes au ceftazidime, à l’imipénème, à la ciprofloxacine et à la gentamicine, avec une seule souche résistante à la colistine.

Conclusion
Une surveillance continue des infections ostéoarticulaires sur matériel est essentielle pour orienter l'antibiothérapie probabiliste et améliorer le pronostic des patients.

Mots cles
Infections dues aux prothèses, Antibiorésistance

Objectif - Introduction
Le diagnostic des infections ostéo-articulaires sur prothèse (IOAP) peut constituer un challenge. L’identification de biomarqueurs articulaires s’avère une option pour optimiser le diagnostic et la prise en charge des patients. L’objectif de cette étude est l’évaluation des performances de la calprotectine et de la CRP articulaires dans le diagnostic des IOAP.

Materiels
D’Avril 2022 à Juin 2024, tout patient adulte bénéficiant d’une ponction pré ou per-opératoire sur prothèse était inclus dans cette étude monocentrique puis multicentrique prospective, non interventionnelle. Les patients ayant eu une pose de prothèse datant de moins de 3 mois ou présentant une maladie inflammatoire systémique étaient exclus. Pour chaque liquide articulaire (LA), un dosage de calprotectine (Optilite® Bühlmann, seuil de référence < 50 mg/L) et de CRP articulaire (cobas®800 Roche, seuil de référence < 8,8 mg/L) étaient effectués. Les patients étaient considérés comme infectés (groupe IOAP) ou non infectés (groupe non IOAP) suite à la décision de la RCP IOA.

Resultats
136 patients ont été inclus. 54 patients ont été exclus (quantité insuffisante de LA ou absence d’adhésion aux critères d’inclusion). 58 LA étaient issus d’une reprise chirurgicale (70,7%, 58/82) et 24 LA d’une ponction à visée diagnostique (29,3%, 24/82). Les patients inclus étaient majoritairement des hommes 70,7% (58/82), avec un âge médian de 70,5 ans. 49 patients (59,8%, 49/82) ont été considérés comme présentant une IOAP suite à la RCP IOA.  Les performances de ces deux paramètres sont présentées dans les Figures 1 et 2. Les sensibilité, spécificité, VPP et VPN de la calprotectine articulaire étaient respectivement de 98%, 66,7%, 81,4% et 95,7% et celles de la CRP articulaire étaient de 81,6%, 78,8%, 85,1% et 74,2%.

Conclusion
Dans cette étude un patient avait une valeur faussement négative de calprotectine. Il s’agissait d’un patient admis pour un deuxième temps chirurgical (2T) avec plusieurs prélèvements positifs à Cutibacterium acnes. Certains auteurs ont rapporté lors des 2T que Cutibacterium acnes pouvaient persister en intra-osseux expliquant le faible inoculum bactérien et le déficit de performance des biomarqueurs synoviaux. Malgré ce cas, ces résultats montrent l’intérêt de la calprotectine pour ses excellentes sensibilité et VPN.

Mots cles
Calprotectine-CRP articulaires

Dosage de la calprotectine synoviale chez les patients infectés et non infectés et courbe ROC.

Dosage de la CRP synoviale chez les patients infectés et non infectés et courbe ROC.

Objectif - Introduction
La tuberculose demeure la principale cause de spondylodiscites infectieuses en Tunisie. Le diagnostic de certitude de cette maladie est exclusivement bactériologique.
L’objectif de notre travail était de comparer les moyens de diagnostic bactériologique de la spondylodiscite tuberculeuse.

Materiels
Étude transversale menée sur 10 ans (2013-2022), portant sur les prélèvements de biopsies disco vertébrales (BDV) et les ponctions d’abcès du psoas compliquant une spondylodiscite reçus au laboratoire de Microbiologie du CHU farhat hached de Sousse à visée d’étude mycobactériologique.
L’examen direct (ED) et la culture étaient systématiquement effectués. La PCR était indiquée en cas de doute diagnostic ou de suspicion de tuberculose multirésistante. La technique de PCR utilisée était la PCR en temps réel (qPCR) par le GeneXpert MTB/RIF.
La sensibilité et la spécificité de l’ED et de la qPCR étaient comparées à la culture considérée la technique de référence.

Resultats
Nous avons colligé 111 prélèvements. Une prédominance féminine était notée avec un sexe ratio H/F= 0,6. Les services les plus pourvoyeurs étaient le service de rhumatologie (38%) suivi par le service des maladies infectieuses (25%). Les prélèvements reçus étaient à type de BDV (n=79 ;71 %) et de ponctions d’abcès du psoas (n=32 ; 29%).
La culture était positive pour 8 prélèvements, considérés les vrais positifs de notre étude (taux de positivité: 7,2%). Ce taux de positivité était variable selon la nature du prélèvement ostéoarticulaire toutefois la différence était non significative (BDV : n=6; 7,6% versus ponction d’abcès du posas : n=2 ; 6,3% ; p=1).
Un seul ED était positif, issu d’une ponction d’abcès du psoas, déterminant ainsi une sensibilité de l’ED de 12,5% et une spécificité de 100 %.
La qPCR était réalisée pour 64 prélèvements (57,6%) dont 8 étaient positifs présentant une sensibilité et une spécificité absolues (100 %).  

Conclusion
L’apport de la PCR en temps réel par GeneXpert s’avère être extrêmement important pour le diagnostic de la spondylodiscite tuberculeuse. Toutefois, le recours aux techniques conventionnelles notamment la culture, demeure indispensable.

Mots cles
Spondylodiscite, tuberculose vertébrale, biologie moléculaire.

Objectif - Introduction
L'évaluation des méthodes de traitement des échantillons périprothétiques est difficile, en partie à cause de la variabilité des échantillons adressés pour analyse. Nous présentons un modèle in vitro permettant de caractériser la quantité de bactéries vivantes et d'ADN bactérien récupéré dans les tissus animaux solides et la performance des dispositifs approuvés CE-IVD disponibles.

Materiels
Des stocks titrés de Staphylococcus aureus ont été préparés. Des échantillons ont été préparés à partir de côtes de veau bouchères. L'extrémité costo-sternale des os a été découpée en segments de 1 cm de large à l'aide d'une scie à chantourner et des fragments de 1 cm de long ocoupés aux extrémités supérieure et inférieure de l'os. Un canal a été percé à l'aide d'une aiguille mousse de 18G à travers l'os spongieux en respectant la barrière corticale. 2 x 10⁴ UFC ont été injectés dans le canal et l'ouverture obstruée par un bouchon d'alginate. Les échantillons ont été placés dans les dispositifs de dissociation et sur les instruments appropriés : TISSUtainer Diagante sur broyeur Retsch MM400 ; UTX001 Labellians sur IKA UltraTurrax ; ProbeAxe Evolution Axonlab sur Spinax Axonlab. 500 µl des suspensions ont été ensemencées au rateau sur des géloses chromogènes sélectives pour S. aureus (SAIDE) et les UFC dénombrées après 24 heures. 200µl de la suspension ont été utilisés pour la détection moléculaire à l'aide d'une qPCR Spa spécifique de S. aureus.

Resultats
L'os utilisé pour l'étude était lourdement contaminé mais exempt de S. aureus lors de l’extraction des échantillons contrôles. Le pourcentage de récupération bactérienne (UFC par organe/UFC inoculumx100) a varié de 30 % à 95% selon les dispositifs utilisés. Les dispositifs de broyage mis en œuvre proposaient des volumes de resuspension différents et les résultats sont exprimés par échantillon et non en concentration. Les ratios des Ct obtenus par qPCR reflétaient les résultats obtenus par culture.

Conclusion
Le taux de récupération des bactéries est fortement influencé par la methode de broyage employée. La pertinence clinique de ces résultats in vitro doit être confirmée par un essai clinique prospectif dans un contexte réel d'infections ostéo-articulaires.

Mots cles
Prosthetic joint infection
Sample preparation
Infection
Disruption
In vitro Diagnostic 

Performance d'extraction bacterienne des dispositifs évalués

Objectif - Introduction
Le COL.BVH a réalisé une enquête de pratiques afin de décrire et comparer les habitudes de chaque structure sur le diagnostic biologique des infections sur matériel autre qu’intravasculaire. 

Materiels
Un questionnaire a été adressé en avril 2024 aux 180 biologistes adhérents au COL.BVH. 

Resultats
39 LBM ont répondu, soit 99 structures hospitalières. 

Concernant les infections sur matériel endo-urinaire, 41% des LBM ont modifié leurs pratiques suite aux dernières recommandations. Pour 53%, les renseignements cliniques sont signalés par les services. 62% des LBM ne réalisent pas d'antibiogramme ciblé. 21% ne font pas la leucocyturie pour les ECBU recueillis sur matériel. Si plus de 3 germes en culture en vue d'un changement de sonde urétérale ou avant une chirurgie, les identifications et antibiogrammes sont réalisés peu importe la quantité (38%), sur les 2 espèces majoritaires avec risque de résistances (33%). Sur sonde à demeure chez un patient avec symptomatique, 44% demandent un nouveau prélèvement.  

Concernant les infections orthopédiques sur matériel, 92% reçoivent plus de 3 prélèvements (5: 59%; 4: 10%; 3: 23%). 28% des LBM ont des codes d'enregistrements différents (avec/sans matériel). 46% les traitent 24h/24 ;?59% 7j/7, sinon les échantillons sont conservés à 4°C (84%). 79% broient à l’aide d’un homogénéiseur-disperseur, 38% la biopsie est mise dans le tube dès le bloc. 34% des LBM utilisent 2 jeux de géloses, 51% lisent les boîtes sous PSM. La majorité incube 5 j les milieux solides aérobies, 14 j les anaérobies et liquides. 54% des LBM repiquent les milieux liquides systématiquement. Les variants microcolonies sont recherchés systématiquement (51%), avec 2 antibiogrammes distincts (28%). L’antibiogramme des staphylocoques non aureus (même espèce/morphotype) est réalisé sur tous les prélèvements positifs (51%) ou sur 2 (31%). 

Concernant les prélèvements pour suspicions de PAVM, 50% les traitent 24h/24, 64% 7j/7, 77% quelle que soit la qualité de l’échantillon. Les aspirations et les LBA sont les plus fréquemment prélevés. 82% des LBM utilisent les seuils pour interpréter les cultures. 69% font des PCR syndromiques ciblant la sphère respiratoire basse, prescription protocolisée pour 54%.

Conclusion
Globalement, les pratiques sont hétérogènes selon les structures et peu protocolisées, malgré des recommandations existantes (REMIC).

Mots cles
Enquête de pratiques, diagnostic biologique, matériel

Objectif - Introduction
C. acnes est impliqué dans différentes pathologies cutanées chroniques inflammatoires mais surtout lors d’infections sur matériel (prothèses d’épaule et instrumentations rachidiennes).
L’objectif de cette étude était d’évaluer par microdilution, l’activité de 12 antibiotiques (pénicilline G, amoxicilline, pipéracilline/tazobactam, ceftriaxone, vancomycine, daptomycine, dalbavancine, clindamycine, doxycycline, lévofloxacine, linézolide, rifampicine) sur une collection d’isolats de C. acnes afin d’en déterminer les CMI et éventuellement d’interpréter en catégorisation clinique: sensible à dose standard, sensible à forte posologie ou résistant.
 

Materiels
484 isolats de C. acnes ont été sélectionnées au CHU de Nantes dont 2 souches de référence (C. acnes ATCC6919 et ATCC11827). Des CMI en milieu liquide ont été réalisées en utilisant des microplaques Sensititre associé à l’automate Thermo Vizion.
 

Resultats
L’origine et la répartition des souches incluses sont détaillées dans le tableau 1. La pénicilline G et l’amoxicilline sont les β-lactamines ayant les CMI50 et CMI90 les plus basses (0,015 mg/L-0,03 mg/L et 0,06 mg/L-0,12 mg/L respectivement). Les CMI de la vancomycine sont plus élevées avec des CMI50 et CMI90 de 0,25 mg/L et 0,5 mg/L (Fig1).
70% des souches avaient une CMI de clindamycine de 0,06 mg/L et 19 souches sont résistantes avec une CMI >4 mg/L. Enfin, 11 souches présentent des CMI plus élevées entre 1 et 4 mg/L. 86,6 % des souches ont des CMI de doxycycline comprises entre 0,12 et 0,25 mg/L. Enfin, la rifampicine présente des CMI50/CMI90 identiques à 0,015 mg/L (Fig2).
 

Conclusion
Les souches de C. acnes s’avèrent très sensibles aux antibiotiques. Les CMI d’amoxicilline sont relativement basses. Cependant 2 souches présentent des CMI élevées (4-8 mg/L) non retrouvées en bandelettes Etest. Au regard de son activité in vitro sur le biofilm, cette molécule constitue une bonne alternative. Ce travail a permis d’obtenir une base de données robuste et complète avec des valeurs de concentrations critiques par la technique de référence microdilution. Il pourrait permettre de fournir une base pour définir des concentrations critiques pour les antibiotiques non encore présents dans le CA-SFM.
 

Mots cles
CMI, antibiogrammes, microplaque, concentrations critiques, C. acnes

Figure 1 : Comparaison de la distribution des CMI de la Pénicilline G, de l’Amoxicilline, de la Ceftriaxone, de l’association Pipéracilline -tazobactam, de la Vancomycine, de la Dalbavancine pour les 484 souches de Cutibacterium acnes

Figure 2 : Comparaison de la distribution des CMI de la Clindamycine, du Linézolide, de la Lévofloxacine, de la Daptomycine, de la Doxycycline et de la Rifampicine pour les 484 souches de Cutibacterium acnes.

Table 1 : Origine et répartition des souches cliniques de C. acnes sélectionnées. *Souches mutantes : provenant de Takoudju et al., 2017 ainsi que de Furustrand Tafin et al., 2015.

Objectif - Introduction
Alors que 20% des hommes souffriront d’une infection urinaire masculine (IUm) au cours de leur vie, les données microbiologiques (étiologie bactérienne, profils de résistance) sont très limitées, notamment en France. Dans le cadre de l’actualisation des recommandations sur la prise en charge des IUm aiguës de l’adulte en ville, l’objectif de cette étude multicentrique a été de décrire l’épidémiologie bactérienne actuelle des IUm en France avec le profil de sensibilité aux ATB des 7 espèces les plus fréquentes.

Materiels
Cette étude rétrospective multicentrique (n = 15 centres) incluait, après dédoublonnage, tous les ECBU mictionnels (ou sondages aller-retour) prélevés chez les patients adultes aux urgences ou en ville entre 2019 et 2023, idéalement avec une leucocyturie significative (>104/mL). L’identification était réalisée par spectrométrie de masse MALDI-TOF dans tous les centres. Les antibiogrammes étaient réalisés par diffusion sur milieu gélosé ou par méthode semi-automatisée (Vitek2, bioMérieux ; Phoenix, Becton Dickinson ; Microscan WalkAway, Beckman Coulter) selon les centres, avec interprétation en suivant les recommandations du CA-SFM/EUCAST.

Resultats
Au total, 38 174 espèces bactériennes ont été isolées, dont les plus fréquentes étaient Escherichia coli (40,1%), Enterococcus faecalis (13,2%), Klebsiella pneumoniae (7,9%), Proteus mirabilis (5,8%), Pseudomonas aeruginosa (4,7%), Staphylococcus aureus (3,6%) et Enterobacter cloacae complex (3,2%). La prévalence de la résistance aux différents antibiotiques chez ces espèces est indiquée dans le Tableau 1. Concernant les bactéries multi-résistantes, il y avait dans la collection : 8,8%, 22,8%, 1,0% et 19,3% des souches d’E. coli, K. pneumoniae, P. mirabilis et E. cloacae complex productrices de β-lactamases à spectre étendu (BLSE), respectivement ; 20,4% de S. aureus résistants à la méticilline (SARM) ; <0,5% d’entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) ; <0,5% d’entérocoques résistants à la vancomycine (ERV).

Conclusion
Cette étude française apporte des données récentes et inédites sur l’épidémiologie bactérienne dans les IUm, ce qui sera très utile pour l’actualisation des recommandations de prise en charge de ces infections fréquentes.

Mots cles
IU, prostatites, épidémiologie, résistance.

Tableau 1. Prévalence (en %) de la résistance aux antibiotiques chez les principales espèces bactériennes isolées.

Objectif - Introduction
La pyélonéphrite aiguë (PNA) sur dérivation urinaire externe après cystectomie demeure une complication inhérente de cette chirurgie radicale. Le but de notre étude est de déterminer l’écologie bactérienne et le profil de résistance aux antibiotiques au cours des PNA chez les patients opérés par cystectomie radicale avec dérivation urinaire externe non continente (Bricker et urétérostomie).

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective monocentrique incluant 74 patients ayant eu une PNA après cystectomie radicale avec dérivation urinaire externe entre 2013 et 2021. Nous avons décrit les données cliniques, les moyens diagnostiques, les résultats des investigations bactériologiques et les moyens thérapeutiques.
L’identification bactérienne a été effectuée selon les méthodes conventionnelles, l’étude de la sensibilité aux antibiotiques par l’étude des antibiogrammes.

Resultats
L’âge moyen était de 58,9 ans avec 87% de genre masculin. Une dérivation urinaire par Bricker avait été réalisée dans 65% des cas contre 35% d’urétérostomie cutanée. Le délai moyen de survenue d’une PNA était de 401 jours (1-6205). Le nombre moyen d’épisode de PNA était de 1,58 (1-9). Dans 25% des cas les patients avaient un ECBU pré-opératoire positif. Un ECBU a été réalisé dans 50% des cas lors de la PNA. Un germe a été isolé dans 51% des cas (ECBU et/ou hémocultures) dont 74% d’entérobactéries (-) avec une prédominance d’E.Coli (34%). Le taux de germes BLSE était de 16%. Le taux de résistance aux fluoroquinolones et aux carbapénèmes étaient respectivement de 19 et 6%. Le recours aux carbapénèmes a été nécessaire chez 30% des patients.

Conclusion
Le profil bactériologique des PNA sur dérivation urinaire externe rejoint celui des infections urinaires communautaires. L’isolement de germes dans les prélèvements bactériologiques permet une utilisation plus rationnelle des antibiotiques devant l’émergence de résistances aux fluoroquinolones et aux carbapénèmes.

Mots cles
Pyélonéphrites aiguës -dérivation urinaire externe - cystectomie- résistance bactérienne
 

Objectif - Introduction
Les infections urinaires (UI) sont les infections bactériennes les plus communes. Un diagnostic rapide et fiable est essentiel pour limiter les complications, représentant 20% à 30% des septicémies.
La gélose CHROMID^® CPS^®Elite (CPSE) est un milieu chromogénique permettant l’identification directe d’Escherichia coli et l’identification présomptive des espèces Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia (KESC) et Proteus, Morganella Providencia (PMP).
L’automate Colibri™ automatise de façon fiable et rapide, le prélèvement et le dépôt de colonies à des fins d’analyses d’identification par spectrométrie de masse (MALDI-TOF).
Dans cette étude, les performances d’identification VITEK^®MS PRIME pour des espèces de KESC et PMP ont été évaluées à partir de colonies isolées sur gélose CPSE à 12h et 19h d’incubation.et préparé par Colibri^TM.

Materiels
Un total de 54 souches (24 KESC et 30 PMP) a été inoculé sur gélose CPSE et incubé dans le WASPLab^® pendant 12h et 19h.
Aux deux temps d’incubation, les colonies typiques ont été préparées par l’automate Colibri™ pour l’identification VITEK^®MS PRIME. Les résultats ont été comparés à l’identification génomique. En cas de discordance, les souches ont été retestées en duplicata pour chaque temps.

Resultats
Au total, 68 résultats d’identification ont été générés, incluant les re-tests. A 12h d’incubation, le taux d’identification correct était de 91,2% comparé à 95,2% à 19h. Aucune erreur d’identification n’a été observée à 12h, toutefois 3 souches (6 dépôts) ont été non identifiées (2 E.cloacae complex and 1 E.hormaechei ssp). A 19h, 1 souche a été non identifiée (C.koseri) et 2 souches ont été mal identifiées (1 E.cloacae complex and 1 P.penneri).Le test statistique de Chi2 a été appliqué pour chaque catégorie et aucune différence significative n’a été démontré.

Conclusion
L’association du milieu CHROMID^®CPSE en lecture précoce à 12h et de l’automate Colibri™ est démontrée pour l’identification VITEK^®MS PRIME des espèces KESC et PMP. Un gain d’au moins 6h sur le rendu des résultats est réalisé avec une forte valeur ajoutée pour le management des IU ainsi qu’un impact positif pour la santé du patient.

Mots cles
 Identification précoce, ColibriTM , CPS^®Elite, VITEK^® MS PRIME

Objectif - Introduction
Les infections du tractus urinaires (ITU) sont les infections bactériennes les plus fréquentes chez l’humain. Elles sont principalement causées par Escherichia coli, chez qui la résistance aux β-lactamines est de plus en plus répandues. De ce fait, le traitement des ITU implique l’utilisation d’antibiotiques à large spectres qui sont souvent prescrits sans tests phénotypiques de la résistance aux antibiotiques. Cependant, environ 50 % des souches d’E. coli responsables d’ITU restent sensibles aux, et la détection précoce de la production de β-lactamases chez ces souches dans les urines non-cultivées pourrait contribuer à réduire l’utilisation d’antibiotiques à large spectres. Pour évaluer rapidement la production de β-lactamases et la résistance aux β-lactamines dans des échantillons d’urines non-cultivées de patients atteint d’ITU, un test biochimique rapide, le Rapid Amp NP, a été développé.

Materiels
Pour ce test, 125 échantillons d’urines de patients atteints d’ITU ont été testés à l’aide du test Rapid Amp NP. Pour chaque échantillon, 5 mL de l'échantillon ont été centrifugés sur un filtre de 0.22 µM, puis un tampon de lyse et une solution de nitrocéfine ont été ajoutés sur le filtre, suivis d'une incubation à 37°C au cours de laquelle la lecture des résultats a été faite. Les profils de résistance phénotypique et la présence ou non de gènes codant pour une β-lactamase dans les souches isolées des échantillons testés ont été analysés.

Resultats
Une corrélation de 97.6 % a été obtenue entre le résultat du test et la présence ou non d’une dans la souche bactérienne présente dans l’échantillon. Seuls 3 échantillons contenant une faible concentration de souches porteuses d’une pénicillinase ont été catégorisées comme sensible par le test. Deux souches possédant des mécanismes de résistance autres que des β-lactamases ont également été catégorisées comme sensibles par le test. Cependant, la présence d’une β-lactamase a été détectée de façon fiable dans les échantillons testés.

Conclusion
Ce test peu coûteux et fiable peut être réalisé dans n’importe quel laboratoire de diagnostic. Les résultats sont obtenus en 2 heures ou moins. L’utilisation de ce test pourrait contribuer à réduire l’usage des antibiotiques à large spectre, et par conséquent à réduire la dissémination de la résistance aux antibiotiques

Mots cles
β-lactamase, ITU, test rapide, urine non-cultivées

Objectif - Introduction
Mesurer l’intérêt de réaliser en routine un antibiogramme de S. saprophyticus (Ss) ou Enterococcus faecalis (Ef) dans le cadre des infections urinaires monomicrobiennes (IUM) au regard de l’étude rétrospective des résistances acquises aux antibiotiques recommandés dans le traitement probabiliste des IU et proposer une interprétation contextualisée.

Materiels
Etude rétrospective des données de l’antibiogramme des 2 taxons isolés à partir d’urines de milieu de jet chez des sujets symptomatiques, tous sexes confondus. entre le 01/01/2019 et 31/07/2024. Méthode automatisée en milieu liquide VITEK2 : cartes AST-P631/P668 (Ss) et AST-P606/P667 (Ef). Interprétation selon les recommandations du CA-SFM.

Resultats
Pour Ss, niveau très bas de résistance acquise à la nitrofurantoÏne (0 .02 % - n=9809), au cotrimoxazole (0,61 % - n=9809) et aux fluoroquinolones (0,61 % - n=9814).
Pour Ef, aucune résistance acquise à l’amoxicilline (n=22630), niveau très bas de résistance à la nitrofurantoÏne (0.34 % - n=22619) et faible au cotrimoxazole (6,55 % - n=22568) et à la lévofloxacine (3.83 % - n=22655).

Conclusion
Etant donné le faible niveau de résistance aux molécules recommandées dans le traitement probabiliste des IUM à Ss ou Ef, le laboratoire ne réalise plus l’antibiogramme dans ce contexte. La prestation de conseil permet alors de conforter le prescripteur dans son choix thérapeutique ou d’adapter plus rapidement sa prise en charge, sans attendre le délai supplémentaire inhérent à la réalisation d’un antibiogramme (16 à 24 H).

Mots cles
Infection urinaire - Antibiogramme - Prestation de conseil

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
infection urinaire, Sysmex, personne âgée, diagnostic

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Microbiote urinaire Culturomique Culture standard

Objectif - Introduction
Les infections urinaires communautaires (IUC) représentent une cause fréquente de morbidité, nécessitant souvent une antibiothérapie empirique. En 2018,la Tunisie a mis en place de nouvelles recommandations dans le traitement des IUC,visant à réduire la résistance antimicrobienne.
Objectif :Comparer le profil de résistance aux antibiotiques des infections urinaires communautaires avant et après la mise en œuvre de ces recommandations, afin d’évaluer leur impact sur les taux de résistance.

Materiels
Etude rétrospective comparative menée sur une période de dix ans (2014-2023) portant sur les bactéries isolées à partir des ECBU positifs de patients consultants dans les structures de soins de première ligne de la région de Ben Arous. Deux groupes ont été identifiés :G1 pour les ECBU revenus positifs avant les recommandations (2014-2018) et G2 pour les ECBU revenus positifs après les recommandations (2019-2023). L'identification bactérienne a été effectuée selon les méthodes conventionnelles. L'étude de la sensibilité des antibiotiques a été réalisée par méthode de diffusion en milieu gélosé et interprétée selon les recommandations de CA-SFM annuellement révisées.

Resultats
Au total, ont été colligés 1030 ECBU positifs pour G1 dont 89,3% étaient des entérobactéries et 719 pour G2 dont 87,2% des entérobactéries. Escherichia coli était l'espèce bactérienne la plus isolée pour les 2 groupes (66,8% et 64,09% respectivement). L'étude de l'antibiorésistance des souches d'E. coli a montré que les taux de résistance à l'amoxicilline-acide clavulanique (AMC) et au nitrofurane ont significativement augmenté. Tandis que,les taux de résistances aux fluoroquinolones,aux aminosides et au triméthoprime-sulfamétoxazole (SXT) ont significativement diminué avec une nette diminution des souches productrices de béta-lactamase à spectre élargi (Annexe 1). Par ailleurs,aucune différence de taux de résistance à l’amoxicilline et aux céphalosporines entre les groupes n’a été observée.

Conclusion
L'écologie bactérienne des IUC est largement dominée par E.coli. Les recommandations tunisiennes dans le traitement des IUC ont influencé le profil de résistance aux antibiotiques,favorisant les fluoroquinolones,les aminosides et le SXT,mais réduisant l’efficacité de l’AMC et du nitrofurane. Une surveillance régulière et continue permettrait ainsi une révision des protocoles thérapeutiques empiriques

Mots cles
INFECTION URINAIRE, RESISTANCE

Annexe1: Taux des résistances aux antibiotiques d’Escherichia coli avant et après les recommandations dans le traitement des infections urinaires communautaires

Objectif - Introduction
L’objectif de cette étude est d’évaluer la prévalence des différentes IST dans le sperme, notamment pour Mycoplasma genitalium, dont le rôle pathogène dans l’infertilité masculine reste à définir.

Materiels
La période de l’étude s’étend de novembre 2023 à mars 2024. 53 échantillons de sperme ont été analysés pour les examens suivants : spermocytogramme, spermoculture, détection de Mycoplasma hominis et Ureaplasma urealyticum par culture, et testés sur l’automate Alinity M Abbott pour le panel multiplex suivant : Chlamydiae trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma genitalium et Trichomonas vaginalis. Pour la technique PCR, 135 µl de sperme ont été transvasés dans le milieu Alinity m multi-collect specimen collection kit, puis analysés avec le kit PCR STI AMP Kit, Abbott.

Resultats
Parmi les 53 échantillons testés pour les pathogènes cités ci-dessus : 9,4% sont positifs pour  Mycoplasma genitalium, 9,4% sont positifs pour Ureaplasma urealyticum (seuil > 10000 UFC/ml), 1,8% sont positifs pour Chlamydiae trachomatis, 0% sont positifs pour Mycoplasma hominis, 0% pour  Neisseria gonorrhoeae, 0% pour Trichomonas vaginalis.
Aucune PCR n’était ininterprétable. Aucune co-infection n’a été retrouvée.
La moyenne d’âge des patients testés est de 35,8 ans. La notion d’infertilité est documentée dans 57% des cas. Parmi ces cas d’infertilité, Mycoplasma genitalium est retrouvé dans 16,7% des cas, associé à une baisse de mobilité des spermatozoïdes sur le spermocytogramme (80%), à une oligospermie (20%) et à une leucospermie (40%). A titre comparatif, Mycoplasma genitalium a été retrouvé dans 5,1% des prélèvements d’urine de 1er jet, et dans 5,9% des prélèvements génitaux.

Conclusion
Il apparait que Mycoplasma genitalium est un microorganisme retrouvé fréquemment dans les spermes lors des dossiers d’infertilité, au même titre que Ureaplasma urealyticum, et en proportion supérieure à Chlamydiae trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma hominis. Son rôle pathogène est méconnu, par manque de prescription dans les prises en charge d’infertilité. Cependant, son rôle pathogène reste à définir, en collaboration avec les équipes de PMA.

Mots cles
Mycoplasma genitalium / IST / sperme / infertilité

Objectif - Introduction
Cette étude a pour objectif de comparer les performances de deux méthodes de détection des mycoplasmes urogénitaux ( Ureaplasma parvum (UP), Ureaplasma urealyticum (UU) et Mycoplasma hominis (MH)) en culture versus qPCR.
Les intérêts de ce changement technique sont multiples : un gain de sensibilité, un gain de temps technique et un rendu des résultats plus rapide.

Materiels
La culture sur gélose A7 Agar Elitech (méthode de référence du laboratoire) et la PCR temps réel effectuée grâce au kit UroGen ELITe MGB® Elitech sur automate BeGenius ont été réalisées sur 62 échantillons de sperme.
Pour 7 d’entre eux, la PCR a été réalisées après un cycle de congélation-décongélation. Les 55 autres ont été passés en prospectif.
Les résultats qualitatifs ont été comparés et classés en 3 catégories :
- Concordance qui regroupe les vrais négatifs et les vrais positifs. 
- Discordance mineure : qui correspond aux faux positifs obtenus en cas de culture négative et de PCR positive. 
- Discordance majeure : qui correspond au faux négatif obtenu en cas de culture positive et de PCR négative. 
Les résultats ont également été comparés quantitativement. La culture rend un résultat exprimé en UFC/mL tandis que la PCR rend un résultat en Ct qui est par la suite converti en log d’organisme/mL grâce à un abaque fourni avec le kit. 

Resultats
On obtient une concordance de 84% entre les 2 méthodes. (Figure 1)
Un seul faux négatif a été identifié pour un échantillon préalablement congelé et faiblement positif en culture. Il peut s’expliquer par un cycle de congélation-décongélation, une sous-estimation de la quantification par la méthode PCR ou bien par la présence d’un inhibiteur de la PCR. 
Neuf faux positifs (culture négative mais PCR positive) ont été trouvés, probablement en raison d'une meilleure sensibilité de la détection par PCR.
Nous avons observé une sous-estimation de la quantification d’un facteur 10 par PCR par rapport à la culture..

Conclusion
La concordance globale est de 84% entre les deux méthodes, avec une augmentation de la sensibilité de la détection des mycoplasmes urogénitaux par PCR.
Néanmoins, il semble y avoir une sous-estimation de la quantification par PCR d’un facteur 10.
La PCR rend possible la différenciation entre UU et UP et permet un rendu en 24h. 
L’absence de culture rend la réalisation de l’antibiogramme impossible.

Mots cles
Mycoplasmes génitaux 
qPCR 
Détection 
 

Figure 1: Flowchart des résultats des échantillons

Objectif - Introduction
Le dépistage du streptocoque du groupe B (SGB) par PCR intrapartum montre une sensibilité bien supérieure au dépistage antepartum par culture, principalement du fait d’une forte variation de portage du SGB, et permet d’identifier de manière plus ciblée les patientes candidates à l’antibioprophylaxie intrapartum.
Le but de notre étude est de comparer les performances de diagnostic d’un test rapide de PCR en temps réel chez la femme en début de travail avec celles d’un test de référence pour le dépistage du streptocoque du groupe B (SGB).
 

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective évaluative d’une PCR de détection rapide du Streptocoque B par l’automate POCT Flash-Dx® (société Nephrotek), par rapport au test PCR Xpress GBS du GeneXpert (Cepheid®), considéré comme méthode de référence.
103 prélèvements vaginaux de patientes âgées de 16 à 45 ans, initialement trouvés négatifs ou positifs en PCR (GeneXpert) ont été testés après conservation maximale de 6 jours à 2-8°C. Le prélèvement utilisé est le 2nd écouvillon (les deux écouvillons sont systématiquement et concomitamment prélevés et conservés selon les instructions de collecte).
88 prélèvements positifs ont été sélectionnés sur une plage de valeurs de Ct comprises entre 20.1 et 40.2 (moyenne à 32).
15 prélèvements négatifs ont également été choisis.
L’écouvillon est déchargé dans 1 ml de milieu UTM sans guanidine. 120 µl sont utilisés pour la réalisation du test dont le résultat est obtenu entre 50 et 55 minutes.

 

Resultats
100% de spécificité sur les 15 échantillons négatifs
98.2% de sensibilité avec 56/57 échantillons positifs pour des valeurs de Ct inférieures à 35.
80% de sensibilité avec 25/31 échantillons positifs pour des valeurs de Ct supérieures à 35.
La recherche de SGB par le Flash-Dx s’avère négative pour 6 sur 31 échantillons, dont le Ct est compris entre 35 et 40.2 en GeneXpert, alors que le Flash-Dx détecte mieux (avec Ct inférieurs) 12 de ces 31 échantillons.
On ne peut éliminer la variabilité due au prélèvement (2nd écouvillon).
 

Conclusion
La trousse de détection du Streptocoque B (Flash-Dx), simple d’utilisation, présente des performances tout à fait satisfaisantes pour un rendu de résultat en moins d’une heure permettant la prise en charge rapide des patientes en salle d’accouchement.
La moindre sensibilité par rapport au CEPHEID (Xpert® GBS) se focalise systématiquement sur des Ct tardifs.


 

Mots cles
Streptocoque B
Streptococcus agalactiae


 

Objectif - Introduction
Le but de cette étude était d'évaluer les performances du kit Urinogenital and Resistance 12 well sur l’automate Highplex AllianceTM (AusDiagnostics) pour la détection du gonocoque (NG) et de la résistance aux céphalosporines de 3ème génération (C3G) sur une collection de souches de référence du CNR des IST bactériennes.

Materiels
Le kit Urinogenital and Resistance 12-WELL (AusDiagnostics, Australie) permet la détection de 12 cibles dont 7 cibles d’identification de bactéries responsables d’IST. Concernant NG, le kit met en évidence les gènes spécifiques de NG (opaH et opaJ), et aux C3G (mutation A311V dans la protéine PenA).
Soixante-sept souches de NG dont 8 NG-XDR possédant la mutation A311V ont été extraites par Qiasymphony (Qiagen) pour ensuite être analysées par PCR en multiplex-tandem multiplexé (MT-PCR). Les souches testées ont été sélectionnées parmi la collection du CNR séquencées en séquençage haut débit (NGS) par technologie Illumina ; 48 variants penA ont été inclus.

Resultats
Parmi les 67 souches, 64 (95,5%) ont été détectées NG positives pour les 2 cibles (opaJ et opaH), 2 (3%) présentaient une seule cible (opaH) et 1 (1,5%) a été rendu négative par l’automate.
Pour la résistance aux C3G, la mutation A311V a été détectée pour les 8 souches C3G-R liées à la présence de cette mutation par la présence du variant penA60. La mutation A311V a également été détectée chez 11 autres NG (18,6%) négatives cette mutation A311V. Cette détection était liée à la présence d’une mutation en position I312M qui est détectée également par la sonde et correspond au variant penA34 qui confère une diminution de sensibilité au C3G.

Conclusion
L’évaluation de ce kit a retrouvé des résultats sensibles (98,5%) pour la détection de NG. Concernant la détection de la résistance aux C3G, le test pourrait permettre un premier screening pour dépister les variants penA60 et penA34. Des analyses complémentaires sont nécessaires pour permettre une évaluation sur prélèvement et ce test reste actuellement positionné en Research Use Only (RUO) pour ce paramètre.

Mots cles
Neisseria gonorrhoeae, souches de références, Céphalosporine 3ème génération, résistance, MT-PCR, détection

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Automates de détection, IST, prélèvements uro-génitaux
 

Objectif - Introduction
La vaginose bactérienne (VB) est l’affection gynécologique la plus courante dans le monde et responsable de nombreuses infections génitales, de complications post-chirurgicales et obstétricales. Le diagnostic conventionnel est basé sur l’identification microscopique de morphotypes, plus ou moins associée à la culture. Cependant, ces techniques sont subjectives et sources de biais. Par conséquent, l’approche moléculaire dans la qualification et la quantification des microorganismes pourrait s’avérer utile pour le diagnostic de VB. L’objectif de notre étude a été d’évaluer en « vraie vie » les performances diagnostiques d’un kit de PCR multiplex dédié au diagnostic de VB, par rapport au score de Spiegel associé ou non à la culture.

Materiels
Un total de 184 prélèvements vaginaux ont été inclus (CHU de Rennes, janvier 2024). Le recueil des données démographiques, cliniques et bactériologiques a été effectué. L’approche conventionnelle (BS) utilisait l’interprétation selon Spiegel et la culture distinguant les flores pauvre, normale, intermédiaire et vaginose. L’approche moléculaire a été réalisée de façon automatisée à l’aide de la technologie Seegene avec le kit Allpex™ BV plus Assay dont les résultats étaient interprétés à l’aide d’un algorithme décisionnel et classés selon le type de flore.

Resultats
La prévalence de la VB était de 22,3% selon le score de Spiegel, et seulement 17,9% en culture, liée aux conditions culturales exigeantes. Concernant l’approche moléculaire, la sensibilité du test était à 92,7% par rapport au score de Spiegel et 96,3% comparé à la BS, et la spécificité était à 88,1% et 91,4%, respectivement. Cette dernière pourrait être améliorée en perfectionnant l’algorithme et en ajoutant d’autres germes associé à la VB, comme Candidatus Lachnocurva vaginae (ex-BVAB1), Prevotella spp. ou Lactobacillus iners.

Conclusion
L’évaluation des performances du test Allplex™ BV Assay pour le diagnostic de la VB, sur un échantillon représentatif de femmes symptomatiques, a montré qu’il pouvait être un bon test de détection de la VB malgré une spécificité un peu plus faible notamment liée au choix de l’algorithme et des germes de la VB. La bactériologie conventionnelle garde malgré tout une place incontournable dans la caractérisation des flores et le portage de germes à risque néonatal lors de la grossesse.

Mots cles
Vaginose, culture, approche moléculaire.

Objectif - Introduction
La vaginose bactérienne est une dysbiose fréquente (30%) du microbiote vaginal, le plus souvent responsable de leucorrhées. Nous avons évalué le test moléculaire Aptima BV (BV) de diagnostic de la vaginose par rapport au score de Nugent (SN) de l’examen direct (test de référence) et à la culture du prélèvement vaginal (PV). Le test moléculaire Aptima CV/TV, détectant Candida spp et Trichomonas vaginalis, a aussi été évalué.
 

Materiels
De décembre 2023 à janvier 2024, 205 prélèvements vaginaux ont été analysés selon la routine du laboratoire de bactériologie. En parallèle, les tests Aptima BV et CV/TV (Hologic) ont été réalisés.
 

Resultats
Un diagnostic de vaginose a été obtenu respectivement avec le BV, le SN et la culture (présence de Gardnerella vaginalis et d’une flore polymorphe anaérobie) pour n=43 (21%), n=18 (9%) et n=54 PV (26%). Les résultats du BV et du SN étaient concordants (tous les 2 positifs ou négatifs) pour n=141 PV (69%) et avec une discordance majeure (1 test positif et l’autre négatif) pour n=19 PV (9%). Les examens directs des résultats discordants ont donc été relus. Après relecture, les résultats du BV et du SN étaient concordants pour n=152 PV (74%) et avec une discordance majeure pour n=1 PV (<1%). Le SN était intermédiaire ou ininterprétable (1ère-2ème lecture) pour n=45-52 PV (22-26%). En excluant les PV avec un SN intermédiaire ou ininterprétable, les résultats du BV et du SN étaient concordants (1ère-2ème lecture) pour n=141-152 PV (88-99%), et les performances du BV par rapport au SN (1ère-2ème lecture) étaient les suivantes : sensibilité=89-100%, spécificité=88-99%, valeur prédictive positive=48-96% et négative=98-100%. Pour le diagnostic de vaginose, le BV montre une différence significative par rapport au SN mais ne montre pas de différence significative par rapport à la culture (p<0,05). Le second test Aptima (CV/TV) a détecté n=56 (27%) Candida spp (n=16 [8%] à l’examen direct et n=34 [17%] en culture) et n=3 (1%) T. vaginalis (n=0 à l’état frais).
 

Conclusion
Le test moléculaire Aptima BV a une bonne sensibilité et spécificité pour le diagnostic de la vaginose. Il permet de classer les SN intermédiaires et ininterprétables en positifs ou négatifs. Cette étude confirme la subjectivité de la lecture du SN et l’intérêt d’une formation continue pour le personnel.

Mots cles
Score de Nugent, vaginose bactérienne, diagnostic moléculaire, candidose, trichomonose.

Objectif - Introduction
L’utérus a longtemps été considéré comme stérile. Cependant, les preuves démontrent que ce tractus est un système ouvert avec un continuum de bactéries qui évolue progressivement des organes externes vers les organes internes, avec une diminution de l’abondance bactérienne et une augmentation de la diversité bactérienne, du vagin aux ovaires. La composition de la flore endométriale pourrait avoir à un impact sur le taux d’implantation des embryons et le bon déroulement de la grossesse. L’endométriose est une maladie gynécologique affectant environ 10 % des femmes. Elle se manifeste par la douleur et l’infertilité. L’objectif de cette étude est l’analyse et la comparaison des microbiotes endométriaux de femmes atteintes ou non d’endométriose.
 

Materiels
Grâce à une collaboration avec la société Endodiag, 20 biopsies d’endomètres congelées (13 patientes témoins et 7 patientes atteintes d’endométriose) ont été analysées. Voici les différentes étapes de l’analyse du microbiote endométrial : extraction d’ADN (CheMagic), PCR ciblée 16S (gène entier), migration du produit de PCR (Bioanalyzer, Agilent), séquençage NGS des amplicons (Nanopore, MiNION), analyse bio-informatique (Microbiome LifePipe, life and soft).

Resultats
La composition bactérienne des microbiotes endométriaux des patientes témoins versus des patientes avec une endométriose n’est pas statistiquement différente. Cependant sur les 20 biopsies, 6 ont une composition très proche du témoin négatif (eau), 7ont entre 10 et 50% de bactéries en commun avec le témoin négatif et 7 échantillons ont une composition bactérienne différentes du témoin négatif. La composition du microbiote endométrial est statiquement dépendante de la quantité d’amplicon post PCR 16S (Anova, p=0,003).
 

Conclusion
Les patientes atteintes d’endométriose ne semblent pas avoir un microbiote endométrial diffèrent des patientes non atteintes. Cependant l’effectif de cette étude est faible, cette observation doit être confirmée avec une étude de plus grande échelle.
L’inoculum bactérien du microbiote endométrial est un facteur majeur pour assurer un résultat pertinent. Il est indispensable de quantifier cet inoculum bactérien et d’inclure un témoin négatif dans les séries.
 

Mots cles
Microbiote endométrial, endometriose, contamination
 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Gonocoque, Carbapénème, XDR

Objectif - Introduction
Les infections sexuellement transmissibles restent un enjeu important dans la politique de santé avec une évolution importante de leur prise en charge. Nous décrivons l’épidémiologie par classe d’âge et par sexe des principales IST recherchées en laboratoire de ville, avant l'introduction de leurs dépistages sans ordonnance entre 18 et 26 ans, en Occitanie ouest. 

Materiels
Nous avons analysé 69039 échantillons provenant de 7 départements différents dont 49225 femmes (F) et 19814 hommes (H).  
Localisation: vaginale 35119, urinaire 18499 (H 14569, F 3930), urétrale 591 (H 531, F 60); pharyngée 3225 (H 2428, F 797), anale 2492 (H 2091, F 401), autres 9113. 
Technique : ABBOTT ALINITY (STI assay) 
Pathogènes recherchés: Chlamydia trachomatis (CT), Neisseria gonorrhoeae (NG), Trichomonas vaginalis (TV), Mycoplasma genitalium (MG). 
Période:  1 janvier 2024 au 30 juin 2024. 

Resultats

MG : prévalence de 3,50% (H 4,93%, F 2,94%).

TV :  prévalence de 0,47% (H 0,36%, F 0,52%).  

Conclusion


Mots cles
Epidémiologie, IST, Chlamydia, gonocoque, trichomonas, M.genitalium 

Prévalence Chlamydia trachomatis (CT), Neisseria gonorrhoeae (NG) par âge et par sexe

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles

Objectif - Introduction
La syphilis est une infection sexuellement transmissible IST dont le diagnostic se base principalement sur la clinique et le diagnostic sérologique. Une recrudescence des cas de syphilis a été notée dans notre service particulièrement chez les patients vivant avec le VIH.
L’objectif de notre travail est l’étude des caractéristiques épidémiologiques et la comparaison des méthodes de diagnostic sérologique.
 

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective de syphilis menée au laboratoire de Microbiologie la Rabta s’étalant sur une période de deux ans et demi de Janvier 2022 à juin 2024. Chaque malade a subi le dosage quantitatif des anticorps totaux dirigés contre le Treponema pallidum par un test d’électro chimiluminescences Elecsys syphilis (ECLIA) ; une ECLIA positive a été complétée par un test VDRL pour déterminer le titre des anticorps anti lipoïdiques. Et un  test d’agglutination passive directe (TPHA) pour déterminer le stade de la syphilis. Le tau de Kendall pour la corrélation entre les trois techniques a été calculé. Les coefficients de corrélation sont compris entre -1 et 1. Une corrélation est considérée positive si elle s’approche de 1.
 

Resultats
Le nombre de cas total positif par au moins une technique est de 117 cas, il  est passé de 37 cas en 2022 à 58 cas en 2023. Une comparaison faite entre les 1ers semestres des trois ans a montré que la prévalence de la syphilis est passée de 8,9% à 18,1%. Le sexe ratio H/F était de 3 en 2022, 4 en 2023 et 12 en 2024. Une Co infection par la syphilis et le VIH a été notée  dans 40.5% en 2022, à 43% en 2023 et 94% en 2024 des cas. Parmi les 106 patients chez qui nous avons pratiqués les 3  techniques, 48 (45,3%) étaient positifs pour les 3 tests. Le tau de kendall de 0,31 pour ECLIA/TPHA, 0,34 pour TPHA/VDRL et 0,18 pour ECLIA/VDRL. Ces taux sont faibles particulièrement pour ECLIA/VDRL ceci pourrait être expliqué par une forte sensibilité de la technique ECLIA et une négativité de la VDRL lors de syphilis ancienne ou traitée.
 

Conclusion
Une recrudescence des cas de syphilis a été notée et particulièrement en coinfection avec le VIH.  Un dépistage systématique des IST même chez les patients  vivant avec le  VIH même asymptomatiques  permettrait  d’instaurer un traitement efficace et de réduire ainsi la prévalence de ces IST.

Mots cles
Syphilis- Diagnostic-VIH

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Infections sexuellement transmissible, macrolides, fluoroquinolones

Objectif - Introduction
Macrolide resistance has emerged in Mycoplasma genitalium. Pristinamycin is part of the recommended third-line treatment according to the European guidelines. No data regarding mechanisms of pristinamycin resistance have been available to date. In M. pneumoniae, a phylogenetically close species, cross resistance to pristinamycin and josamycin was associated with mutations in the 23S rRNA gene at position 2062 (Escherichia coli numbering).
We investigated the in vitro development of resistance in M. genitalium in the presence of subinhibitory concentrations of josamycin and pristinamycin.

Materiels
Selection of resistant mutants was performed by serial passages of M. genitalium G37 reference strain in Friis medium containing subinhibitory concentrations of josamycin or pristinamycin. Resistant mutants were characterized by Sanger sequencing of 23S rRNA, L4 and L22 ribosomal protein genes. For each resistant mutant, MICs of seven antibiotics were determined. Whole genome sequencing (WGS) was performed on selected mutants using the Illumina technology.

Resultats
A mutant selected in the presence of josamycin harbored an A2059G mutation in 23S rRNA. This mutant showed a strong increase in the MICs of erythromycin, azithromycin, josamycin, and clindamycin (16-32 µg/mL for all four antibiotics), but no changes in MICs of pristinamycin, doxycycline, and moxifloxacin (all three at 0.125 µg/mL).
Two mutants selected in the presence of pristinamycin harbored the mutation A2062C or A2062G. Both mutants showed a strong increase of the MICs of pristinamycin (8 and 2 µg/mL, respectively) and josamycin (32 and 16 µg/mL, respectively) and a slight 4 to 8-fold increase of erythromycin MIC. Azithromycin, clindamycin, doxycycline and moxifloxacin MICs remained unchanged. No mutations in L4 and L22 gene were detected in any mutants.
WGS of the three mutants confirmed the 23S rRNA mutations associated with antibiotic resistance and revealed 6 to 10 additional SNPs per mutant compared to the G37 reference strain sequence. These SNPs were located all around the genome and were not likely to be involved in resistance.

Conclusion
This study showed that resistant mutants can be selected in vitro in M. genitalium using josamycin and pristinamycin. These laboratory-derived mutants may predictive for mutations observed in clinical strains.

Mots cles
Mycoplasma genitalium, macrolide, pristinamycin, resistance, in vitro selection
 

Objectif - Introduction
Mycoplasma genitalium est fréquent en particulier chez les patients vivant avec le  VIH. L’objectif de cette étude étant d’étudier la place de M. genitalium chez une population de patients VIH.
 

Materiels
Différents types de prélèvements (urétral (PU), anal (PA) et vaginal(PV)) ont été réalisés puis cultivés et identifiés selon les recommandations du REMIC à travers une étude prospective que nous avons mené du mois de Mars 2023 à Août 2024 au CHU la Rabta.L'identification moléculaire a été réalisée par PCR multiplexe ciblant les gènes 16srDNA de Chlamydia trachomatis (CT), de Neisseria gonorrhoeae (NG) et de Mycoplasma genitalium (MG) et le gène porA pseudogène de NG.
 

Resultats
Un total de 9 PV, 12PA, 33 PU et d’un prélèvement urinaire à partir de 45 patients ont été collectés.  Le sexe ratio de notre population était de 4,5, parmi lesquels 64% des patients appartiennent à la tranche d’âge de 21 à 39 ans. L’examen direct et la culture réalisées étaient tous négatifs, cependant huit patients (17,8%) ont présenté par PCR multiplexe une infection génitale parmi lesquels 2 patients ont présenté deux prélèvements positifs. Un PV, 2PA et 7PU ont été positifs (18,2%). C.trachomatis a occupé la première place avec une prévalence de 11.1% suivi par M.génitalium avec une prévalence de 8.8%. N.gonorrhoeae était retrouvé dans 6,7% des cas, un antécédent d’IST a été noté chez 62.5 des cas et 87.5% des patients avaient des partenaires multiples parmi lequels cinq avaient une orientation bisexuelle (p≤0.05). La distribution des germes identifiés chez notre population de patients a montré une infection de type monomicrobienne (5 C. trachomatis et 2M. genitalium) chez 7 patients, une co-infection (C. trachomatis et M. genitalium) chez deux patients et l’association des trois germes chez un seul patient. Une patiente a présenté C. trachomatis au niveau du prélèvement vaginal et du prélèvement anal et un patient a présenté M. genitaliumau niveau urétral et anal.
 

Conclusion
La prévalence de M. genitalium ainsi que les autres IST chez les patients vivant avec le VIH même asymptomatiques s’avère non négligeable. Un renforcement des stratégies de prévention contre les infections sexuellement transmissibles chez les patients à risque est nécessaire.
 

Mots cles
IST- PCR temps réel-VIH

Objectif - Introduction
Bien que souvent considérées comme des contaminants, les espèces du genre Corynebacterium peuvent causer des infections complexes (infections ostéo-articulaires [IOA], liées aux cathéters [ILC], de la peau et des tissus mous [IPTM], endocardites infectieuses [EI]…) qui nécessitent souvent une durée de traitement prolongée. Ces espèces étant souvent résistantes à de nombreux antibiotiques, l’utilisation de nouvelles options thérapeutiques peut s’avérer nécessaire. L’objectif de cette étude a été d’évaluer l’activité in vitro de ces nouveaux antibiotiques sur des souches cliniques de Corynebacterium responsables d’infections complexes.

Materiels
Cette étude rétrospective monocentrique a été conduite de 2021 et 2023 au CHU de Rennes. Les souches collectées étaient isolées d’infections complexes pour lesquelles les données cliniques ont été recueillies. Les CMI de nouveaux antibiotiques ont été determinées par microdilution en milieu liquide (Sensititre) pour ceftaroline&ceftobiprole (C5G), délafloxacine, linézolide, tédizolide, daptomycine et dalbavancine et par diffusion sur milieu solide par bandelettes (E-Test, Liofilchem) pour tigécycline, éravacycline et omadacycline. L’interprétation a été faite selon les seuils du CA-SFM/EUCAST 2024.

Resultats
Au total, 116 souches ont été incluses durant la période d’étude. La plupart des souches étaient issues de patients avec une IOA (66%), parmi lesquels 47% étaient sur matériel, suivie par 22% d’IPTM, 8% d’ILC et 2% d’EI. C. striatum était l’espèce la plus retrouvée (58%). Une majorité (75%) des infections étaient polymicrobiennes. L’activité des C5G et de la délafloxacine était plus limitée avec des CMI₉₀ élevées alors que les autres molécules (linézolide, tédizolide, dalbavancine, tigécycline, éravacycline et omadacycline) présentaient des CMI₅₀ et CMI₉₀ significativement moins élevées. A noter 1 souche de C. striatum résistante à haut niveau à la daptomycine (CMI>16 mg/L) sélectionnée sous traitement.

Conclusion
L’ensemble de ces résultats indiquent une excellente activité in vitro de la plupart des nouveaux antibiotiques excepté C5G et délafloxacine, sur les souches cliniques de Corynebacterium. Malgré l’absence de concentrations critiques, ces nouveaux antibiotiques pourraient constituer une réelle alternative pour le traitement des infections complexes à Corynebacterium.

Mots cles
Corynebacterium, infections complexes, sensibilité, nouveaux antibiotiques

Objectif - Introduction
Les entérocoques causent 5 à 15 % des infections urinaires (IU). Leur résistance naturelle aux céphalosporines de 3ème génération et l’augmentation de leur résistance aux fluoroquinolones (FQ) complique la prise en charge des IU masculines à entérocoques. La gépotidacine (GEP) est un nouvel inhibiteur des topoisomérases bactériennes active, grâce à son mécanisme d’action inédit, sur de nombreuses espèces, y compris des souches multirésistantes aux antibiotiques. Le but de ce travail a été d’évaluer l’activité in vitro de la GEP sur des souches d’entérocoques responsables d’IU masculines.

Materiels
La sensibilité à la gépotidacine a été testée sur 109 souches d’entérocoques responsables d’IU masculines précédemment caractérisées pour leur sensibilité aux FQ (lévofloxacine [LVX], moxifloxacine [MXF] et délafloxacine [DLX]). Les souches dont la CMI de la LVX était >4 mg/L étaient catégorisées résistantes aux FQ. Les souches, collectées entre janvier et décembre 2021, comprenaient 86 souches d’E. faecalis et 23 souches d’E. faecium, provenant du CHU de Rennes et du CNR des Entérocoques. Les CMI de la GEP et des FQ ont été déterminées par microdilution en milieu liquide selon les recommandations EUCAST, et les CMB de la GEP par dénombrement sur milieu gélosé (-3 Log10 de l’inoculum initial), en triplicats biologiques.

Resultats
Parmi les souches d’E. faecalis, 74 (86%) étaient sensibles et 12 (14%) résistantes à la LVX ; toutes les souches d’E. faecium étaient résistantes. Pour les souches d’E. faecalis, les CMI50 et CMI90 de la GEP étaient de 4 mg/L. Sur les souches LVX-sensibles, la GEP avait des CMI50 et CMI90 de 4 mg/L, soit une moins bonne activité in vitro que les FQ. La résistance à la LVX n’impactait pas les CMI50 et CMI90 de la GEP (2 et 4 mg/L). Pour E. faecium, les CMI50 et CMI90 de la GEP étaient de 4 et 32 mg/L. Pour 107 souches (98,2%), le rapport CMB/CMI était ≤ 4.

Conclusion
La GEP possède une activité bactéricide sur les entérocoques. Elle est plus active sur les souches d’E. faecalis que sur les souches d’E. faecium. Il ne semble pas exister de résistance croisée entre la GEP et les FQ. La GEP pourrait être une option thérapeutique dans les IU masculines à entérocoques, mais des études cliniques devront le confirmer.

Mots cles
Gépotidacine, fluoroquinolones, Enterococcus.

Tableau 1. CMI50/CMI90 (mg/L) de la GEP et des FQ et CMB50/CMB90 (mg/L) de la GEP vis-à-vis des souches d’entérocoques responsables d’IU masculines.

Objectif - Introduction
Le contrôle des bactéries multi-résistantes (BMR) est essentiel pour lutter contre la résistance aux antibiotiques. L’incidence des Pseudomonas aeruginosa résistants au ceftazidime (PARC) est à surveiller pour limiter les infections difficiles à traiter. Les associations Ceftolozane-Tazobactam (CT) et Ceftazidime-Avibactam (CZA) représentent une avancée dans le traitement de ces infections. Leur usage est réglementé pour éviter l’apparition de résistances. En laboratoire, ces antibiotiques sont testés uniquement sur les PARC. L’objectif de ce travail est d’évaluer l’épidémiologie des PARC entre 2014 et 2023 et leur sensibilité à ces traitements.

Materiels
Nous avons extrait les souches de P. aeruginosa isolées entre 2014 et 2023 à l’aide de notre SGL. Pour chaque patient, seules les souches présentant des profils de résistance différents ont été conservées. Nous avons évalué le taux annuel de PARC, leur résistance au CT et CZA, ainsi que la résistance au céfidérocol, une nouvelle céphalosporine utilisée en dernière intention. Les données ont été analysées sur Excel (Microsoft®).

Resultats
Nous avons identifié 14199 patients positifs à P. aeruginosa isolés de 24686 prélèvements, dont 24038 cliniques et 648 dépistages. Parmi les prélèvements cliniques, 39% étaient respiratoires, 23% urinaires, 13% des écouvillons superficiels et 5% des hémocultures. Le taux global de PARC était de 15,4% sur 9 ans, restant stable de 2014 à 2022 (min 12,7% en 2021, max 17,1% en 2017) avant d’augmenter à 22,4% en 2023. Les tests de sensibilité au CT et CZA ont été mis en place fin 2017. Parmi les PARC testés, 73,1% (610/834) étaient sensibles au CT et 69,4% (602/868) au CZA (Figure). Depuis 2022, le cefidérocol est testé dans notre laboratoire ; sur 62 souches, 9 étaient résistantes (14,5%). Enfin, 5 souches (5 patients) étaient résistantes aux 3 antibiotiques.

Conclusion
Après plusieurs années de stabilité, le taux de PARC a augmenté en 2023. Les antibiotiques de seconde intention (CT et CZA) restent efficaces dans 70% des cas, sans hausse de la résistance. Ces résultats soulignent l’importance d’une surveillance continue des BMR. L’activité du céfidérocol contre la majorité des souches résistantes reste importante, mais une utilisation prudente est nécessaire pour prévenir de nouvelles résistances.

Mots cles
Résistance aux antibiotiques, Pseudomonas aeruginosa, Ceftazidime, ceftolozane-tazobactam, ceftazidime-avibactam,

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles

Objectif - Introduction
Les infections à entérobactéries productrices de carbapénèmase (EPC) constituent une cause majeure de morbi-mortalité chez le brûlé. Ceftazidime-avibactam (CZA) se présente comme une alternative thérapeutique intéressante visant ces bactéries. L’émergence des souches productrices de métallo-bêtalactamases (MBL) chez le brûlé pourrait limiter l’intérêt de cette molécule en monothérapie. Le but de notre travail était d’étudier l’activité de l’association CZA et aztréonam (AZT) chez le brûlé.

Materiels
Étude prospective menée au laboratoire de microbiologie du centre de traumatologie et des grands brûlés entre janvier et juin 2024. Ont été incluses toutes les souches d’entérobactéries potentiellement productrices de carbapénèmase. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été effectuée selon les recommandations du CA-SFM 2023. Le typage moléculaire des carbapénèmases ont été réalisés par PCR multiplexe GeneXpert® (kit Xpert® Carba-R). Pour les souches catégorisées résistantes à l’AZT et au CZA, l’étude de l’activité de CZA-AZT a été réalisée par deux méthodes : par ellipsométrie en superposant les bandelettes E-test CZA et AZT et par la méthode modifiée de diffusion (1,2).

Resultats
Au total 42 souches d’entérobactéries potentiellement productrices de carbapénèmase ont été colligées. Les bactéries les plus incriminées étaient Klebsiella pneumoniae (36%) et Proteus mirabilis (36%). Toutes les souches étaient résistantes à l’ertapénème et à l’imipénème. La résistance au méropénème était de 86%. La fosfomycine conservait une activité sur 46% des souches. Une seule souche de K.pneumoniae était résistante à la colistine. Quarante et une souches étaient porteuses d’au moins un gène de carbapénèmase, majoritairement blaNDM (49%), suivi de blaNDM et blaOXA48 (41%). Une résistance à l’AZT et au CZA à la fois était observée chez 27 souches. L’étude de l’activité de CZA-AZT a révélé une synergie pour l’ensemble des souches testées par les deux méthodes.

Conclusion
Cette étude souligne la place de l’association CZA et AZT comme alternative thérapeutique de choix dans le traitement de ces infections à entérobactéries ultrarésistantes chez le patient brûlé, vu leur activité synergique chez les souches productrices de MBL.

Mots cles
Entérobactérie, ceftazidime-avibactam, aztréonam, métallobêtalactamase, carbapénèmase, synergie

Objectif - Introduction
Metallo-beta-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa (MBL-PA) have emerged as an urgent threat in the healthcare setting. Meso-dimercaptosuccinic acid (DMSA) is a heavy metal chelator used for over 30 years for the treatment of heavy metals intoxication. Since MBLs harbour zinc ions, DMSA was hypothesised to show activity against MBL-PA. We performed an in-vitro analysis of the effect of DMSA in combination with carbapenems against carbapenemase-producing P. aeruginosa.

Materiels
A total of fifty-nine clinical P. aeruginosa strains from the Swiss National reference Center (NARA) and of worldwide origin were analysed, including MBL producers (n=42), isolates producing Ambler class A enzymes (n=2), natural AmpC overproducers (n=1), isolates with decreased permeability (n=7), and wild-type isolates (n=7). Recombinant P. aeruginosa PA14 and PA14 ΔoprD strains harbouring genes (GES-5, KPC-2, IMP-1, NDM-1, VIM-2, AIM-1 and SPM-1) cloned in the pUCP24 shuttle vector were tested under the same conditions. Minimal inhibitory concentrations (MICs) of imipenem (IPM) and meropenem (MEM) alone, and in combination with DMSA 3 mM, were determined by broth microdilution. A time-kill assay was performed against recombinant strain PA14/pUCP24-VIM-2, with MEM at 4 mg/Land 8 mg/L, alone or in combination with 3 mM DMSA.

Resultats
For the recombinant strains, MIC results showed that the addition of 3 mM DMSA to both IPM and MEM resulted in significant fold decreases of 4-32 against MBL-producers. However, this effect was largely negated in PA14?oprD against IPM/DMSA. A significant growth inhibition was observed using MEM/DMSA at both half (4 mg/L) of and the MIC (8 mg/L) value when compared to MEM alone, indicating the inhibitory efficacy of DMSA. Within the clinical MBL-PA (n=42), the addition of 3 mM DMSA resulted in significant decreases in MICs to IPM and MEM in 24/42 (57%) and 27/42 (64%) of isolates. Most isolates that did not exhibit significant MIC decreases were OprD deficient (17/18 for IPM and 13/15 for MEM).

Conclusion
DMSA addition to MEM lead to a significant decrease in MIC, regardless of the OprD status. This study shows the potential of DMSA-like molecules to be developed for use in treating infections caused by MBL-producing bacteria.

Mots cles
DMSA, Pseudomonas aeruginosa, Carbapenems, meso-dimercaptosuccinic acid 

Objectif - Introduction
La dissémination des souches d’Acinetobacter baumannii productrices de carbapénèmases est un enjeu majeur de santé publique. Ces souches présentent de plus une large diversité de phénotypes de résistances aux antibiotiques, ce qui les rend virtuellement résistantes à toutes les classes d’antibiotiques. Le sulfure d’hydrogène (H2S) est un metabolite produit naturellement par un grand nombre d’espèces bactériennes, et son action protectrice contre certains antibiotiques a été décrit. Cependant, il n’est pas produit par A. baumannii, et il est associé à une réversion de la résistance acquise à la gentamicine chez cette espèce. Dans cette étude, les effets de l’H2S exogène sur la résistance de souches cliniques d’A. baumannii aux antibiotiques ont été étudiés.
 

Materiels
Pour évaluer l’effet de l’H2S exogène sur la résistance aux antibiotiques, des souches cliniques d’A. baumannii productrices de carbapénèmases ont été cultivées dans diverses conditions, comprenant la présence d’H2S et/ou d’antibiotiques (gentamicine, azithromycine, ciprofloxacine, tétracycline ou méropénème) à des concentrations sub-inhibitrices (1/2 et 1/4 de la CMI). La cinétique de croissance des souches testées a été analysée grâce à des dénombrements réalisés au cours de l’incubation des souches, dans chaque condition.

Resultats
L’H2S exogène seul avait peu d’effet sur la croissance bactérienne, mais une diminution de la CMI des antibiotiques pour les souches testées ainsi qu’une inhibition de la croissance bactérienne ont été observées lorsque l’H2S était associé à la gentamicine, ce qui suggère une sensibilisation des souches à cet antibiotique en présence d’H2S et une synergie entre les deux molécules

Conclusion
Le rôle de l’H2S en tant que potentialisateur de l’effet de la gentamicine a été confirmé, suggérant une possible utilisation des deux molécules en synergie, notamment pour traiter des infections pulmonaires causées par A. baumannii ou pour prévenir la colonisation de par cette espèce de matériel médical tel que des cathéters.

Mots cles
Acinetobacter baumannii, sulfure d’hydrogène, gentamicine, résistance aux antibiotiques

Objectif - Introduction
Enterobacter hormaechei, a leading species within the Enterobacter cloacae complex, is a significant cause of nosocomial infections and is frequently associated with multidrug resistance. Fast genomic comparison can help manage and implement rapid infection control measures. This study aims to develop a simple, rapid Multiple-Locus Variable-number Tandem-repeat Analysis (MLVA) protocol for the epidemiological surveillance of E. hormaechei. 

Materiels
We selected eight variable-number tandem-repeat (VNTR) regions for amplification using multiplex PCR, followed by gel electrophoresis. The method's discriminatory power was assessed on 46 unrelated strains from 22 French hospitals. Then, suspected related strains from three potential outbreaks, including ESBL- and/or NDM-producing isolates were compared. An independent collection of 22 VIM- producing strains was also analysed. Whole-genome sequencing (WGS) was used as the gold standard for comparison and Multi-Locus Sequence Type (MLST) analysis.

Resultats
Among 46 unrelated E. hormaechei strains, representing the five subspecies, MLVA and MLST had almost similar discriminatory powers (36 profiles and 33 sequence types (STs) respectively). Isolates belonging to one ST had unique MLVA profile except for three profiles similar belonging to different ST. Among ST represented by multiple strains, MLVA was sometimes able to distinguish some strains sharing a same ST. Epidemic strains exhibited a unique MLVA profile, suggesting that this technique could serve as an effective screening tool for identifying clonal groups. Similar results were observed for VIM-producing E. hormaechei, with consistent MLVA profiles within the same STs.

Conclusion
The MLVA protocol developed in this study is a rapid (? 4 hours), cost-effective, and reliable method for E. hormaechei epidemiological investigations. Nonetheless, to be more accurate, it remains essential to analyze strains with identical MLVA profiles using a more highly discriminatory technique, such as WGS.

Mots cles
Enterobacter hormaechei, Enterobacter cloacae, MLVA, Genotyping method, Outbreak, Epidemic, MLST, WGS

Objectif - Introduction
L’équipe APPIFISH d’ONIRIS étudie la pisciculture comme vecteur de résistances bactériennes aux antibiotiques. Après avoir réalisé des prélèvements dans leur station piscicole, l’équipe s’est confrontée à des problèmes d’identification des Aeromonas qu’ils avaient isolés. L’objectif était d’identifier à l’espèce ces souches de Aeromonas grâce à l’amplification/séquençage du gène gyrB. Ces identifications ont été ensuite comparées à celles spectrales initiales obtenues par un spectromètre de masse MALDI-TOF

Materiels
88 souches ont été identifiées par spectrométrie de masse MALDI-TOF (Bruker). Après extraction d’ADN (Instagene), le gène gyrB a été amplifié puis séquencé. Une électrophorèse en champ pulsé (ECP) a été conduite sur une sélection des souches

Resultats
La technique spectrale a permis d’identifier à l’espèce uniquement 30,7 % des Aeromonas tandis que 69,3 % étaient identifiées seulement au genre. En revanche, le séquençage du gène gyrB a permis d’obtenir une identification à l’espèce pour 98,9 % de l’effectif. L’espèce majoritaire était A. allosacharophila (48,9 %). Pour 11 isolats (12,5 %), la comparaison avec la base de données GenBank n’a pas permis de trancher entre A. allosacharophila et A. veronii. Concernant les souches restantes, 19,3 % ont été identifiées comme étant des A. media, 7,9 % comme des Aeromonas sp. KC6, 6,8 % comme des Aeromonas sp. KC8, 2,3 % comme des A. rivipollensis et enfin, 2,3 % comme des A. eucrenophila. L’arbre phylogénétique réalisé après séquençage a suggéré l’existence de clones (Fig 1). Cette hypothèse a été confirmée par ECP démontrant l’existence de 11 clones de Aeromonas (Fig 2A et 2B).

Conclusion
La spectrométrie de masse MALDI-TOF n’est pas une technique de choix pour l’identification à l’espèce des Aeromonas et nécessite une mise à jour de la base de données. Le séquençage du gène gyrB a permis l’identification de la quasi-totalité des souches. Cependant, la comparaison aux séquences de la base de données GenBank n’était pas toujours suffisante en raison d’un manque de diversité et de la présence de séquences de mauvaise qualité ou attribuées à la mauvaise espèce. La présence de 11 clones dans la station piscicole suggérée par ECP devra être confirmée par une analyse de génomique comparative

Mots cles
Aeromonas, séquençage, spectrométrie de masse, pisciculture

Figure 1 - Arbre phylogénétique des 88 souches de Aeromonas, réalisé à partir des séquences du gène gyrB (CLUSTALW). (*) : Aeromonas sp. KC6 ; (**) : Aeromonas sp. KC8

Figure 2 : Exemple d’ECP des 2 espèces majoritaires parmi les Aeromonas de la station piscicole APPIFISH (A) : Dendrogramme des profils de macrorestrictions obtenus par ECP de 13 souches de A. allosaccharophila

FIG2B : Dendrogramme des profils de macrorestrictions obtenus par ECP de 11 souches de A. media

Objectif - Introduction
Helicobacter zhangjianzhongii a été proposé en 2023 comme une nouvelle espèce dans le genre Helicobacter. Nous décrivons ici deux cas de bactériémies à H. zhangjianzhongii ainsi que les analyses complémentaires microbiologiques et génomiques qui ont été effectuées.
 

Materiels
Les caractéristiques cliniques de ces deux cas d’infections ont été collectées auprès de microbiologistes et cliniciens. Les deux isolats ont été caractérisés microbiologiquement en étudiant leur croissance dans différentes atmosphères et températures, et biochimiquement à l’aide d’une galerie ApiCampy (BioMérieux). Le séquençage des génomes sur iSseq 100 (Illumina) et les analyses bioinformatiques ont été réalisés par le CNRCH.
 

Resultats
Le cas n°1 (CHU de Bordeaux, 2017) concernait une femme de 58 ans hospitalisée dans une unité d’oncologie thoracique pour altération de l’état général dans le cadre d’un carcinome à petites cellules. Elle présentait des douleurs abdominales en lien avec une importante hépatomégalie. H. canis a été initialement identifié dans un flacon d’hémoculture aérobie par technique MALDI-TOF. La bactériémie n’a pas été traitée.
Le cas n°2 (CH de Chambéry, 2023) concernait une femme de 78 ans sous Rituximab hospitalisée pour douleurs thoraciques, anémie et syndrome inflammatoire. Un bacille à Gram négatif de forme hélicoïdale non identifiable par la technique MALD-TOF a été retrouvé dans deux flacons d’hémoculture aérobies. La patiente a été traitée par amoxicilline-acide clavulanique pendant 7 jours. Ces deux souches ont des caractéristiques microbiologiques et génomiques très proches : croissance en atmosphère microaérobie à 37°C et 42°C, oxydase positive, uréase et catalase négative. Par NGS nous retrouvons une proximité de ces souches avec l’espèce H. canis, néanmoins insuffisante (ANI <95% et DDH<70%). En revanche, ces souches s’identifient comme un H. zhangjianzhongii (ANI >99% et DDH>94%).
 

Conclusion
H. zhangjianzhongii est une nouvelle espèce proche de H. canis. Nous conseillons d’envoyer au CNRCH tout isolat identifié comme H. canis par MALDI-TOF ou séquençage de l’ADNr 16S pour confirmation. La source de contamination selon la description originelle de H. zhangjianzhongii pourrait être le chien.
 

Mots cles
Helicobacter, bactériémie, NGS
 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Brucella abortus bv 3, brucellose, MLVA-16, bovins, Algérie 

Objectif - Introduction
Les bactéries anaérobies ont une place non négligeable dans l'otite moyenne chronique (OMC), bien que leur diagnostic soit essentiel, leur fréquence est sous-estimée.L’objectif de ce travail est d’évaluer la place des bactéries anaérobies isolées dans les OMC.
 

Materiels
Etude rétrospective descriptive allant de 2000 à 2023, portée sur les prélèvements auriculaires réalisés chez des patients présentant une OMC et/ou une otite externe maligne purulente. Les échantillons ont été acheminés au laboratoire dans un milieu de transport adéquat.
La recherche de bactéries anaérobies a été faite systématiquement par culture sur gélose Columbia enrichie au sang de mouton avec et sans antibiotiques, et sur gélose au sang laqué, avec incubation en anaérobiose stricte pendant 5 jours. L’identification était réalisée par des galeries Api20A ou Rapid ID32A.

Resultats
Un total de 1805 prélèvements a été colligé au laboratoire sur une durée de 23 ans, le taux de culture positive est 87% (1577/1805) dont 29% (464/1577) étaient positifs à bactéries anaérobies strictes.Chez les 464 patients à prélèvements positifs en anaérobie 72% ont plus de 18 ans.Le sexe ratio H/F était de1,05. L’antibiothérapie a été documentée pour 153patients dont plus de 88% avait reçu un traitement récent, en monothérapie dans 66% des cas. L’antibiotique le plus prescrit était l’Amoxicilline-Acide clavulanique.
Parmi les cultures positives aux bactéries anaérobies,85,5% ( 397/464) étaient associées à des bactéries aérobies et/ou à des champignons tandis que 14,5% (67/464) ne retrouvaient que des anaérobies seules. Par ailleurs pour 21%(98/464) des prélèvements positifs,ont été isolés plus d’une espèce de bactéries anaérobies.
La distribution des espèces parmi les 604 souches bactériennes anaérobies est par ordre décroissant :Propionibacterium (25%),Bacteriodes (21%),Peptostreptococcus (20%),Prevotella (9%), Actinomyces (9%),Porphyromonas (8%),Fusobacterium (4%),Clostridium (2%),Eubacterium (1%) et Veillonella (1%); Pseudomonas aeruginosa (50%) et Proteus mirabilis(28%) sont les espèces aérobies prédominantes isolées en association.
 

Conclusion
Notre étude démontre la place importante des bactéries anaérobies (29%) dans les OMC avec prédominance du Propionibacterium,Bacteriodes et Peptostreptococcus.
Leur diagnostic est primordial pour mieux guider l’antibiothérapie probabiliste et limiter les complications.

Mots cles
Otite moyenne chronique, Anaérobies

Objectif - Introduction
Les systèmes de surveillance actuels ne permettent pas de décrire l’épidémiologie bactérienne des laboratoires de biologie médicale (LBM) de ville dans son ensemble. Cette étude avait pour objectif d’analyser l’exhaustivité des résultats de prélèvements bactériologiques au sein d’un panel de LBM en 2023.

Materiels
Les prélèvements bactériologiques à visée diagnostique pour lesquels un antibiogramme (Atbg) a été réalisé du 1/1/23 au 31/12/23 par 5 regroupements (248 LBM) ont été inclus. Les données recueillies portaient sur : âge, sexe, type d’hébergement (Ehpad vs ville), type de prélèvement, identification bactérienne et Atbg. Les données ont été dédoublonnées : 1 souche de même espèce, même Atbg par type de prélèvement pour 1 patient donné sur la période. Une comparaison de la répartition pour Escherichia coli (Ecoli) et Klebsiella pneumoniae (Kp) a été effectuée selon l’hébergement du patient. Analyse descriptive et univariée sur logiciel SAS.

Resultats
Ont été inclus 191799 prélèvements bactériologiques positifs avec Atbg, dont 3,6% réalisés pour des résidents en Ehpad. Les prélèvements étaient principalement urinaires (91,7%), de pus superficiel (3,6%) et génitaux (1,2%) (Figure 1). Tous prélèvements confondus, 5 espèces bactériennes représentaient 79,1% des isolats avec 56,4% de Ecoli, 8,8% de Kp, 5,8% de E.faecalis, 4,3% de S.aureus et 3,8% de P.mirabilis. Ecoli représentait 56,6% des souches communautaires contre 50,4% en Ehpad (p<0,001) et Kp 8,7% vs 10,0% en Ehpad (p<0,001). Ecoli était le 1^er pathogène isolé de prélèvements urinaires, avec 4,5% de souches C3G-R chez les femmes et 9,5% C3G-R chez les hommes. Parmi les S.aureus isolés de prélèvements de peau et tissus mous, 8,0% étaient méti-R. H.influenzae était la 1^re espèce pour laquelle un Atbg a été réalisés dans les prélèvements pulmonaires avec 19,5% d’isolats AMC-R et 3,8% C3G-R. Dans les prélèvements génitaux, aucune souche de N.gonorrhoeae (n=207) n’était C3G-R, en revanche 66,2% des isolats étaient ciprofloxacine-R.

Conclusion
Cette analyse exhaustive des prélèvements de bactériologie positifs suggère qu’une attention doit être portée sur d’autres prélèvements que les urines et espèces qu’Ecoli pour la surveillance de l’antibiorésistance en ville, comme la résistance de N.gonorrhoeae à la ciprofloxacine ou d’H.influenzae à l’AMC dans les prélèvements pulmonaires.

Mots cles
épidémiologie bactérienne, prélèvements, résistance

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Infections de la main, entérobactéries

Objectif - Introduction
Les co-infections ont de conséquences neutre, négligeable, délétère, ou bénéfique. Or la co-détection d’agents infectieux est de plus en plus fréquente en microbiologie clinique, notamment du fait des nouvelles techniques et surveillances. Ce travail vise à construire une image objective des co-occurrences d’agents infectieux en analysant l’organisation sociale de ceux-ci telle qu’elle est rapportée par les diagnostics d’infections communautaires à l’hôpital.

Materiels
Les identifications virales et microbiennes par culture ou PCR du 01/02/2014 au 31/12/2023 (119 mois) pour tous prélèvements de l’Assistance Publique Hôpitaux de Marseille lors des 48 premières heures d’admission ont été retenues. Seules les co-occurrences statistiquement significatives (méthode de Veech, seuil 5%) ont été incluses. L’analyse du réseau social a porté sur les mesures de centralité (laplacienne et vecteurs propres), la recherche de communautés (modularité du réseau) et de passerelles entre communautés. PADS et comité d’éthique AP-HM 24-214.

Resultats
Pour 140785 séjours, 162333 identifications dédoublonnées ont été analysées. Les codétections ont concerné 16296 séjours (11,6%) et 490 espèces, sans  périodicité de la fréquence des codétections. Finalement 18812 co-occurrences significatives pour 71 espèces ont été retenues pour la construction du réseau. Les 3 codétections les plus fréquentes sont C. albicans/G. vaginalis (1500, 7,9%), Adenovirus/Rhinovirus (589, 3,1%), P. aeruginosa/S. aureus (569, 3%). L’analyse de modularité du réseau montre 5 communautés : flore cutanée, bactéries et virus digestifs et urinaires, virus respiratoires, flore génitale et urinaire, bactéries et levures respiratoires et profondes. Les influenceurs des communautés (plus grande notoriété) sont C. albicans, G. vaginalis, S. agalactiae, S. aureus, P. aeruginosa, H. influenzae et S. epidermidis. La centralité Laplacienne élevée de E. coli, S. aureus, SARS-CoV-2, Rhinovirus, Adénovirus, VRS montre que ce sont les principaux liens entre les communautés.

Conclusion
Ce travail montre que les agents infectieux s’organisent en communautés mixtes autour d’espèces représentatives, ces communautés étant connectées par une courte liste d’espèces jouant le rôle de passerelle. De telles approches permettent de mieux décrire les associations et interactions entre agents infectieux.

Mots cles
co-détection ; infections communautaires

Objectif - Introduction
Mayotte, département français depuis 2011, est située dans l’Océan Indien. Sa proximité avec l’Afrique continentale et la République des Comores et les mouvements de personnes qui en découlent font de ce département un territoire particulièrement vulnérable à l’importation de maladies, dont le choléra en résurgence depuis plusieurs années. Notre étude décrit la surveillance épidémiologique mise en place dans le cadre de l’épidémie de choléra survenue en 2024 et sa dynamique spatio-temporelle.

Materiels
L’ensemble des patients suspects de choléra étaient adressées au Centre hospitalier de Mayotte (CHM) pour dépistage, isolement et traitement. Chaque cas suspect était testé par TDR, par PCR puis culture afin d’isoler le vibrion cholérique et permettre de confirmer ou d’invalider le diagnostic. Les souches étaient ensuite envoyés au Centre national de référence (CNR) Vibrions et  choléra pour confirmation
Dans le cadre de cette surveillance, les données cliniques et micro-biologiques étaient transmises en temps réel par le CHM à Santé publique France et l’ARS de Mayotte. Chaque cas faisait alors l’objet d’une investigation au moyen d’un questionnaire recueillant des informations démographiques, sur l’histoire de la maladie, les facteurs d’expositions entre autres.

Resultats
Entre le 18/03 et le 12/07, date du dernier cas, 214 cas confirmés et 7 cas probables de choléra ont été détectés à Mayotte, dont 22 cas importés.
Les foyers épidémiques sont survenus quasi-exclusivement dans des quartiers péri-urbains, densément peuplés, avec un accès restreint à l’eau potable. Sur 163 cas pour lesquels les données étaient disponibles, 60 % ont déclaré utiliser l’eau de la rivière pour des activités quotidiennes (jusqu’à 87% selon les quartiers).
Une chimioprophylaxie par doxycycline a été administrée aux cas et aux contacts (n=1 457).
Au 14/08, 1187 vaccinations ont été administrées aux contacts et 23065 vaccinations préventives ont été réalisées dans les quartiers touchés ou à haut risque de transmission par l’Agence régionale de santé (ARS).

Conclusion
Si la stratégie d’intervention (interventions WASH, chimioprophylaxie et vaccination) mise en œuvre par l’ARS a permis de limiter la propagation de la maladie, l’amélioration de l’accès à l’eau potable et à l’assainissement est essentielle pour le contrôle et l’élimination à long terme du choléra et des maladies hydriques à Mayotte.

Mots cles
Choléra, Epidémie

Objectif - Introduction
Le collège de bactériologie, virologie, hygiène coordonne l’observatoire des méningites depuis 1988, les données sont saisies par les adhérents sur le module spécifique du site. La base de données est consultable en temps réel sur le site et donne une image instantanée de l’évolution de l’épidémiologie par agent infectieux, par région. Ce poster permet de réaliser un point épidémiologique et de suivre l’évolution de l’utilisation des techniques de biologie moléculaire dans le diagnostic des méningites.
 

Materiels
Le recueil des données est prospectif et volontaire réalisé par les biologistes des centres hospitaliers adhérents sur le site du COLBVH.
 

Resultats
Neisseria meningitidis représente parmi les méningites bactériennes 7% (9) en 2020 ,6,9 % (12) en 2021 , 12,55% (29) en 2022, 16,4% (36) en 2023. La proportion de Streptococcus pneumoniae parmi les espèces isolées reste stable autour de 39%. Il n’est pas constaté d’évolution significative pour les autres agents bactériens. Focus sur Neisseria meningitidis en 2023: dans 3 cas/36 les éléments nucléés étaient inférieurs à 5/mm3, dans 5 cas /36 les diplocoques n’étaient pas visibles au gram, dans 8 cas/ 36 la culture était négative, le diagnostic a été réalisé uniquement par filmarray sur LCR pour 5 de ces 8 cas, le rapport glycorachie sur glycémie était calculable dans 19 cas/36 et toujours < 51%. Focus sur Streptococcus pneumoniae en 2023: dans 10 cas/86 les bactéries n’étaient pas visibles au gram, le diagnostic initial était posé dans 7 cas uniquement grâce aux antigènes solubles, dans 9 cas uniquement à l’aide de la PCR. La déclaration crescendo des méningites virales passant de 14 sites/34 en 2020 à 38 sites/47 en 2023 est en relation avec la diffusion des techniques de biologie moléculaire dans nos établissements. On note une explosion des déclarations de méningites à entérovirus en valeur absolue et en pourcentage  parmi les agents viraux (16 (22%) en 2020, 65 (39%)  en 2021, 201 (56%) en 2022, 389 ( 74%) en 2023 ). Les méningites associées aux soins représentent 4.56% des déclarations en 2023.

Conclusion
 L’augmentation des méningites bactériennes est probablement en relation avec la période postcovid. La bonne participation au recueil des méningites virales permet d’avoir une meilleure vision de l’épidémiologie et des techniques de biologie moléculaire utilisées.
 

Mots cles
méningite
épidemiologie
biologie moléculaire
 

Objectif - Introduction

  

Materiels
Nous avons analysé 33910 échantillons en bactériologie, 18445 en parasitologie et 4264 en virologie provenant de 82 sites sur 7 départements d’Occitanie Ouest. 
Techniques Seegene Allplex GI-Bacteria(I), GI-Helminth(I), GI-Parasite, GI-Virus Assay 
Bactéries : Campylobacter, Salmonella, Shigella/Escherichia coli entéro-invasifs (EIEC), Yersinia, Vibrio, Aeromonas 
Parasites: Strongyloides, Cyclospora, Giardia, Entamoeba histolytica, Hymelopsis, microscopidies, oxyures, Necator amiricanus, taenia, cryptosporidies 
Virus: adenovirus, astrovirus, norovirus, rotavirus, sapovirus 
Période :  1 janvier 2023 au 31 décembre 2023 

Resultats
Bactériologie : 12,88% des échantillons positifs avec des prévalences : Campylobacter 7,45%, Aeromonas 3,68%, Shigella /EIEC 1,02%, Salmonella 0,98%, Yersinia 0,42% et Vibrio 0,07%. 

Prévalence des GEA bactériennes qui varie selon l’âge et le germe : 
Virus : norovirus est retrouvé dans 10,72% des cas devant sapovirus 7,36%, rotavirus 4,53%, astrovirus 2,53% et adénovirus 1,74%. 

Parasites : 2 pathogènes majoritairement retrouvés (hors Blastocystis hominis 20,01% et Diantameoba fragilis 15,75%) sont cryptosporidies (1,54%) et Giardia (1,54%) devant les oxyures (0,57%), microsporidies (0,57%) et  taenia (0,27%). 

Conclusion


Mots cles
Epidémiologie, gastro-entérites aiguës, PCR

Tab1a-c : prévalence GEA PCR (bacteriologie, parasitologie, virologie), Occitanie ouest, 2023

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Helicobacter pylori

Objectif - Introduction
Les bactéries hautement résistantes (BHR) constituent un problème de santé publique. La résistance à plusieurs antibiotiques rend le traitement des infections causées par ces organismes assez limité. Développer un programme de gestion des antibiotiques est crucial.
Ce travail vise à décrire la prévalence des BHR responsables d’infections chez les brûlés et de dresser leur profil de résistance aux antibiotiques dans le centre de traumatologie et des grands brulés (CTGB) en Tunisie.

 

Materiels
Etude rétrospective réalisée sur une période de 05 ans de (2019 -2023) menée dans le laboratoire de biologie médicale.Elle porte sur les BHR responsables d’infections chez les patients hospitalisés dans le service de réanimation des brûlés.
La BHR se définit comme une bactérie présentant une résistance à au moins un agent dans toutes les classes d’antibiotiques sauf deux ou moins. Les isolats bactériens ne restent sensibles qu'à une ou deux classes.

Resultats
Au total 6370 souches ont été isolées durant la période.  Les bactéries les plus fréquemment isolées étaient : Klebsiella pneumoniae (n=774), Pseudomonas aeruginosa (n=770), Acinetobacter baumannii (n=690) et Staphylococcus aureus (n=534 ).
Parmi les 6370 souches isolées, 1037 étaient considérées comme hautement résistantes soit une prévalence de 16,3%.
Pour les bacilles gram-négatives (BGN), 20,6 % étaient hautement résistantes (n=959), dominé par A.baumannii (44,5 % ; n =307), K.pneumoniae (31,9 % ;n =247), Providencia rettgeri (22,2 % ;n =26), Providencia stuartii (7,1 % ;n =49) et  P.aeruginosa (19,5% ;n=150).
Les cocci gram positif, 4,9% étaient hautement résistantes (n=78), 6,7 % pour S.aureus ( n=36) et  36,5% pour enterococcus faecuim (n=42).Pour A.baumannii et P.aeruginosa , 66,8% et 94,7% respectivement étaient sensibles uniquement à la colistine. La fosfomycine et la colistine étaient les associations les plus actives pour K.pneumoniae (36,1%). Pour P.stuartii, les molécules les plus actives étaient l'ertapénéme ,l'aztréonam et la fosfomycine avec 29,2 %, 14,8% et 41,4% de résistance. S.aureus et E.faecuim, étaient tous sensibles à la tigécycline et au linézolide.

Conclusion
La prévalence élevée des BGN hautement résistants principalement A.baumannii (44,5%), souligne la nécessité de mettre en place des mesures de prévention et le renforcement des mesures d’hygiène pour limiter leur propagation.

Mots cles
bactérie hautement résistante, brûlé,antibiotique

Objectif - Introduction
La pandémie de COVID-19 a eu un impact considérable sur la santé publique notamment sur la résistance aux antimicrobiens (RAM).La RAM est une menace majeure pour la santé publique,l'Organisation mondiale de la santé (OMS) prévoyant une mortalité de 10 millions de personnes par an d'ici 2050.
L’objectif de notre étude est de comparer l’évolution de la RAM de différentes bactéries fréquemment isolées : K.pneumoniae, A.baumannii, E.coli, S.aureus et P.aeruginosa  face à la pandémie Covid-19.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective étendu sur trois périodes :avant le début de la pandémie Covid-19(Janvier-Décembre 2019), pendant la pandémie(Septembre 2020-2022) et après la fin de la pandémie (Mai 2023-2024). L’étude de la sensibilité suit les règles du Comité d’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie.L’analyse statistique d’une différence de résistance bactérienne entre les périodes a été réalisée par le test chi-carré (p<0,05 est considéré comme significatif).

Resultats
Sur la période d’étude, un total de 5 632 bactéries ont été isolés : 1 431 isolats en pré-Covid, 2 659 pendant la pandémie et 1 542 en post-Covid. Le tableau I résume la répartition des bactéries selon les périodes.
La prévalence de SARM (S.aureus Résistant à la Méticilline) est restée stable entre les périodes d’étude à 25% .On a observé une diminution dans la résistance aux aminosides, aux lincosamides et aux cyclines (p<0,001). Le taux de CRPA (Carbapenem-Resistant P.aeruginosa) est resté stable à 49% avant et pendant la pandémie. On note cependant une diminution significative des résistances aux aminosides. La prévalence de CRE (Carbapenem-Resistant Enterobacteriales) ont augmenté pendant la période d’étude : pour E.coli (pré-Covid :1%, Covid :2%, post-covid :4% avec p<0,05), pour K.pneumoniae (32%, 36% puis 39% avec p<0,05). La résistance de ces deux germes aux aminosides, aux fluoroquinolones a augmenté de façon significative avec la pandémie. Le taux de CRAB (Carbapenem-Resistant A.baumannii) a augmenté passant de 88% en 2019 à 92% pendant et après la pandémie.

Conclusion
L'étude a révélé une augmentation des taux de RAM des agents pathogènes à Gram négatif à l'égard de certains antibiotiques pendant la pandémie.Il est essentiel de comprendre la prévalence de la RAM pour prévenir les infections et formuler des politiques de prévention des maladies.
 

Mots cles
Résistance aux antibiotiques,COVID-19,Pandémie,Bactérie

Tableau I: Répartition des isolats bactériens selon la période d'étude

Objectif - Introduction
L’antibiorésistance est reconnu par l‘OMS comme un problème de santé publique. Il est difficile d’avoir une vision claire de l’épidémiologie en raison de la qualité et de l’accessibilité de ces données. A ce jour, les connaissances sur l’antibiorésistance dans le Pacifique et particulièrement en Nouvelle-Calédonie sont limitées.

Materiels
Le but de cette étude est de décrire la résistance aux antibiotiques de sept germes d’intérêt (S.aureus, E.faecium, E.coli, P.aeruginosa, A.baumannii, H.influenzae, N.gonorrhoea). Tous les isolats d'intérêt ont été collectés chez des patients adultes et pédiatriques au Centre Hospitalier Gaston Bourret de Nouvelle-Calédonie, entre 2005 et 2021. La sensibilité aux antibiotiques a été évaluée par l'automate Vitek-2, la méthode mini Api ou par diffusion, et interprété selon les directives du CASFM. La proportion de résistance à chaque antibiotique était comparée à la proportion obtenue l'année précédente par un test X² avec correction de Bonferroni. Une comparaison avec la consommation d'antimicrobiens a été réalisée à l'aide d'équations d'estimation généralisées

Resultats
Au total, 68443 germes ont été étudiés. Ils ont été isolés à partir de 66912 échantillons prélevés sur 47003 patients. Une diminution de la résistance d'A. baumannii à l'imipénème a été observée. Pour les autres germes, nous avons observé une résistance accrue aux différents antibiotiques étudiés. Pour E.faecium, E.coli et N.gonorrhoeae, la consommation d'antibiotiques a été identifiée comme un facteur de risque d'augmentation de la résistance.

Conclusion
Au niveau territorial, ces données ont permis d’améliorer les recommandations locales d’antibiothérapie. Cette étude va également permettre d’améliorer la connaissance sur la résistance aux antibiotiques dans les pays et territoires insulaires du Pacifique.

Mots cles
Antibiorésistance, Surveillance, Nouvelle-Calédonie

Objectif - Introduction
Suite à son plan d'action "Une seule santé"  de lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM) de 2017, la Commission européenne (CE) a financé, de 2017 à 2021, une action conjointe européenne sur la RAM et les infections associées aux soins (IAS). Cette dernière, baptisée EU-JAMRAI et doté d'un budget de 4 millions €, a été coordonnée avec succès par la France/Inserm en partenariat avec 44 institutions/24 pays. Parmi les réalisations de l'EU-JAMRAI 1 figurent le développement d'un réseau européen de surveillance de la RAM en médecine vétérinaire (EARS-Vet) ; le développement d'outils pour une meilleure gestion des antimicrobiens et prévention des infections (PCI) en Europe ; et la création d'un symbole pour incarner la lutte contre la RAM.

Materiels
En 2024, la Commission européenne a financé une nouvelle action conjointe européenne sur la RAM et les IAS. Baptisée EU-JAMRAI-2 et  coordonnée par la France/Inserm jusqu'en 2027, cette action conjointe est dotée d'un budget de 50 millions €. Elle rassemble 128 partenaires issus des 27 pays de l'UE, d'Islande, de Norvège et d'Ukraine. S'appuyant sur l'expérience d'EU-JAMRAI-1, cette action conjointe a pour objectif de créer une communauté One Health Européenne de lutte contre la RAM et vise à aider les pays à développer, améliorer et mettre en oeuvre leurs politiques de lutte contre la RAM.

Resultats
Divisée en 10 objectifs thématiques, l'EU-JAMRAI 2 proposera notamment :

• de développer en Europe des normes, exigences, programmes de formation et de renforcement des capacités, pour le bon usage des antimicrobiens (BUA) et la PCI en santé humaine et animale;
• d'identifier les facilitateurs/barrières comportementaux(-ales) au BUA et à la PCI;
• d'étendre le réseau EARS-Vet de surveillance de la résistance chez les animaux malades;
• de créer un réseau de surveillance de la résistance dans l'environnement : EARS-Env;
• de promouvoir les échanges de bonnes pratiques entre pays;
• de mettre à jour et intégrer l'approche "Une seule santé" dans les plans d'action nationaux ;
• d'améliorer l'accès en Europe à des antibiotiques importants;
• de sensibiliser différents publics en promouvant le symbole de la RAM.

Conclusion
L'EU-JAMRAI est une opportunité unique de créer une communauté Européenne de lutte contre la RAM, de positionner la France en tant que leader sur la thématique et de faire de l'Europe une région d'excellence.

Mots cles
RAM - One Health - Santé Publique 

Le symbole de la lutte contre la RAM

Objectif - Introduction
La dissémination des entérobactéries productrices de β-lactamase à spectre élargi (EBLSE) représente un problème de santé publique majeur en Afrique de l’Ouest. Notre objectif était d’étudier la dissémination d’EBLSE dans l’environnement de patients identifiés comme porteurs dans un centre de soins au Bénin avec une interprétation des résultats selon une analyse spatiale. Un typage par électrophorèse en champ pulsé avait montré une absence de clonalité entre les souches des patients.

Materiels
Parmi 56 patients du centre colonisés (prévalence = 92%), des prélèvements de selles animales dans l’environnement des quartiers d’habitation de 16 d’entre eux ont été réalisés. La recherche d’EBLSE a été effectuée par culture sur milieux sélectifs (BLSE, bioMérieux). Les types d’animaux ont été identifiés par des collaborateurs locaux et les coordonnées GPS de chaque selle ont été relevées. Une estimation de la surface occupée pat les habitations (400 m2par unité) dans des carrés de 25 ha autour de chaque selle a été réalisée avec le logiciel Qgis®. Le test du chi-2 ou le test exact de Fisher ont été effectués pour les variables discrètes ; le test de Mann-Whitney a été réalisé pour les variables continues. 

Resultats
La prévalence d’EBLSE dans les 215 selles animales recueillies était de 69,8% avec une majorité d’E. coli (89,2%). La prévalence des EBLSE diminuait significativement lorsque les selles correspondaient à des animaux ayant moins de contact avec l’homme : 85,7% pour les animaux domestiques, 78,2% pour un groupe animaux de basse-cour/porcins, 65,6% pour un groupe ovins-caprins et 35% pour les bovins/animaux sauvages. Parallèlement, dans les zones définies autour de chaque selle, la prévalence était significativement supérieure lorsque les habitations représentaient plus de 70% de la surface, comparativement à celles dans les zones pour lesquelles elles représentaient entre 30% et 70% de la surface et dans les zones où elles représentaient moins de 30% de la surface (94,1% vs. 64,7%, p = 0,04 et 94,1% vs. 54,2%, p = 0,02 respectivement)

Conclusion
Les résultats sont en faveur d’une forte prévalence de colonisation par EBLSE chez les animaux avec pour conséquence une contamination de l’environnement. Par ailleurs, cette prévalence semble dépendre de la fréquence des contacts avec l’homme et de l’anthropisation du milieu

Mots cles
Epidémiologie / Antibiorésistance / One Health / BLSE

Objectif - Introduction
Les infections urinaires (IU) comptent parmi les infections bactériennes les plus courantes. Il est crucial de poser un diagnostic rapide pour détecter les souches multirésistantes de plus en plus fréquentes.
Les espèces d'Enterococcus jouent un rôle croissant dans les infections nosocomiales et restent une cause importante d'infections des voies urinaires et d'endocardites acquises dans la communauté.
L'objectif de l'étude était d'évaluer les performances de la carte VITEK^®2 AST-P667 pour les espèces d'Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium après 12h d'incubation sur CHROMID^® CPS^® Elite (CPSE) dans la chaine WASPLAB.

Materiels
Vingt-neuf souches d’Enterococcus (23 E.faecalis et 6 E.faecium) ont été inoculées sur CPSE, incubées et photographiées automatiquement dans le WASPLab®.  Après incubation 12h et 18-24h, les colonies ont été prélevées manuellement pour réaliser la carte VITEK^®2 AST-P667 contenant 9 antibiotiques: Ampicilline (AM), Quinupristine/Dalfopristine (QDA), Linezolide (LNZ), Daptomycine (DAP), Teicoplanine (TEC), Vancomycine (VA), Tigecycline (TGC), Nitrofurantoine (FT) and Trimethoprime/ Sulfamethoxazole (SXT).
Les résultats obtenus à 12h ont été comparés à ceux obtenus entre 18h et 24h, en suivant la norme internationale ISO20776-2 pour l’évaluation de la concordance essentielle (EA) et le biais. La concordance en catégorie (CA) a également été évaluée en se basant sur les breakpoints de la norme EUCAST V12.0.

Resultats
Pour chacun des neufs antibiotiques, le critère d’EA (≥ 90%) est atteint. L’évaluation du biais est réalisée sur les deux antibiotiques présentant un nombre d’échantillons “on-scale” ≥ 25. Le biais est acceptable pour QDA et LNZ, il est respectivement de -2,8% et -3,1%.
Pour QDA, le nombre de souches d’E.faecium est insuffisant pour calculer la CA. Pour les autres antibiotiques pour lesquels un breakpoint EUCAST existe (soit 7ATB), la CA est de 100%.

Conclusion
Les résultats d’antibiogramme des Enterococcus spp avec la carte VITEK®2 AST-P667 montrent des performances comparables en utilisant des cultures sur CPSE incubées 12h ou 18h-24h dans le WASPLab®. L’association de WASPLab® et d’une incubation réduite de CHROMID® CPSE permet de raccourcir le délai de rendu des résultats VITEK®2 AST avec un impact réel sur la prise en charge des patients atteints d’IU.

Mots cles
Identification précoce, CPS^®Elite, WASPLab®, VITEK2 AST

Objectif - Introduction
Le contrôle des bactéries hautement résistantes émergentes (BHRe) est crucial dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques. Depuis 2023, une émergence rapide des Enterococcus faecium résistants à la vancomycine a été observée dans notre institution. Cette étude vise à décrire cette épidémie locale à l’aide du séquençage génome entier (WGS) pour comprendre la diffusion du pathogène.

Materiels
Les patients avec une souche d’ERV isolée entre avril 2023 et juillet 2024 ont été inclus. Le génome des souches a été séquencé avec la technologie Illumina, suivi d'une analyse de MLST et de détection des gènes de résistance. Les comparaisons des souches ont été effectuées par SNPdists après réalisation du pangénome (Roary). En parallèle, le chronogramme des patients a été réalisé.

Resultats
Un total de 131 patients infectés ou colonisés par des ERV ont été identifiés (Figure), dont 104 (79,3 %) via dépistage. La répartition des cas par hôpital est : 58 à l'Hôpital 1, 36 à l'Hôpital 2, 21 à l'Hôpital 3, 14 à l'Hôpital 4, et 2 à l'Hôpital 5. Au niveau des services, 36 ont rapporté au moins un cas, 20 plus de 2 cas, et 9 plus de 5 cas. Les spécialités les plus touchées incluent la médecine interne (32 cas), la réanimation (18), la chirurgie vasculaire (17), la transplantation rénale (11), la transplantation pédiatrique (10), et la gastroentérologie (8). Concernant la résistance à la vancomycine, 105 cas (80 %) étaient de type VAN-A et 26 (19,8 %) de type VAN-B. Sur les 110 souches séquencées, 4 ST ont été détectés : ST117 (N=62 ; 56,4 %), ST80 (N=44 ; 36,7 %), un nouveau ST proche du ST1478 (N=6 ; 5 %), ST1478 (N=1), et ST18 (N=1). Les souches ST117 portaient toutes le gène vanA, tandis que celles du ST80 portaient le gène vanB dans 47,7 % des cas. L’analyse comparative des génomes et les chronogrammes sont en cours.

Conclusion
Cette étude confirme l’émergence et la diffusion rapide des ERV à l’APHM. Des souches de ST identiques et porteuses des mêmes gènes de résistances ont été détectées chez des patients sans transmission croisée évidente, montrant les limites du MLST seul pour investiguer les voies de transmission. Le recours au WGS est une approche plus précise et discriminante pour comprendre la dynamique de propagation des ERV et optimiser les stratégies de contrôle des infections dans l'environnement hospitalier

Mots cles
Entérocoques résistants à la vancomycine ; WGS ; épidémies hospitalières

Figure. Isolement des ERVs entre 2023 et 2024.

Objectif - Introduction
Depuis la mise en évidence d’une synergie, l’association amoxicilline (AMX) - ceftriaxone (CRO) est devenue le traitement de référence de l’endocardite infectieuse à Enterococcus faecalis (EFS). Peu de données existent sur l’efficacité de cette association chez E. faecium, avec un nombre limité de souches sensibles ou résistantes testées. Afin de caractériser son efficacité chez E. faecium sensible à l’ampicilline (EFM-S), nous avons testé l’activité bactériostatique/bactéricide de l’association AMX – CRO chez des souches d’EFM-S en comparaison avec une collection d’EFS, par la méthode de l’échiquier.
 

Materiels
Nous avons mesuré les CMI de l’AMX et de la CRO seules et en association par microdilution en milieu liquide Mueller-Hinton par la méthode de l’échiquier sur 21 souches d’EFM-S et 10 souches d’EFS. La synergie a été évaluée par détermination du meilleur « fractional inhibitory concentration index » (FIC) (synergie si FIC≤0.5). Le puits correspondant au meilleur FIC a été repiqué sur gélose TSA afin de déterminer le pourcentage de survie et d’estimer l’activité bactéricide.
 

Resultats
Les CMI des antibiotiques seuls étaient identiques entre EFM-S et EFS (CMI50AMX=1 mg/L ; CMI50CRO=512 mg/L). Une synergie AMX-CRO était retrouvée chez l’ensemble des souches d’EFM-S et d’EFS. Pour les souches d’EFM-S, la combinaison la plus synergique nécessitait des concentrations d’AMX et de CRO (CMI50AMX-synergie=0,25 mg/L; CMI50CRO-synergie=32 mg/L) plus élevées que pour les souches d’EFS (CMI50AMX-synergie=0,06 mg/L; CMI50CRO-synergie=16 mg/L). Le pourcentage de survie au meilleur FIC n’était pas significativement différent entre EFM-S (médiane=0,92%, EI=3,28%) et EFS (médiane=0,40%, EI=3,14%) (p=0.29). L’association n’était bactéricide pour aucune souche (% survie > 0.01%).
 

Conclusion
In vitro, la combinaison AMX/CRO présente une activité synergique chez les souches d’EFM-S et d’EFS. Malgré un effet synergique légèrement plus marqué pour les EFS que les EFM-S avec deux dilutions d’écart pour l’amoxicilline et une dilution pour la ceftriaxone, la combinaison la plus synergique n’est bactéricide ni chez EFM-S ni chez EFS. Qu’il s’agisse des EFS et EFM-S, la concentration de ceftriaxone au meilleur FIC est élevée en comparaison aux concentrations atteignables in vivo.
 

Mots cles
Synergie, Enterococcus, bactéricidie, endocardite
 

Objectif - Introduction
L’association de sulfaméthoxazole/triméthoprime (SXT) est un antibiotique de recours dans la prise en charge des infections à staphylocoques non-aureus (SNA). L’objectif de ce travail a été de comparer les méthodes de détermination de la sensibilité au SXT en milieu solide et en milieu liquide sur une large collection de souches cliniques de SNA.

Materiels
Dans un 1er axe, 30 souches de 6 espèces de SNA (n=180) ont été incluses de manière prospective. Pour chaque souche, la sensibilité au SXT a été testée en diffusion par la méthode des disques (Oxoid). La CMI a été déterminée en diffusion par ellipsométrie (Etest, bioMérieux) et en milieu liquide (FR2STENT, Thermo Fisher). Dans un 2nd axe, une étude rétrospective a été menée entre juillet 2022 et février 2023 sur 312 souches de SNA pour comparer la méthode des disques et la CMI en milieu liquide. Dans un troisième axe, l’étude de la sensibilité au SXT a été réalisée sur des souches préalablement séquencées (n = 5). Pour ces souches, les gènes de résistance ont été recherchés avec ResFinder v4.0. L’analyse des discordances a été réalisée en prenant la méthode des disques comme référence pour le calcul des erreurs très majeures (VME) et majeures (ME).

Resultats
Dans le 1er axe, le taux de concordance entre disques combinés et CMI liquide était de 0,6 et 0,73 chez S. epidermidis et S. hominis, respectivement. Pour ces espèces, le pourcentage de VME était de 27,3 % et de 18.2%, et le taux d’erreur mineur (mE) de 30 % et 20% respectivement. Pour les autres espèces, le taux de concordance était excellent (0,97-1). Le taux de concordance entre disques combinés et CMI sur milieu solide était de 0,9 pour S. epidermidis et de 0,73 pour S. hominis. Dans l’axe 2, le taux de concordance était de 0,51, avec un taux de VME et mE à 47,7 % et 19,6 %, respectivement. Dans l’axe 3, le taux de concordance est de 0 (1 VME et 4 mE). Dans toutes les souches, des supports génétiques de résistance au SXT ont été détectés : dfrC (n = 5/5) et mutation dans drfB (n = 3/5).

Conclusion
La méthode des disques est la meilleure approche pour détecter les isolats résistants au SXT. Un changement de valeurs seuil de « résistant > 4 mg/L » à « résistant > 1 mg/L » permettrait de corriger la majorité des discordances. Ce changement de valeurs seuil semble également pertinent en regard de la distribution des CMI pour ces espèces bactériennes. 

Mots cles
SNA, Bactrim

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Staphylococcus epidermidis, multi-résistance, linézolide, génotypage, ST-2, IR-Biotyper®

Dendrogramme de 24 isolats de Staphylococcus epidermidis basé sur les spectres générés par IR-Biotyper

Objectif - Introduction
Staphylococcus aureus (SA) est un pathogène fréquemment isolé dans le cadre de bactériémie. Bien que le dépistage de la sensibilité à la pénicilline des isolats de SA a été délaissé par les microbiologistes, on observe un regain d’intérêt à effectuer cette recherche car la proportion de SA sensible à la pénicilline (SASP) n’est pas négligeable et varie de 20 à 49% en fonction des études. L’objectif de ce travail a été d’effectuer une analyse phénotype/génotype des souches de SA afin de détecter de manière fiable la production de pénicillinase.

Materiels
Deux cents SASM, non-redondants, isolés d’hémocultures entre 2023 et 2024 au laboratoire du GH Saint-Louis/Lariboisière ont été sélectionnés. Les antibiogrammes ont été réalisés et interprétés selon les règles du CASFM 2023. La détection phénotypique de la présence de pénicillinase a été faite à l’aide d’un disque de pénicilline G (1UI). L’ADN des souches a été extrait par l’automate Qiasymphony (Qiagen) et la détection du gène blaZ a été effectué par PCR et séquençage Sanger du gène pour identifier les différents variants de blaZ(A,B,C,D).

Resultats
Le gène blaZ a été détecté chez 67% (134/200) des souches de SA. Pour les 33% de SASP, la corésistanceétait faible soit de 33%, 6% et 2% aux macrolides,cotrimoxazole et fluoroquinolones, respectivement. Aucune co-résistance n’a été observée chez 62% des SASP et les SASP n’était associés à aucun profil de résistance particulier. Parmi les souches productrices, le variant blaZ de type B était le plus fréquent (45%), suivi du type C (28%), A (26%) et D (1%). Les types A et C décrites comme associés à l’effet inoculum à la céfazoline représentent 54% des pénicillinases identifiés dans notre étude.
Comparé à la PCR, la sensibilité et la spécificité du disque de pénicilline G étaient respectivement de 98,5%/100%, 50%/100%, 99%/100% en prenant en compte uniquement le diamètre, uniquement la bordure et la bordure et le diamètre.

Conclusion
Notre étude met en évidence 33% de SASP au sein denotre collection récente dans le GH St Louis Lariboisière.La fiabilité de cette information ne peut reposer que sur le dépistage par PCR car la phénotypie reste trop peu sensible. Cette procédure est simple, peut être implanté facilement au laboratoire et permet d’envisager une déescalade avec l’utilisation de l’amoxicilline en relai dans les infections à SA.

Mots cles
Staphylocoque doré, pénicillinase, phénotype/génotype

Objectif - Introduction
Le genre Aerococcus regroupe 43 espèces parfois responsables d’infections. Les plus fréquentes, A. urinae et A. sanguinicola, espèces sensible à l'amoxicilline, sont reconnues comme agents d'infections urinaires et d'endocardites. Plus rarement, A. viridans est aussi retrouvée dans des prélèvements cliniques. L’objectif de ce travail a été de décrire les caractéristiques cliniques et microbiologiques des souches de A. viridans retrouvées dans des prélèvements humains et d’étudier leurs sensibilité aux antibiotiques.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective monocentrique conduite entre janvier 2015 et mars 2024. Seules les souches qui ont été conservées ont été incluses dans ce travail. Les données cliniques et microbiologiques ont été recueillies. Les CMI ont été déterminées par ellipsométrie (Etest, bioMérieux) en triplicat et interprétées selon les recommandations du CA-SFM. La recherche de la présence d’une β-lactamase a été réalisée (céfinaseTM, BD).

Resultats
Au total, 10 souches ont été collectées durant la période d’étude. La majorité des souches ont été isolées de flacons d’hémocultures (6/9) et de prélèvements ostéo-articulaires (2/9). La plupart des flacons d'hémocultures ont été considéré comme contaminant, devant la positivité unique des flacons (5/6). Dans la plupart des cas, la documentation bactériologique était polymicrobienne (7/9). Aucune endocardite, ni infection urinaire n’a été diagnostiqué chez ces patients. La majorité des souches (8/10) étaient résistantes à la pénicilline G (CMI ≥ 0,125 mg/L) et sensibles à l’amoxicilline (7/10, CMI ≤ 0,125 mg/L). Ces souches étaient sensibles au méropénème (CMI ≤ 0,25 mg/L). La rifampicine (CMI ≤ 0,125), la ciprofloxacine (CMI ≤ 2 mg/L), la lévofloxacine (CMI ≤ 2 mg/L) et le linézolide (CMI ≤ 2 mg/L) conservaient une efficacité constante.  Bien qu’il n’existe pas de valeur d’espèce pour les céphalosporines, 2 souches présentaient haut niveau de résistance au céfotaxime (CMI = 32 mg/L) et à la ceftriaxone (CMI ≥256 mg/L). Pour ces 2 souches, la recherche d’une β-lactamase était négative.

Conclusion
A. viridans est inconstamment sensible à l’amoxicilline et certaines souches possèdent un haut niveau de résistance aux céphalosporines de 3ème génération. Bien que cette espèce apparaisse peu virulente, la détermination de la sensibilité aux β-lactamines doit être réalisé lors de réelles infections.

Mots cles
A. viridans, antibiorésistance

Objectif - Introduction
Décrire l’évolution de la sensibilité aux antibiotiques parmi les souches invasives de Streptocoque du groupe B (SGB) en France.

Materiels
Les souches invasives étaient envoyées au Centre National de Référence des Streptocoques par ses correspondants. Un antibiogramme était réalisé selon les recommandations de l’EUCAST. Le typage capsulaire et l’identification du clone hypervirulent CC17 étaient déterminés par PCR. Les gènes de résistance aux macrolides, lincosamides et aminosides étaient recherchés par PCR multiplexe le cas échéant. Un séquençage complet du génome a été réalisé pour toutes les souches hautement résistantes à la gentamicine.

Resultats
Entre 2007 et 2023, 5228 cas d’infections invasives à SGB ont été rapportés au CNR, dont 3431 chez l’adulte (Ad) (65,6%) et 1797 chez le nouveau-né (Nn) (34,4%). Chez l’Ad, les manifestations cliniques les plus fréquentes étaient les bactériémies sans point d’appel (n=1884, 54,9%) et les infections ostéo-articulaires (n=424, 12,4%). Chez le Nn, 568 cas étaient des infections précoces (31,6%) et 1229 des infections tardives (68,4%). Une méningite était rapportée dans 21,5 % et 45,3 % des cas respectivement. Toutes les souches étaient sensibles aux bêta-lactamines et à la vancomycine. Entre 2007 et 2023, la résistance aux macrolides et lincosamides est restée stable chez l’Ad, autour de 31%, tout en progressant chez les Nn de 21,8% à 31,9% (p<0,001), en lien avec l’expansion d’un sous-clone CC17 de capsule III ayant acquis un élément conjugatif intégratif comportant les déterminants tet(O), erm(B) et aphA-3. La résistance de haut niveau à la gentamicine est restée sporadique jusqu’en 2018 (<0,5%) puis a progressé parmi les souches Ad et Nn pour atteindre 2,8% des isolats en 2023 (p=0,02), en lien avec l’expansion clonale d’un autre sous-type CC17 de capsule IV possédant un élément conjugatif intégratif positif comportant le déterminant aac(6’)Ie-aph(2’’)Ia.

Conclusion
La résistance aux macrolides, lincosamides et aminosides chez le SGB est en augmentation régulière depuis 20 ans. Celle-ci concerne en particulier le clone hypervirulent CC17 responsable de près de 70% des infections néonatales, renforçant la nécessité d’une surveillance épidémiologique accrue.

Mots cles
Streptocoque du groupe B ; épidémiologie ; antibiorésistance.

Objectif - Introduction
L’incidence des SARM en établissement de santé  est en constante baisse depuis 2003 avec l’usage des solutions hydroalcooliques et la politique de lutte contre les BMR dont le bon usage des antibiotiques. Leur surveillance est menée dans notre centre hospitalier depuis 2012 ce qui a permis de détecter une augmentation depuis 2019 des cas de SARM résistants aux aminosides, à la fucidine et à la levofloxacine que nous avons étudiés. 

Materiels
Analyse clinique de tous les dossiers des patients ayant eu au moins un SARM avec cet antibiotype dans un prélèvement à visée diagnostic  entre le 01/01/12 et le  25/08/24 ,en recherchant la provenance des patients, les ATCD d’hospitalisation avant la 1ère détection, le type d’infection, le pronostic à 1 mois. Sept souches isolées entre janvier 2023 et  avril 2024 ont été séquencées par le CNR des Staphylocoques en mai 2024. 

Resultats
38 patients ont été inclus, moyenne d’âge 78 ans, 45 % provenaient d’un  EMS ou d'EHPADs. Six patients détectés entre 2012 et 2018, 32 patients entre 2019 et août 2024 (5 fois plus sur cette deuxième période). Dans 66 % des cas le diagnostic est fait en cours d’hospitalisation, 18% aux urgences et 14% en EHPAD. Dix-neuf patients (52%) présentaient des plaies aigües ou chroniques dont 3 étaient colonisés ou infectés depuis plus d’un an. Les infections étaient urinaires dans 42% des cas, cutanéomuqueuses 26%, du site opératoire 16%, liées à un cathéter 5%, bronchopulmonaires 5% (18% d’entre elles avec une bactériémie). 23% des patients sont décédés dans les 30j. Les 7 souches adressées au CNR pour séquençage appartiennent au clone ST45-MRSA-V(agr4) dont 6 souches présentent une distance génétique comprise entre 6 et 30 SNPs d’écart entre elles. Des liens épidémiologiques étroits prouvent des transmissions nosocomiales mais aussi en EHPAD et une  intrafamiliale. 

Conclusion
Même si les infections à SARM sont en nette régression, la surveillance de ces BMR doit se poursuivre pour détecter l’émergence de clones particuliers. Ces SARM multirésistants responsables d’infections sévères et en augmentation depuis 2019 sur notre territoire semblent liés à la circulation du clone ST 45MRSA-V autour de patients porteurs, en hospitalisation, en EHPAD et en communautaire. Des mesures de prévention autour de ces patients sont à définir pour freiner leur transmission. 

Mots cles
SARM  BMR clone ST 45MRSA-V gériatrie EHPAD

Objectif - Introduction
La délafloxacine (DLX) est une fluoroquinolone (FQ) aux propriétés intéressantes : activité augmentée sur les bactéries à Gram positif et en pH acide, associée à un ciblage quasi-équivalent des 2 topoisomérases de type II bactériennes. Cette dernière propriété peut participer à diminuer la probabilité d’émergence de souches résistantes, qui nécessiterait alors plusieurs mutations simultanées sur les 2 cibles. La plupart des souches bactériennes résistantes aux FQ montrent des mutations au niveau des QRDR (quinolone resistance-determining regions) des gènes gyrA et/ou parC. L’objectif de ce travail a été de générer in vitro des mutants à la lévofloxacine (LVX), moxifloxacine (MXF) et à la DLX sur des souches cliniques d’Enterococcus faecalis responsables d’infections urinaires masculines, puis d’identifier par génomique comparative, les mutations impliquées dans la résistance à la DLX.

Materiels
Huit souches cliniques d’E. faecalis avec des fonds génétiques différents ont été utilisées. Brièvement, environ 10⁹ UFC étaient étalées sur géloses ‘Brain-Heart Infusion’ contenant des concentrations croissantes de LVX, MXF et DLX (2 à 16 fois la CMI). Les géloses étaient incubées à 37°C pendant 72 h. Les mutants étaient confirmés par détermination des CMI en milieu liquide. Les génomes des mutants et des souches parentales ont été séquencés (BGI) puis une analyse génomique comparative a été réalisée à l’aide du logiciel CLC Genomics Workbench (Qiagen).

Resultats
La fréquence de sélection des mutants résistants à la DLX était <10⁹. Les données de séquençage semblent montrer l’importance de la position 84 de gyrA dans l’émergence de la résistance à la DLX chez E. faecalis. La majorité des mutants à la DLX générés in vitro présentaient des substitutions en acides aminés à cette position (Ser84Arg, Ser84Ile ou Ser84Phe), entraînant une diminution de sensibilité aux 3 FQ (augmentations des CMI entre 2 à 5 dilutions pour la DLX). A noter que d’autres mutations ponctuelles ont également été identifiées chez certains mutants (ex. Glu88Lys sur gyrA ou Ser442Pro sur gyrB), entraînant aussi une augmentation de CMI aux 3 FQ testées.

Conclusion
Ces données semblent montrer le rôle important des mutations en position 84 de gyrA dans l’émergence de la résistance à la DLX chez E. faecalis. De plus, la DLX semble montrer une faible fréquence de sélection de mutants résistants.

Mots cles
E. faecalis, délafloxacine, GyrA.

Objectif - Introduction
Les infections à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) constituent un défi majeur dans les hôpitaux, en particulier dans les unités de brûlés. L'utilisation de méthodes de typage moléculaire est essentielle pour suivre la propagation de l'infection à S. aureus et les enquêtes épidémiologiques. L'objectif de cette étude était de d’évaluer le taux de résistance vis-à-vis des autres familles d’antibiotiques et de caractériser les souches de S. aureus impliqués dans les infections survenant chez les patients brûlés hospitalisés au Centre des brûlés du CHU de Constantine en Algérie.

Materiels
Au total, 74 S. aureus non dupliqués ont été isolés chez des patients brûlés entre Janvier 2012 et Décembre 2014. La sensibilité des isolats à 21 antibiotiques différents a été testée par la méthode de diffusion de disque sur gélose. Les souches de SARM ont été identifiées par amplification du gène mecA. La technique par polymérase de réaction en chaîne (PCR) en temps réel a été utilisée pour déterminer les types SCCmec des souches de SARM et tous les isolats de S. aureus ont été typés par la méthode de typage du gène spa.

Resultats
La détection du gène mecA a montré que 68 (91,9 %) des isolats étaient des SARM. Six profils présentent une multirésistance importante Le taux de résistance le plus élevé a été observé pour l’anti-biotype défini par une résistance simultanée à la pénicilline, à la kanamycine, à la tobramycine, à la gentamicine, à la ciprofloxacine et à la tétracycline avec une fréquence élevée de 48,5% (n = 33). Aucun des isolats n'était résistant à la vancomycine. Cinquante-quatre des 68 isolats de SARM contenaient SCCmec de type III mercury et quatorze isolats comportaient SCCmec de type IV. Huit types spa différents ont été détectés. Le types spa le plus courant était t037 (73,5 %) et n'a été trouvé que dans les isolats de SARM.

Conclusion
Bien que les souches de SARM aient un réservoir hospitalier, une surveillance régulière est nécessaire de ces souches SARM lié au SCCmec-III mercury.

Mots cles
SCCmec type; Staphylococcus aureus; patient brûlés; spa gène.

Objectif - Introduction
L’Observatoire régional du pneumocoque Midi-Pyrénées (ORP-MD) collecte les souches de Streptococcus pneumoniae pour la surveillance de la résistance aux antibiotiques et de l’évolution des sérogroupes.

Materiels
En 2023, l’ORP-MD a collecté les souches de pneumocoque responsables d’infections invasives (II) (Hémoculture (HC), liquide céphalo-rachidien, liquides pleuraux et pus d’otite moyenne aiguë (OMA)) chez l’enfant et l’adulte. Les sensibilités à la pénicilline (P), à l’amoxicilline (AMX) et aux céphalosporines (C3G) ont été déterminées par dilution en milieu liquide (plaques Sensititre®) et par diffusion en milieu gélosé pour les autres antibiotiques, puis interprétées selon les recommandations du CASFM-EUCAST 2023. Le sérogroupage a été déterminé par agglutination latex.

Resultats
En 2023, 158 souches d’II ont été collectées chez 34 enfants < 16 ans (21.5%) et 124 adultes (78.5%), soit 2 fois plus de souches d’II invasives qu’en 2021, avec une augmentation exclusivement observée chez l’adulte. Les souches provenaient principalement d’OMA chez l’enfant (64.7%) et d’HC (76,5%) chez l’adulte. La proportion de pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP : CMI> 0,06 mg/L) était de 30.4% (Sensible Forte Posologie (SFP) : 24.7% et Résistant (R) : 5,7%) pour l’ensemble des II (enfant : 41.2% et adulte : 27.4%). Pour l’AMX 12% des souches étaient SFP/R contre 7 à 9% pour les C3G (Céfotaxime : 6.97% ; Ceftriaxone : 8.85%), en diminution par rapport à 2019 et 2021. Le pourcentage de PSDP ainsi que de souches SFP/R à l’AMX/C3G restait plus important chez l’enfants que chez l’adulte. La résistance aux beta-lactamines semblait également régresser chez les souches de portage. Globalement, on notait une baisse de la résistance à tous les antibiotiques depuis 2015, après d’importantes augmentations en 2017 et 2021. Parmi les souches agglutinables, le sérogroupe 19 était en recul depuis 2015. Les sérogroupes majoritaires sont maintenant le 11 et le 15 chez l’enfant et restent les sérogroupes 8 et 3 chez l’adulte.  Le sérotype majoritaire des HC était le 8 et celui des OMA le 11.

Conclusion
Les II invasives à pneumocoque sont en nette recrudescence chez l’adulte. La résistance aux beta-lactamines a diminué depuis 2021, se rapprochant des taux de 2015. Ces tendances s’appliquent aussi aux autres classes d’antibiotiques.

Mots cles
Pneumocoque – PSDP – ORP – Midi-Pyrénées – Résistances

Objectif - Introduction
Les entérocoques sont des pathogènes responsables essentiellement d’infections associés aux soins. Ces bactéries présentent une résistance intrinsèque à divers antibiotiques. Leur capacité à acquérir plusieurs résistances complique encore leur traitement.
L’objectif de ce travail était d’étudier l’épidémiologie ainsi que les profils de résistance aux antibiotiques des entérocoques isolés au centre de traumatologie et des grands brûlés (CTGB).
 

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective menée sur une période de cinq ans (2019-2023) incluant toutes les souches non répétitives d’Enterococcus sp, au CTGB à Ben Arous. L’identification bactérienne était faite par les méthodes conventionnelles. La sensibilité aux antibiotiques était étudiée selon les recommandations du CA-SFM annuellement révisées.
 

Resultats
Au total, nous avons colligé 420 souches non redondantes d’Enterococcus sp soit 3,2% des germes isolés. Les souches provenaient essentiellement du service de réanimation des brûlés (51,9%), puis des services d’orthopédie (10,7%), neurochirurgie (9,1%) et anesthésie-réanimation (8,6%).
Les entérocoques étaient isolés principalement dans les hémocultures (45,7%) et l’urine (21,7%).
Enterococcus faecalis était l’espèce prédominante (52%) suivie par Enterococcus faecium (39,1%).
E.faecalis était globalement sensible avec une résistance de 1,9% à l’ampicilline, 16% à la gentamicine, 48,5% à l’érythromycine 20,4% à la lévofloxacine et 0,8% à la fosfomycine.
E. faecium présentait une fréquence élevée de résistances : 66% à l'ampicilline, 51,6% à la gentamicine, 77% à l'érythromycine, 61% à la lévofloxacine et 6,5% à la fosfomycine.
Les taux des entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) étaient de 42,8% pour E. faecium et 1,9% pour E.faecalis.
Aucune résistance au linezolide ni à la tigécycline n’était détectée.
L’évolution des taux de résistance pour E.faecium était marquée par une augmentation des résistances pour l’ampicilline (de 53,1% à 59%),la lévofloxacine(de 61,5% à 63,6%) et l’érythromycine (de 66,7% à 70,5%).
Néanmoins une décroissance des ERV était notée de 53,8% à 39,3% pour E.faecium et de 9,3% à 0% pour E.faecalis.

Conclusion
Face aux taux importants des ERV ainsi qu’aux niveaux élevés des résistances aux antimicrobiens notamment pour E.feacium, un renforcement des mesures de lutte est primordial.
 

Mots cles
Entérocoques,résistance,ERV 
 

Objectif - Introduction
Présenter les données en Nord–Pas-de-Calais  de la résistance aux antibiotiques des souches de Streptococcus pneumoniae (Sp) isolées dans les infections invasives et les otites moyennes aiguës (OMA) chez l’adulte (A) et l’enfant (E).
 

Materiels
En 2023, 211 souches de Sp isolées d’hémocultures (171A/9E), de LCR (9A/2E) et d’OMA (20E) ont été recueillies. Les CMI de la pénicilline, amoxicilline (AMX) et céfotaxime (CTX) ont été déterminées par la méthode de référence. La sensibilité à l’érythromycine (ERY), triméthoprime-sulfaméthoxazole (SXT), tétracycline (TET) et norfloxacine (NOR) a été étudiée par diffusion en gélose, ATB pneumo ou VITEK 2. Le sérogroupage a été déterminé par agglutination latex.
 

Resultats
Le nombre total de souches de Sp a augmenté en 2023 dépassant le nombre de 200 souches comme en 2019 période pré-COVID alors qu’une baisse de plus de 50% avait été notée en 2021 (127 souches). Le pourcentage PSDP en 2023 diminue à 36,1% (46,5% en 2021). Les souches sensibles à forte posologie (SFP)+R à AMX et CTX sont de 11,7% et 12,2% respectivement (24,4% et 19,7% en 2021).  Quinze souches étaient résistantes à AMX et 3 au CTX. Le taux de PSDP issus d’OMA est de 60% (66,7% en 2021). Les hémocultures présentent un taux de PSDP de 33,5% (44,6% en 2021) avec un pourcentage de SFP+R à AMX et CTX de 12,1% et 11% (22,3% et 17,8% en 2021) respectivement. Les souches de PSDP issues de LCR diminuent avec un taux de 27,3% (61,5% en 2021). La résistance à ERY, SXT, TET et NOR est de 24,8%, 7%, 22,5% et 0% respectivement versus 29,1%, 4,7%, 28,6% et 0% en 2021. En 2023, le sérogroupe 3 est en hausse (15% vs 7% en 2021) tandis que les sérogroupes 19 et 23 diminuent (6% vs 11% et 5,6% vs 8,6% en 2021 respectivement). Parmi les sérogroupes non vaccinaux, le sérogroupe 8 diminue (2,3% vs 6,3% en 2021) alors que sérogroupe 15 augmente (7,5% vs 5,5% en 2021).

Conclusion
: Au cours de l’année 2023, le taux de PSDP diminue en Nord–Pas-de-Calais (36,1%) retrouvant un taux pré COVID de 2019 à 32,7% avec une ascension du nombre de souches collectées. Ce taux de PSDP est supérieur à la moyenne nationale (30%). La résistance des antibiotiques reste stable par rapport à 2021. Il est à noter la diminution des sérogroupes 8 et 23. La surveillance reste de mise afin de confirmer la baisse des PSDP suite à la hausse de  2021 marquée par le COVID

Mots cles
Nord–Pas-de-Calais,  Résistance, Streptococcus pneumoniae, 2023

Objectif - Introduction
Analyser l’évolution entre 2009 et 2023 de la résistance aux béta-lactamines et de la distribution des sérotypes des souches de pneumocoque (Sp) isolées d’infections invasives (IIP). Les données analysées ont été générées à partir d’un programme national de surveillance du pneumocoque.

Materiels
Les souches isolées de liquide cérébro-spinal (LCS) et d’hémoculture (HEM) chez l’enfant (E ; n= 2232) et l’adulte (A ; n=19578) ont été étudiées pour leur résistance (R) à pénicilline G (PEN), à l’amoxicilline (AMX) et au céfotaxime (CTX) et interprétées selon les recommandations du CASFM/EUCAST 2023. Le sérotypage a été réalisé par le CNRP sur un quota de 9076 souches. Nous avons analysé 2009, année avant l’introduction du PCV13 en France puis 1 an sur 2 jusqu’en 2023.

Resultats
De 2009 à 2015, nous avons observé une baisse de 49% du nombre de Sp, suivie d’une relative stabilité jusqu’en 2019, d’une nouvelle baisse en 2021 (-44%) en lien avec la pandémie COVID, puis d’un rebond en 2023 (+ 47% /2021).
Depuis 2017, les souches R à PEN augmentent chez l’E et l’A. La R à l’AMX reste globalement stable chez l’A et l’E excepté en 2021. Concernant le CTX, on note une augmentation des souches R dans les LCS ces dernières années, à la fois chez l’A et chez l’E.
En 2009, les sérotypes du vaccin PCV13 représentaient 76% des Sp isolés d’IIP chez l’E et 59% chez l’A, versus 9% chez l’E et 26% chez l’A en 2023. Chez l’E en 2023, les vaccins PCV15 et PCV20 couvraient respectivement 16% et 40% des Sp. Chez l’A en 2023, le PCV20 couvrait 62% des Sp. Le PPV23 quant à lui couvrait 70% des Sp.
En 2023, les sérotypes les plus fréquents chez l’E étaient les 24F (21,6%) 12F (8,4%) et 10A (7,6%), non couverts par le PCV15 mais couverts par le PCV20 pour les 12F et 10A. Chez l’A, les sérotypes les plus fréquents étaient le 3 (16,7%), 8 (14,8%), 22F (8,3%), couverts par le PCV20, puis le sérotype 9N (5,9%) non inclus dans le PCV20.

Conclusion
La distribution des sérotypes continue de se modifier dans le temps et la place des souches invasives à sérotype non vaccinal progresse ainsi que l’évolution de la résistance des Sp aux antibiotiques. Cette surveillance conjointe de la sensibilité aux antibiotiques et de la distribution des sérotypes est indispensable afin de guider le choix des vaccins conjugués et d’évaluer l’impact de la politique vaccinale.

Mots cles
Pneumocoques, Antibiorésistance, sérotypes, vaccins, ORP ; CNRP

Objectif - Introduction
Analyser les données de résistance aux antibiotiques et les sérotypes des souches de pneumocoque (Sp) isolées d’infections invasives (IIP) entre 2009 et 2023 dans l'Observatoire Régional du Pneumocoque (ORP) Île-de-France Ouest.

Materiels
Les souches isolées de liquide cérébro-spinal (LCS) et d’hémocultures chez l’enfant (E) et l’adulte (A) ont été étudiées pour leur résistance à pénicilline G (PEN), à l’amoxicilline (AMX) et au céfotaxime (CTX) et interprétés selon les recommandations du CASFM/EUCAST 2023. Le sérotypage a été réalisé par le CNRP sur un quota de souches. L’année 2009 précédent l’introduction du PCV13 en France, puis toutes les années impaires jusqu’en 2023 ont été analysées.

Resultats
Entre 2009 et 2013, une diminution de 52% du nombre de souches de Sp a été observée, à la fois chez l’A et chez l’E, suivie d’une augmentation en 2021 et 2023.
La résistance à la PEN reste globalement stable ces dernières années. Dans les LCS, 11% des Sp isolées chez l’A étaient résistantes au CTX. Dans les HEM, 5% des souches isolées chez l’E et 4% de celles isolées chez l’A étaient résistantes à l’AMX.
En 2023, les sérotypes du vaccin PCV13 ne représent plus que 29% des souches de Sp isolées d’IIP chez l’A et 5% chez l’E. Chez l’A, la plus grande couverture vaccinale est obtenue avec le PPV23 (73%), suivie du PCV20 (66%). Chez l’E, le nouveau vaccin PCV15 couvre seulement 5% des souches de Sp isolées d’IIP. Chez l’A, le sérotype 3 reste encore très présent, représentant 21% des souches. De plus, on note une augmentation majeure du sérotype non vaccinal 24F qui représente en 2023 12% des souches.

Conclusion
La poursuite de la surveillance du pneumocoque par les ORP apparaît indispensable du fait de la variation rapide des sérotypes impliqués et de l’évolution des résistances associées, en particulier depuis l’introduction des nouveaux vaccins, notamment PCV15 et PCV20.

Mots cles
Observatoires Régionaux du Pneumocoque (ORP) ; Île-de-France Ouest ; épidémiologie pneumocoque ; résistance ; sérotypes

Objectif - Introduction
Le réseau ORP Limousin regroupe 6 laboratoires,4 publics (1 CHU, 3 CH) et 2 privés sur les 3 départements de la Corrèze, Creuse, Haute-Vienne. Il participe à la surveillance de la résistance aux antibiotiques du pneumocoque et à l’étude de l’évolution des sérotypes isolés en clinique.

Materiels
L’ORP Limousin a recueilli les souches de Streptococcus pneumoniae isolées de LCS, d’hémoculture, d’otite moyenne aigue (OMA) et de prélèvement respiratoire chez les adultes (A) et les enfants (<16 ans) (E). Les CMI de la pénicilline G, de l’amoxicilline (AMX), du céfotaxime (CTX) et de la ceftriaxone (CRO) ont été déterminées par microdilution en milieu liquide. Les sensibilités à l’érythromycine (E), au cotrimoxazole (SXT) et à la pristinamycine (P) ont été réalisées par diffusion en milieu gélosé ou en milieu liquide sur automate Vitek2 (bioMérieux). Les résultats ont été analysés selon les recommandations du CA-SFM 2023. Les sérotypes ont été déterminés par le CNRP.

Resultats
On observe une augmentation du nombre de souches en 2023 par rapport à 2021 (+ 38) pour atteindre des valeurs proches de celles observées avant le Covid.
Parmi les souches reçues 1/3 étaient des hémocultures A, 10% E. Huit LCS ont été recueillis (7A et 1E).
Le pourcentage de pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP) a augmenté (29,27% en 2021, 37,93% en 2023) et devient supérieur à la valeur nationale (29,91%).
La résistance à l’AMX (IV et PO) dans les hémocultures et OMA, a diminué (< 2% depuis 2021).
Quelle que soit l’origine des souches, aucune souche résistante à la CRO et au CTX n’a été isolée en 2021 et 2023.
Depuis 2017, aucune souche résistante à la P n’a été isolée et la résistance au SXT a progressivement diminué (0% en 2021 et 2023). La résistance à l’E était en augmentation depuis 2021 (30% en 2023).
On observe une diminution des souches invasives de sérotypes contenus dans le PCV13 excepté pour les 3, 19F et 19A (respectivement 18%, 7%, et 7%). On observe aussi une émergence de sérotypes non PCV13, tels que le 8 (25%).

Conclusion
L’augmentation des pourcentages de PSDP et de la résistance à l'E se confirme en 2023 avec environ un tiers des souches concernées. Les résistances à l’AMX, au CTX, à la CRO, au SXT demeurent très faibles.
La surveillance continue des sérotypes est très importante afin d’adapter la stratégie vaccinale anti-pneumococcique.

Mots cles
Streptococcus pneumoniae, ORP, Résistance, Sérotype

Objectif - Introduction
Analyser les données de résistance aux antibiotiques et de sérogroupe des souches de Streptococcus pneumoniae isolées en région Centre-Val de Loire (CVL) en 2023.

Materiels
Les souches isolées d’hémocultures, de liquides céphalo-rachidiens (LCR), de liquides pleuraux et de pus d’oreille moyenne collectées par 9 laboratoires publics et privés de la région Centre-Val de Loire participants à l’Observatoire Régional du Pneumocoque (ORP) sont transmises au centre coordonnateur qui enregistre les données de sensibilité aux antibiotiques, détermine les CMI en milieu liquide (Sensititre) pour la pénicilline, l'amoxicilline, le céfotaxime et la ceftriaxone et détermine le sérogroupe.

Resultats
En 2023, les souches provenant de 146 patients ont été analysées. Elles provenaient de 127 adultes (A) et de 19 enfants de moins de 16 ans (E). Il s’agissait de 120 hémocultures (A=110 / E=10), 20 LCR (A=14 / E=6), 3 pus d’oreille moyenne (E=3) et 3 liquides pleuraux (A=3). La proportion de pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline G (PSDP) (CMI > 0,064 mg/L) est de 30,8% pour l'ensemble des souches (PSDP enfants : 47,4% et PSDP adultes : 30,6%). Hors LCR, 6 souches (5%) étaient résistantes à l'amoxicilline (CMI> 2 mg/L) et 4 souches (3,2%) avaient une CMI égale à 2 mg/L. Hors LCR, 13 souches avaient une CMI égale à 1 ou 2 mg/L pour le céfotaxime sans souche résistante. Trois des 20 souches de LCR (15%) (A=1 / E=2) étaient résistantes à l’amoxicilline et au céfotaxime (CMI > 2mg/L). Parmi les souches agglutinables, le sérogroupe 8 est majoritaire (12%) et devance les sérogroupes 15 (10%), 19 (7,5%) et 3 (6%).

Conclusion
Le nombre d’infection à pneumocoque observé en 2023 a augmenté significativement par rapport à 2021 mais retrouve les valeurs des années précédentes. Le nombre de méningite reste élevé en 2023 en région CVL (17 en 2019, 16 en 2021 et 20 en 2023). Après une importante diminution depuis 2001, la proportion de PSDP observée reste stable (30%). Le sérogroupe 8, absent dans le vaccin conjugué à 13 valences mais présent dans les vaccins conjugués 15 et 20 valences, est le plus fréquent. L’arrivée en 2024 de ces nouveaux vaccins aura probablement un impact sur ce sérogroupe. La poursuite de la surveillance apparaît indispensable du fait de la variation rapide des sérogroupes/sérotypes en lien avec la vaccination.

Mots cles
Pneumocoque – PSDP - épidémiologie – résistance aux antibiotiques - sérogroupe

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Ceftaroline, SARM , resistance.

Objectif - Introduction
La surveillance de la résistance réalisée par la mission PRIMO repose sur la collecte de données au sein des laboratoires de ville du réseau MedQual-Ville. Santé Publique France et le Centre National de Référence des Staphylocoques souhaitaient mieux connaître les clones et les mécanismes de résistance des S. aureus présents en ville et comprendre leur diffusion.
 

Materiels
Une collecte de souches de S. aureus résistants à la méticilline (SARM) non redondantes isolées de prélèvements à visée diagnostique chez des patients de ville (hors secteur médico-social) et les métadonnées associées a été organisée au sein du réseau MedQual-Ville sur la base du volontariat (Figure 1). Ces souches ont bénéficié d’une analyse phénotypique et génotypique (NGS) avec caractérisation des mécanismes de résistance, des facteurs de virulence et des fonds génétiques.
 

Resultats
Entre le 02/10/2023 et le 17/11/2023, 194 SARM ont été collectés au sein de 25 laboratoires. L’origine des prélèvements était : cutanée (47%), urogénitale (41%), portage (5%), ORL (4%), respiratoire (2%), autre (1%). Concernant la résistance, pour les aminosides : 26% des souches étaient résistantes à la kanamycine, 19.3% kanamycine/tobramycine et 9.9% kanamycine/tobramycine/gentamicine. La prévalence de la résistance à l’érythromycine était de 27,6% et de 15,6% à la clindamycine. 13% des souches possédaient les gènes codant la leucocidine de Panton Valentine. Les fonds génétiques étaient variés avec des souches de SARM communautaires mais également associées aux soins (Figure2). 2% des socuhes appartiennent au CC121-MRSA-V producteur d’exfoliatines et multirésistants aux antibiotiques.
 

Conclusion
Cette étude nous a permis de faire un état des lieux des clones de SARM circulants en France dont le clone CC121-MRSA-V producteur d’exfoliatines actuellement émergent. Il sera pertinent de refaire cette étude afin de réaliser à terme un suivi dans le temps et l’espace des SARM de ville.
 

Mots cles
S. aureus, résistance, communauté, méticilline

Répartition géographique des laboratoires participants

Clones de SARM retrouvés en ville

Objectif - Introduction
Le biofilm est largement reconnu comme facteur de risque associé à la survenue d’infections associées aux dispositifs médicaux invasifs (DMI). Parmi les DMI vasculaires utilisés en réanimation, la littérature identifie le recours aux voies veineuses centrales (VVC) comme risque potentiel d’infection associée au biofilm, et le S. aureus  parmi les principales espèces en cause
Cependant, les modalités de formation de ce biofilm restent méconnues, ainsi que les paramètres pouvant favoriser son apparition. Nous proposons l’utilisation de la tomographie de cohérence optique (OCT) pour caractériser la formation de biofilms bactériens à S. aureus, et évaluer les facteurs susceptibles de favoriser son développement sur VVC

Materiels
Des sections de VVC (ARROW CV-15703) ont été préincubés (2h) dans différents solutés (sérum salé isotonique, glucose 5%, propofol 10 mg/mL, smofkabiven) avant d’être mis au contact  d’un inoculum de S. aureus (10⁶ CFU/mL de SH1000 WT ou ΔagrA fourni par le CNR des Staphylocoques). Les tronçons sont ensuite incubés jusqu’à 4 jours dans du BHI (BioRad) avec un suivi quotidien de la formation du biofilm en OCT . Le biofilm a été quantifié par numération (Brun Buisson) et sa surface analysée à partir des données acquises en OCT

Resultats
Le propofol et la nutrition parentérale (NP) augmentent la surface occupée par le biofilm au sein d'un facteur 10 (p<0.01) en surface des DMI, contrairement au sérum physiologique ou au G5. Nous n’avons pas observé de différence significative entre les deux souches de S. aureus utilisées, cela quel que soit le soluté testé. De plus, les numérations réalisées confirment que les DMI ne sont pas colonisés de manière équivalente en fonction du soluté de pré-incubation
 

Conclusion
Ces premiers résultats in vitro identifient le propofol et la NP comme facteurs de risque potentiels associés à la formation du biofilm sur VVC. Ils suggèrent une possible modification des propriétés antibactériennes de surface des VVC après leur exposition à des solutés lipidiques tels que le propofol ou la NP, et laissent entrevoir l’OCT comme  une modalité d’imagerie efficace pour suivre la formation du biofilm en temps-réel in vitro

 

Mots cles
biofilm, S. aureus, dispositifs médicaux invasifs

Quantification de biofilm à S. aureus formé en surface de VVC après préincubation dans différents solutés (A, C, D : propofol ; B : témoin). E : comparaison de la quantité de biofilm dans les lumières de VVC colonisées par du S. aureus

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Entérobactérales, bêta-lactamase, épidémiologie, hygiène, microbiologie

Evolution des types d'infections nosocomiales à E.BLSE (2019-2022)

Objectif - Introduction
Haemophilus parainfluenzae est un pathogène opportuniste responsable d’endocardites infectieuses (EI) dont le traitement de repose sur les β-lactamines. La résistance aux β-lactamines est liée à l’acquisition d’un gène de β-lactamase et/ou à des mutations ponctuelles dans le gène ftsI encodant la PLP3. Cependant, la résistance aux céphalosporines de 3ème génération (C3G) reste exceptionnelle. Dans ce travail, nous rapportons l’identification d’un nouveau mécanisme de résistance aux C3G dans un isolat clinique de H. parainfluenzae impliqué dans une rechute d’EI.
 

Materiels
Deux souches de H. parainfluenzae ont été isolées d'hémocultures prélevées à 2 mois d’intervalle chez le même patient au cours de deux épisodes d'EI. Le 1er épisode a été traité par 8 jours de céfotaxime puis 4 semaines d’amoxicilline. La sensibilité aux antibiotiques a été déterminée par Etest (bioMérieux). Les génomes des 2 souches ont été séquencés par Illumina MiSeq (2 x 300 bp). La recherche de gènes de résistance aux antibiotiques a été effectuée (base de données CARD) ainsi qu’une analyse génomique comparative (AGC) grâce au logiciel CLC Genomics Workbench (Qiagen). Les cinétiques de croissance ont été évaluées en microplaques (BioTeck Epoch 2, Agilent) et la production de biofilm a été mesurée avec la méthode au crystal violet.
 

Resultats
La souche isolée lors de la rechute présentait à 48 h un haut niveau de résistance aux C3G (CMI = 8->32 mg/L), sauf à la ceftriaxone (CMI = 0,5 mg/L) alors qu’aucune β-lactamase ou mutation au sein du gène ftsI n’a été mise en évidence. L’AGC a révélé la présence de 3 mutations non synonymes au sein des gènes pnp (p.Ser190*), rpsI (p.Gly71Cys) et thiQ (p.Val17fs). Le gène pnp code pour la polynucléotidyl phosphorylase (Pnpase) qui est impliquée dans le métabolisme et la dégradation de l'ARN. Ainsi, la mutation stop au sein de ce gène semble être la plus probable pour expliquer la résistance. Phénotypiquement, la souche résistante présentait un défaut de croissance par rapport à la souche sensible tandis que ces 2 souches produisaient plus de biofilm que la souche de référence.

Conclusion
Ce profil original de résistance aux C3G, sélectionné in vivo chez H. parainfluenzae, ne repose pas sur les mécanismes connus et des expériences de mutagénèse dirigée sont en cours pour valider l’implication de la mutation dans le gène pnp.

Mots cles
Endocardite, rechute, H. parainfluenzae, C3G. 

Objectif - Introduction
Les Escherichia coli producteur d’une bêta-lactamase à spectre étendu (ESBLEC) sont régulièrement détectés dans des infections urinaires.
L’objectif de cette étude était de comparer le profil de résistance des ESBLEC issus respectivement de prélèvements urinaires nosocomiaux (HA-ESBLEC) et communautaires (CA-ESBLEC), ainsi qu’une évaluation de la pertinence des antibiothérapies associées.

Materiels
Cette étude comparative rétrospective s’est déroulée dans un hôpital de 1500 lits entre janvier 2017 et décembre 2021.
Les prélèvements d’urines positifs à ESBLEC étaient classés en CA-ESBLEC si i) le prélèvement était recueilli dans les 48h après l’admission, ii) que le patient n’avait pas eu d’hospitalisation dans les 14 jours précédents, et iii) n’était pas un résident d’EHPAD ou de soins de longue durée.
Ils étaient classés en HA-ESBLEC si le prélèvement était recueilli au moins 5 jours après l’admission.
Tous les prélèvements n’entrant pas dans ces définitions étaient exclus.
Les comparaisons étaient réalisées par test du Khi² ou test exact de Fisher.

Resultats
Nous avons inclus 106 patients dans le groupe CA-ESBLEC et 118 dans le groupe HA-ESBLEC avec respectivement 54 (50.9%) et 45 (38.1%) d’infections urinaires.
Les 2 populations étaient comparables en termes de comorbidités à l’exception d’antécédents d’hospitalisation plus fréquents dans le groupe HA (17.0% vs 32.2% ; p = 0.013).
La comparaison des résistances aux antibiotiques n’a montré aucune différence entre ces 2 groupes d’ESBLEC à l’exception de l’amikacine (17% de résistance dans le groupe HA vs 6% dans le groupe CA p = 0.02).
4% des colonisations ont fait l’objet d’un traitement. Parmi les infections, un traitement probabiliste était prescrit dans 46.5% des cas, celui-ci n’était efficace que pour 17.8% des cas. Des complications ont été observées dans 3% des cas. 

Conclusion
Nous ne mettons pas en évidence de différence majeure de résistance aux antibiotiques entre des souches hospitalières et communautaires d’ESBLEC pour une population de patients hospitalisés.
Seulement 17.8% des prescriptions empiriques étaient efficaces sur les souches finalement isolées, il y aurait un intérêt à une identification précoce de la production d’une BLSE et/ou de facteurs de risque d’infection à BLSE chez des patients à risque d’évolution défavorable.

Mots cles
BLSE; infection urinaire

Objectif - Introduction
 Au sein des espèces de Capnocytophaga commensales de l’homme, la présence d’une β-lactamase est fréquente (+/-30 %), conduisant à l'utilisation de combinaisons β-lactamine/inhibiteur de β-lactamases, de céphalosporines ou de carbapénèmes. Dans ce travail, nous rapportons l’identification phénotypique et génotypique de CSP-1, une BLSE décrite une seule fois chez Capnocytophaga gingivalis.

Materiels
La souche de C. gingivalis a été isolée de plusieurs flacons d’hémocultures (BD Bactec FX). La sensibilité aux antibiotiques a été réalisée en utilisant la technique d’ellipsométrie (Etest, bioMérieux). La présence d’une β-lactamase a été recherchée par un disque de nitrocéfine (BD BBL Cefinase).  Le séquençage du génome entier a été réalisée par technologie Illumina (MiSeq, 2×300 bp). Les gènes de résistance ont été recherchés (CARD, [https://card.mcmaster.ca/]). Après alignements des 10 séquences présentant la plus grande homologie (NCBI et BLDB) sur MAFFT.v7 des arbres phylogénétiques ont été construits selon le maximum de vraisemblance avec un « bootstrapping » de 1000.

Resultats
La souche était sensible à l’amoxicilline (CMI = 2 mg/L), à l’amoxicilline-acide clavulanique (CMI = 0,064 mg/L), au méropénème (CMI = 0,016 mg/L)  et résistante au céfotaxime (CMI = 16 mg/L). La présence d’une β-lactamase a été détectée par le test à la nitrocéfine. L’analyse génomique a mis en évidence la présence d’un gène codant une BLSE de classe A, CSP-1. Aucun autre gène de résistance n’a été retrouvé. L’analyse phylogénétique de CSP-1 avec les autres BLSE de classe A montrait une plus grande homologie de séquence (59 %) avec RAA-1 isolée chez Riemerella anatipestifer, un pathogène vétérinaire (Fig. 1). Toutefois, une plus grande homologie est observée (>99 %) avec trois séquences issus de données métagénomiques du microbiome gingivo-dentaire de l’homme (bactéries non cultivables) a été mis en évidence (MBF1096788.1., WP_299575122.1 et ACT97447.1) (Fig. 2). Cette homologie suggère un transfert horizontal de la BLSE CSP-1 d’un réservoir non caractérisé au sein du microbiote gingivo-dentaire. 

Conclusion
Chez Capnocytophaga spp., des souches productrices de BLSE de type CSP-1 sont exceptionnelles mais devant tout test de céfinase positif, la sensibilité des céphalosporines devrait être évaluée avant toute utilisation.

Mots cles
C. gingivalis, BLSE, CSP-1

Objectif - Introduction
The rise of antibiotic resistance poses a global public health challenge. Aquatic
environments, often overlooked, serve as reservoirs for antibiotic-resistant bacteria, fostering
the dissemination of resistance genes and posing health risks through various exposure routes.
Our study conducted in Morocco, focuses on the prevalence and the phenotypic
characterization of antibiotic resistance in extended spectrum β-Lactamases (ESBL)
producing Escherichia coli (E. coli) and Klebsiella pneumoniae (k.pneumoniae) strains
isolated from aquatic environments. This study aims to elucidate the distribution and
antibiotic resistance patterns of these pathogens in Moroccan aquatic environments,.

Materiels
Over a period of two months, from the 1 st February to 31 st March 2024, water
samples were systematically collected from two distinct sites, estuary of Oued Merzeg and a
sewage canal, situated in the Casablanca city, Morocco. These sites were purposefully chosen
for their, representativeness in terms of effluents originating from both human and animal
sources. The geographical coordinates of the sampling sites are as follows: Site A: estuary of
Oued Merzeg and Site B: sewage canal. Isolation of E. coli and klebsiella pneumoniae
strains involved the use of a chromogenic medium Brilliance UTI Clarity Agar (Oxoid)
supplemented with 2µg/ml of Ceftazidime. Identification was achieved through biochemical
and 16S rRNA . The Antimicrobial susceptibility was performed according to
EUCAST 2023 guidelines, by disc diffusion method on Mueller-Hinton (MH) agar (Bio-Rad).
ESBL production was detected by the double-disc synergy test.

Resultats
In this study, a total of 34 ESBL producing strains were isolated, comprising 18
Escherichia coli (E. coli) strains, accounting for 52.94% of the isolates, and 16 Klebsiella
pneumoniae (K. pneumoniae) strains, accounting for 47.06%. Analysis of the antibiotic
resistance profile of E. coli strains revealed significant resistance rates: 87.50% to cefepime,
12.50% to ertapenem, 50% to ciprofloxacin, and 75% to co-trimoxazole. For K. pneumoniae
strains, 75% were resistant to ertapenem, and 56.25% were resistant to co-trimoxazole.

Conclusion
These findings emphasize the importance of comprehensive monitoring and
intervention measures to mitigate the spread of antibiotic resistance in aquatic environments
and safeguard human health.

Mots cles
Antimicrobial resistance, ESBL, Aquatic environments

Objectif - Introduction
Klebsiella pneumoniae est un germe pathogène opportuniste souvent impliqué dans des infections sévères. K.pneumoniae est considérée comme agent pathogène prioritaire par l'organisation mondiale de santé (OMS) de part son implication dans les infections graves et sa résistance aux antibiotiques.
L’objectif de notre étude était de déterminer la prévalence et la sensibilité aux antibiotiques des souches de K.pneumoniae  isolées au Centre de Traumatologie et des Grands Brûlés de Ben Arous (CTGB).

Materiels
Etude rétrospective sur cinq ans (2019 à 2023).L’identification bactérienne a été faite moyennant les méthodes conventionnelles. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée selon les recommandations de CA-SFM annuellement révisées. La concentration minimale inhibitrice (CMI) de la colistine a été déterminée par micro dilution en milieu liquide (UMIC,Biocentric).
 

Resultats
K.pneumoniae était l'espèce la plus prévalente avec 1822 souches non répétitives représentant 56% des entérobactéries et 13,5% de l’ensemble des germes isolés. La majorité des souches provenait du service de réanimation des brûlés (44%), suivi du service d'anesthésie-réanimation (17%) et du service d'orthopédie (11%). La distribution des souches de K.pneumoniae dans les différents sites de prélèvement est illustrée dans le tableau I.
Les résistances des souches de K.pneumoniae à l’amoxicilline-acide clavulanique, au céfotaxime, ceftazidime, céfépime, ertapénème, imipenème et méropénème étaient de 70%,62 %, 60%, 48%, 38%, 25% et 28%, respectivement. Le taux de bêta-lactamase à spectre élargi était de 25%. Pour les aminosides, la résistance à la gentamicine et à l’amikacine était de 51% et 36%, respectivement. La figure 1 résume les taux de résistances vis-à-vis des différents antibiotiques.
Pour la colistine, une augmentation alarmante de la résistance en 2023, atteignant 15% limite les options thérapeutiques disponibles. Cette résistance croissante complique davantage la prise en charge des patients.

Conclusion
Le profil de résistance des souches de K.pneumoniae souligne l'urgence de renforcer les stratégies thérapeutiques afin de mieux gérer les infections nosocomiales dues à cette bactérie.

Mots cles
Klebsiella pneumoniae, Résistance, Antibiothérapie

Tableau I : Répartition des Sites de Prélèvement des souches de Klebsiella pneumoniae / Figure 1 : Taux de résistances de Klebsiella pneumoniae aux différents antibiotiques

Objectif - Introduction


Materiels
Cette étude observationnelle rétrospective a recensé les patients colonisés ou infectés par une EPC NDM au CHU de Lille du 01/01/20 au 31/12/23. Pour chaque isolat, un antibiogramme était effectué et le typage NDM confirmé par technique immunochromatographique. Les souches étaient transmises au CNR. La consommation d’antibiotiques était relevée sur le logiciel GEF®.

Resultats
Une augmentation de l’incidence des EPC NDM (x10) était observée entre 2020 et 2023 au CHU de Lille impliquant 144 patients en 2023 dont 55 en Hématologie.
En 2023, les principales espèces NDM isolées en Hématologie étaient Enterobacter cloacae complex 44,7%, Escherischia coli 20,2%, Sm 14% isolée à partir d’août 2023 et Klebsiella pneumoniae 6,4%, cette répartition n’étant pas superposable à celle des autres services du CHU. Les patients d’Hématologie étaient plus souvent multi-colonisés (16% vs 10% CHU).  
Comparativement aux autres espèces, les souches de Sm étaient isolées uniquement en portage anal pour 5 patients (38,5% vs 50%), d’ECBU pour 4 patients (30,8% vs 36%) et d’hémocultures chez 3 patients (23,1 % vs 18%). Le délai d’acquisition moyen de Sm était de 12 jours, contre 21 jours pour les autres espèces. Toutes les souches de Sm étaient sensibles à l’association AZTREONAM-AVIBACTAM et résistantes au CEFIDEROCOL.
En plus du manuportage, l’enquête mettait en évidence un réservoir environnemental avec une persistance des souches dans les siphons. Le génotypage du CNR confirmait le sous-type NDM-1.

Conclusion
L’augmentation de l’incidence des EPC NDM n’était pas expliquée par les données de consommation de CEFTAZIDIME-AVIBACTAM au cours du temps ni entre les services. L’épidémie reposerait sur un transfert de plasmide environnemental et/ou par conjugaison digestive. L’émergence de Sm NDM quasi toto résistante est problématique du fait de sa virulence et dans le contexte actuel de pénurie d’AZTREONAM.

Mots cles
EPC, New Delhi Metallo-betalactamase, Serratia marcescens

Objectif - Introduction
La propagation des bactéries multirésistantes (BMR) et des bactéries hautement résistantes émergentes (BHRe), exacerbée par l'usage excessif d'antibiotiques, constitue un défi majeur. La diminution de l'efficacité des carbapénèmes, face à l'augmentation des entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) réduit les options thérapeutiques, augmentant ainsi la morbidité. Cette étude analyse l'épidémiologie récente des colonisations et infections à EPC à l'AP-HM et vise à identifier les facteurs de risque d'infection chez les patients colonisés.

Materiels
Cette étude rétrospective a été menée dans plusieurs hôpitaux de Marseille, couvrant la période 2018-2023. Les données collectées incluaient des informations épidémiologiques et microbiologiques. Les patients ont été catégorisés comme "colonisés" ou "infectés" en fonction du type d’échantillon (prélèvement de dépistage ou clinique) à partir duquel les EPC ont été isolées. Les échantillons positifs ont ensuite été analysés pour identifier les espèces bactériennes et les types de carbapénémases, avec confirmation par des tests spécifiques.

Resultats
Sur les six années de l'étude, la prévalence des EPC était de 0,7 % (784/115 733) des entérobactéries et de 0,4 % de la population hospitalière (243/58 622), avec un pic notable en 2023. La prévalence des infections post-colonisation était de 15,2 % (37/243) pour tous les patients inclus. L'intervalle médian entre les deux premiers échantillons était de 7 jours [5-19]. Les carbapénémases de type NDM, les colonisations polymicrobiennes et les hospitalisations en service de chirurgie étaient les facteurs les plus fréquemment associés à une infection par EPC chez les patients colonisés. Enfin, 18.5% des patients infectés n’ont pas bénéficié de dépistage.

Conclusion
La probabilité d'infection après colonisation est de 24,8 %, avec un risque accru pour les enzymes de type NDM, représentant une probabilité de 38 %. Notre étude révèle peu de facteurs de risque significatifs, principalement en raison du manque de données cliniques, mais offre un aperçu récent de l'évolution de la circulation des carbapénémases à l'AP-HM. Le dépistage est crucial pour détecter rapidement les porteurs, permettant ainsi une gestion efficace du risque infectieux et des épidémies.

Mots cles
Bactérie Multi-Résistante, Bactérie Hyper Résistante et Emergente, Colonisation, Carbapénémase 

Objectif - Introduction
Les organismes producteurs de carbapénèmase (CPO) constituent une problématique de santé publique. Accélérer leur détection devient crucial afin de prévenir leur dissémination en milieu hospitalier et la survenue d’infections nosocomiales. Notre étude évalue les performances, mais aussi le potentiel impact clinique et financier du kit BD MAX Check-Points CPO (PCR multiplex) permettant la mise en évidence rapide des CPO.

Materiels
Le kit BD MAX Check-Points CPO a été directement testé sur 30 souches d’espèces bactériennes préalablement identifiées (dont 23 expriment une carbapénèmase). Ensuite, sur une période de 12 semaines, la technique a été incorporée à notre méthode de routine, utilisant comme screening des milieux sélectifs chromogènes (CHROMID® CARBA SMART, Biomérieux, FR). Ces milieux, ensemencés au départ de frottis rectaux de dépistage, sont lus à 24h. Sur les colonies d’intérêt, une identification et un antibiogramme sont réalisés, mais aussi une PCR (dans le cadre de l’étude), afin de pouvoir évaluer la sensibilité (Se), la spécificité (Sp) du kit ainsi que la différence de TAT entre les méthodes. Une analyse financière est également réalisée entre notre méthode de routine, l’utilisation du kit directement sur frottis rectal ou après culture sur colonies.

Resultats
Le kit BD MAX Check-Points CPO obtient une Se de 95,7% et une Sp de 100% ; une souche sur les 30 testées a donné un résultat discordant. Pendant la période d’évaluation, 506 frottis ont été analysés. Une croissance bactérienne sur le milieu sélectif chromogène a été observée pour 11.5% d’entre eux (59/506) et 6 bactéries productrices de carbapénémase (1.2%) ont pu être identifiées par PCR. Cette technique permet un gain de TAT de minimum 24h par rapport à la méthode de routine initiale. Enfin, la combinaison de milieux sélectifs chromogènes et d’une PCR sur colonies est la méthode la plus avantageuse financièrement, contrairement à la réalisation de la PCR directement sur frottis.

Conclusion
Le kit BD MAX Check-Points CPO permet la détection rapide de CPO par biologie moléculaire, de façon sensible et spécifique. Son incorporation à notre méthode de routine initiale est financièrement envisageable et permet un gain de minimum 24h sur la mise en place de précautions additionnelles en milieu hospitalier, participant ainsi activement à la lutte contre la dissémination des bactéries productrices de carbapénèmase.

Mots cles
CPO
BMR
PCR

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
OXA-244, Carbapénèmase, E.coli, variant OXA-48

Objectif - Introduction
E. bugandensis est une espèce particulièrement virulente impliquée dans le sepsis sévère chez les nouveau-nés prématurés en réanimation néonatale. Les carbapénèmes font partie de l'arsenal thérapeutique dans le traitement du sepsis néonatal, notamment en première intention.
L'objectif de ce travail est l'étude du comportement de souches cliniques d’E. bugandensis responsables de sepsis chez le nouveau-né prématuré vis-à-vis des carbapénèmes, en particulier le méropénème et l’imipénème.

Materiels
4 souches cliniques d’E. bugandensis responsables de sepsis chez des nouveau-nés ont été étudiées. En parallèle de 2 souches contrôles : E. coli ATCC 25922, une souche sauvage et E. cloacae ATCC 13047, souche tolérante au méropénème. 
Les souches sont cultivées dans du bouillon Brain Heart Infusion à 37°C pendant 18 heures. Puis  sont incubées dans une plaque 96 puits à 37°C en présence de 10 fois la concentration minimale inhibitrice (CMI) du méropénème et 10 fois la CMI de l’imipénème pendant 24 heures, avec une mesure de la densité optique (DO) à 600 nm toutes les heures. Les CMI des souches cliniques ont été mesurées par E-Test à T0 et à T24h.

Resultats
Après 24 heures d’incubation, l’augmentation de la DO objective une croissance bactérienne chez les souches cliniques incubées en présence de 10 fois la CMI du méropénème et de l’imipénème bien que les souches soient sensibles à ces antibiotiques (CMI < 2 mg/L), contrairement à la souche sauvage.
Les CMI du méropénème (0,016 mg/L) et de l’imipénème (0,19 mg/L) sont identiques à T0 et T24h pour les 4 souches cliniques.

Conclusion
Les souches cliniques d’E. bugandensis associées à un sepsis sévère chez des nouveau-nés prématurés peuvent développer un phénomène de tolérance vis-à-vis de l’imipénème et du méropénème. Ce phénomène peut être responsable d’un échec thérapeutique, et remet en question le choix du bon antibiotique dans le traitement du sepsis à E. bugandensis.

Mots cles
Sepsis, nouveau-né, tolérance, carbapénème, Enterobacter 

Le tableau présente les DO à 600 nm des souches contrôles et des souches cliniques au cours du temps.

Objectif - Introduction
The dissemination of Pseudomonas aeruginosa (Pa) from hospitals to the community presents a major challenge, given its ability to cause infections and its propensity to develop antibiotic resistance. Pa, as an opportunistic pathogen, can exploit hospital environments to evolve into high-risk clones, often displaying greater resistance to conventional treatments.

Materiels
This study involved 8 Pa isolates from community (n=8) selected based on their alarming resistance profiles from 88 isolates collected between January to December 2021 in Casablanca Morocco. Whole genome sequencing revealed their antimicrobial resistance determinants, virulence factors, and phylogenetic relationships.

Resultats
2 lineages were represented: ST773 (n=4) and ST308 (n=4). The resistance of this Pa collection to β-lactams, fluoroquinolones and aminoglycosides antibiotics resulted from a combination of enzymatic and non-enzymatic mechanisms. Carbapenem resistance was primarily attributed to acquired carbapenemases in Pa isolates (NDM-1 in ST773 and ST 308 clones associated with carriage of pKpANDM-1), while one isolates evolved resistance due to mutations in outermembrane protein. Fluoroquinolone resistance was associated with the carriage of QnrVC1 and CrpP genes along with mutations in the quinolone resistance-determining region (QRDR). Pa strains exhibited various aminoglycoside modifying enzymes and 16S rRNA methyltransferase (rmtD2 and rmtB). Moreover, all of analyzed strains carried the virulence gene exoU.  The phylogenetic analysis revealed the presence of community Pa strains closely genetically related to each other.

Conclusion
The spread of high-risk clones and XDR Pa is a global and critical threat on public health. The results underscore the critical need for enhanced surveillance, infection control measures, and targeted strategies to contain the spread of these highly resistant pathogens.
 

Mots cles
Pseudomonas aeruginosa, community, carbapenem-resistant, extensively drug resistant, whole genome sequencing, high-risk clone, Morocco

Objectif - Introduction
Acinetobacter spp., en particulier Acinetobacter baumannii, sont des agents responsables d'infections nosocomiales qui peuvent entraîner des impasses thérapeutiques  Nous rapportons ici le cas de trois espèces différentes d'Acinetobacter présentant trois carbapénémases  plasmidiques identiques.

Materiels
L'identification des espèces  a été effectuée initialement par  MALDI-TOF (Bruker). Le profil de résistance phénotypique a été déterminé par diffusion de disques en agar et par la détermination des CMI par microdilution (Sensititre). La détection des carbapénémases a été réalisée par immunochromatographie (Coris bioConcept) et par PCR.  Le génome des trois isolats a été séquençé en Illumina et Nanopore.

Resultats
En l'espace de cinq jours en novembre 2022, trois souches MDR d'Acinetobacter ont été isolées chez trois patients différents hospitalisés dans deux services distincts d’un même hôpital. A. pittii a été isolé d'une hémoculture, A. nosocomialis d'un cathéter veineux central, et A. baumannii d'un échantillon des voies respiratoires inférieures. Tous les isolats ont montré une résistance aux aminosides et à toutes les bêta-lactamines testées, y compris les carbapénèmes, sauf pour le céfidérocol, auquel seul A. baumannii était résistant. Cependant, ils sont restés sensibles à la lévofloxacine, la tigécycline et la colistine. Les tests moléculaires ont confirmé la présence des carbapénémases OXA-58, IMP et NDM dans chaque isolat. Le séquençage du génome a révélé la présence d'un plasmide de plus de 300 kb portant les gènes bla_OXA-58, bla_IMP-14 et bla_NDM-1, avec des séquences presque identiques dans les trois souches (maximum 10 SNPs). Le gène bla_OXA-58 faisait partie d'un transposon composite encadré par deux éléments ISAba3, tandis que bla_NDM-1 était associé au transposon classique ISAba125. Le gène bla_IMP-14 était intégré dans un intégron de classe 1.

Conclusion
La détection de gènes codant les carbapénémases OXA-58, NDM-1 et IMP-14 sur un seul plasmide dans trois espèces différentes d'Acinetobacter isolées chez des patients distincts indique le transfert horizontal.  Ceci suggère l'existence d'un réservoir environnemental et met en évidence la capacité remarquable des plasmides d'Acinetobacter à accumuler plusieurs mécanismes de résistance.

Mots cles
Carbapénémases, Acinetobacter, épidémie, plasmide, multi-résistance

Objectif - Introduction
L’objectif de ce travail est d’étudier le profil phénotypique et génotypique du P.aeruginosa résistant aux β-lactamines et/ou à la colistine isolés à l’EHS Pierre et Marie Curie.

Materiels
Entre janvier 2020 et février 2023,35 souches de P.aeruginosa non dupliquées résistantes à la céftazidime et/ou aux carbapénèmes et/ou à la colistine ont été sélectionnées.Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont été réalisés par le Vitek-2TM(BioMérieux®).La CMI de la colistine a été déterminée par la technique de microdilution en milieu liquide.
Des tests phénotypiques ont été réalisées pour la détection des mécanismes de résistance aux β-lactamines: test à la cloxacilline,test de double disque TDD sur milieu à la cloxacilline,test combiné «test maison» c’est un test utilisant la méthode des disques en combinant les inhibiteurs la cloxacilline et l’EDTA pour les souches productrices de métallo β-lactamase MβL,mCIM,CarbaNP® et Coris® à la recherche d’une carbapénèmase et du typage de cette dernière.
Des PCR conventionnelles ont été réalisées à la recherche de gènes de résistance aux carbapénèmes bla VIM, BLSE (bla TEM,bla SHV,bla CTX-M-1,bla CTX-M-2,bla PER,bla GES,bla VEB)et à la colistine mcr-1.
 

Resultats
Au total,17 souches étaient productrices de céphalosporinase hyperproduite (CHN) avec un test à la cloxacilline positif, 3 souches produisaient une CHN associée à une BLSE,le gène bla GES a été identifié chez une souche.7 souches étaient productrices de CHN associée à une MβL(7 tests combinés positifs).
La recherche des carbapénemases par les différents tests ont révélés que 12 souches produisaient des MβL(IPM/EDTA positif) dont 8 étaient CarbaNP® positif, ces dernières ont été typées par le test Coris® et confirmées par PCR comme carbapénèmase de type VIM .
Les tests mCIM ont révélés un taux de positivité variable avec 5 tests mCIM positifs pour le méropénème et 9 pour l’imipénème.
La recherche du gène mcr-1 était négative pour les 7 souches résistantes à la colistine.

Conclusion
les tests phénotypiques utilisés dans l'étude ont permis de détecter les différents mécanismes de résistance impliqués par le P.aeruginosa,ils peuvent être utilisés en routine pour un screening des mécanismes de résistance aux β-lactamines.Cependant,le typage et la confirmation par l’outil moléculaire reste indispensable pour la caractérisation des mécanismes de résistance.

Mots cles
P.aeruginosa,Tests phénotypiques et génotypiques

Objectif - Introduction
Les carbapénémes sont des betalactamines à large spectre utilisés pour traiter les infections graves à entérobactéries. Cependant, leur efficacité peut être compromise notamment par la production de carbapénémases. Il est crucial de détecter rapidement et efficacement ces Entérobactéries Productrices de carbapénémases (EPC) pour limiter leur diffusion au sein des services cliniques. L'objectif de cette étude était de rechercher et de typer les carbapénémases chez les souches d'entérobactéries isolées et d’étudier la sensibilité de celles-ci à la ceftazidime-avibactam (CZA).
 

Materiels
Il s'agissait d'une première étude prospective analytique menée à l’unité de bactériologie du CHU Habib Thamer de Tunis, Tunisie sur une période de 5 mois (Mars -Aout 2024) et portant sur les souches d'entérobactéries résistantes aux carbapénèmes. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée selon les recommandations du CASFM/EUCAST 2023. La recherche de carbapénémase a été réalisée par une méthode phénotypique (NG-Test® CARBA-5) et par méthode moléculaire (PCR multiplex). L’étude de la sensibilité à la CZA a été réalisée la méthode de diffusion en milieu gélosé.

Resultats
Pendant la période d’étude, 31 souches d'entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) ont été colligées, représentées principalement par Klebsiella pneumoniae (81%) suivie d’Escherichia coli (16%) et de Proteus.mirabilis (3%). Au sein des EPC, 5 souches (16%) étaient productrices de NDM et 9 (29%) étaient productrices d'OXA 48 like. L'association des deux carbapénèmaeses (NDM+OXA 48 like) a été trouvées dans 17 (55%) des souches. Les souches productrices de NDM étaient résistantes au CZA dans 60% des cas. Les souches productrices de OXA48 like étaient sensible au CZA dans 100% des cas.  
 

Conclusion
La métallo-β-lactamase type NDM est la carbapénèmase la plus isolée au sein de notre hôpital. Il est essentiel d’identifier le type de carbapénèmases isolées pour optimiser l’utilisation des antibiotiques, et de mettre en place des mesures d’hygiène afin de limité l’émergence de ces bactéries hautement résistantes et protéger notre arsenal médical.
 

Mots cles
Carbapenemases, enterobacterales, NDM, OXA48 like

Objectif - Introduction
La colistine est souvent utilisée dans le traitement des infections bactériennes à Gram négatif multirésistantes. Cependant, depuis quelques années, la résistance à la colistine chez les bacilles à gram négatif a émergé dans de nombreux pays y compris la Tunisie. L’objectif de cette étude est de déterminer le taux de résistance à la colistine chez les souches de Klebsiella pneumonaie (Kp) et Acinetobacter baumannii (A.b) et leur profil de sensiblité aux autres antibiotiques isolées au niveau de l’hôpital Habib Thamer de Tunis, Tunisie.    

Materiels
Toutes les souches de Kp et A.b isolées à partir des différents prélèvements ont été incluses dans l’étude (allant d’octobre 2023 jusqu’à aout 2024).  La méthode de microdilution en milieu liquide a été réalisée pour l’étude de la résistance à la colistine. L’étude de la sensibilité aux autres antibiotiques a été faite par la méthode de diffusion sur milieu gélosé. Les antibiogrammes et les valeurs des CMI ont été interprétés selon les recommandations du CASFM -2023.

Resultats
Quatre cent dix-neuf patients ont été inclus. L’âge moyen était 58 ans et le sexe ration H/F = 1,3. On a reçu principalement des prélèvements d’origine urinaire (179), d’origine respiratoire (101) et des hémocultures (42). 47% des prélèvement provenaient de l’urgences-réanimation. Les souches de Kp étaient isolées chez 321 patients dont 59 secrétées une carbapénémase et 98 souches étaient des Ab dont 78 étaient résistantes à l’imipinème. La détermination de la CMI de la colistine a été réalisé pour 68 souches dont 31 Ab et 37 Kp. Parmi eux 51% des souches de Kp et 13% des souches d’Ab étaient résistantes à la colistine.

Conclusion
Cette étude tire la sonnette d’alerme et met en évidence une émergence de la résistance des Kp et A.b à la colistine. Des mesures de prévention urgentes doivent être mises en place pour éviter la dissémination de telles souches qui, de par leur résistance aux antibiotiques rend très compliqué le traitement des infections qu’elles occasionnent.  

Mots cles
Résistance, colistine, carbapénèmase, bactéries multi-résistantes.

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Fosfomycine, résistance plasmidique, E.coli

Objectif - Introduction
Acinetobacter baumannii est un bacille gram négatif (BGN) non fermentaire, principalement responsable d'infections nosocomiales. Sa capacité à survivre dans des environnements hospitaliers et sa résistance aux antibiotiques en font un pathogène préoccupant dans les établissements de santé.
L'objectif de notre étude était de décrire le profil épidémiologique et de déterminer le profil de résistance aux antibiotiques des souches d'A. baumannii isolées au Centre de Traumatologie et des Grands Brûlés (CTGB).

Materiels
Nous avons réalisé une étude rétrospective descriptive couvrant une période de cinq ans (2019-2023) au laboratoire de biologie du CTGB. L'identification bactérienne a été effectuée par des méthodes conventionnelles. La sensibilité aux antibiotiques a été évaluée selon les recommandations annuelles du CA-SFM. La concentration minimale inhibitrice de la colistine a été déterminée par micro-dilution en milieu liquide (Umic, Biocentric).

Resultats
Au total, 1060 souches d'A. baumannii ont été isolées, représentant 8,3 % de l'ensemble des bactéries isolées, 12,1 % des BGN et 36 % des BGN non fermentaires. Les souches provenaient principalement des cultures de cathéters (26,7 %), des hémocultures (20,4 %) et des prélèvements respiratoires (18 %). Les services les plus touchés étaient la réanimation des brûlés (64,9 %) et l'anesthésie-réanimation (16,2 %). A. baumannii présentait un état endémique avec des pics épidémiques au CTGB. Nous avons observé des taux de résistance élevés : imipénème (92 %), céftazidime (94,4 %), pipéracilline-tazobactam (95,2 %), amikacine (87,9 %) et ciprofloxacine (97,2 %). La résistance à la ciprofloxacine et à la céftazidime était en augmentation (87,7 % et 89,6 % respectivement en 2019 contre 100 % et 95,6 % en 2023). Six souches étaient résistantes à la colistine, dont quatre provenaient du service d'anesthésie-réanimation.

Conclusion
Les taux élevés de résistance d'A. baumannii observés dans notre centre soulignent l'importance de renforcer les mesures d'hygiène et de mettre en place une surveillance continue afin de limiter la diffusion de cette bactérie.

Mots cles
Bactérie, antibiorésistance, Acinetobacter baumannii

Objectif - Introduction
Les carbapénèmes sont considérés comme les antibiotiques de dernier recours pour le traitement des infections bactériennes. La résistance aux carbapénèmes par la production de carbapénémase conduit à une impasse thérapeutique et à une augmentation de la mortalité. L'objectif était de décrire les déterminants génétiques de la carbapénémase dans les souches d'entérobactéries isolées chez des patients hospitalisés dans les hôpitaux de la ville de Batna, en Algérie.

Materiels
du 1er janvier 2019 au 31 décembre 2023, 182 isolats cliniques non redondants d'entérobactéries présentant une sensibilité réduite à l'ertapénème et/ou à l'imipénème ont été isolés chez des patients hospitalisés. Les isolats ont d'abord été identifiés par le système API, puis confirmés par le système Vitek 2. La sensibilité au antibiotiques a été étudiée par la méthode de diffusion sur gélose et par le système Vitek 2. Tous les isolats résistants aux carbapénèmes ont été phénotypés par la détection de la production de carbapénémase à l'aide des tests de Hodge modifié et de carba NP modifié.  Les gènes codant pour les carbapénémases et les BLSE ont été identifiés par RT- PCR.

Resultats
Au total, 182 isolats ont montré une activité carbapénémase avec une prédominance des espèces suivantes : Klebsiella pneumoniae (n = 104), Escherichia coli (n = 41) et Enterobacter cloacae (n = 14). Les résultats de la PCR ont montré que l'OXA-48 était la carbapénémase la plus détectée dans 116 isolats d'Enterobacteriaceae, parmi lesquels 14 isolats coproduisaient d'autres enzymes carbapénémases telles que les types KPC, VIM et/ou NDM. Cependant, les autres isolats étaient positifs pour les enzymes métallo-β-lactamase, y compris le type NDM (n = 9) et le type VIM (n = 2). En outre, deux isolats ont montré la coexistence des associations NDM, VIM et KPC, et NDM, VIM, respectivement.
 

Conclusion
Cette étude a mis en évidence l'émergence d'entérobactéries productrices de carbapénémases dans les hôpitaux de la ville de Batna. Cette étude corrobore l'importance de l'engagement d'une équipe multidisciplinaire et soulève l'urgence de la mise en place d'un programme national de surveillance pour lutter contre les infections nosocomiales causées par ces bactéries multirésistantes afin de limiter leur propagation.

Mots cles
Carbapénèmes, Résistance, Carbapénémases, RT-PCR, Batna

Objectif - Introduction
The global dissemination of Carbapenemase Producing Klebsiella pneumoniae (CPKp) represents a major public health issue. While a few novel antibiotics are now available to curb with this problem, colistin remains a last resort antibiotic, especially in Low and Middle income countries were newer molecules are not available. Here we investigated an outbreak of K. pneumoniae co-resistant to carbapenem and colistin (CCRKp) at an University hospital in Tunisia from January to June 2023. 

Materiels
Isolates were characterized by BMD susceptibility testing, NG-Test Carba5 LFIA, Carba NP test, plasmid analysis, and by WGS that allowed MLST, genetic relatedness and resistome characterization. 

Resultats
During the study period, 263 clinical K. pneumoniae isolates were collected, among which 38,4% (n=101) were carbapenem resistant (CRKp) and 12.9% (n=34) were carbapenem and colistin resistant. Twenty one isolates 21 could be recultered and screened Using NG-Test Carba5, 12 were OXA-48-like and NDM-like coproducers.
These 12 isolates came from patients hospitalized in different wards with several comorbidities.These isolates were pandrug resistant and remained susceptible only to Apramycin, Atm-Avi, molecules not available in Tunisia.Ten patients were treated with broad-spectrum antibiotics including colistin and imipenem, and among all 9 of them died. WGS sequencing of these 12 isolates revealed in addition to the co-production of OXA-48 and NDM-5, 9/12 harboured blaCTX-M-15, blaTEM-1C, and all of them showed aminoglycoside resistance genes (aac(6')-Ib,aph(3')-VI, armA), mutations in genes coding for fluoroquinolone resistance (parC, gyrA and qnrS1).The resistome was in accordance with the antibiotic susceptibility testing results. In addition several mutations in genes known to be involved in colistin-resistance such as mgrB, pmr and phoPQ operons are likely at the origin of colistin resistance. Genetic relatedness revealed that these isolates belonged to three STs: ST 101 (n=5), ST147 (n=3) and ST 383 (n=4) thus suggesting multi-clonal outbreak

Conclusion
The spread of CCRKp represents a major issue for countries with limited therapeutic options against CPEs. Major efforts are needed in infection control and availability of novel molecules in LMICs to restore safe conditions in hospitals

Mots cles
WGS, resistome, OXA-48, NDM-5, colistin-resistance, mgrB, BasR, BasS, phoP phoQ

Objectif - Introduction
Toutes les espèces appartenant au complexe Enterobacter cloacae (CEC) hébergent un gène chromosomique inductible, blaAmpC, codant pour la céphalosporinase AmpC. Chez les souches de CEC hyper-productrices d’AmpC, un effet inoculum par hydrolyse des β-lactamines a été montré mais pas chez les souches présentant un phénotype sauvage (WT). De plus, cet effet est non évalué lors de la détermination des CMI basée sur un inoculum standard (5.105 UFC/mL). Notre objectif a donc été de déterminer si la présence ou non de ce gène ampC ou de ses régulateurs participaient dans ce mécanisme de résistance associé à l’effet inoculum.
 

Materiels
La souche E. cloacae ATCC 13047 (phénotype WT) et 3 mutants isogéniques ΔampC, ΔampR (régulateur transcriptionnel local d’ampC) et ΔampG (perméase pour les fragments impliqués dans la régulation d’ampC) ont été utilisées. La détermination de l'effet d'inoculum a été effectuée un utilisant une gamme sériée d’inocula allant de 2.108 UFC/mL à 5.105 UFC/mL. La détermination des CMI de pipéracilline/tazobactam (PTZ), céfépime (FEP), méropénème (MEM), imipénème (IMP), ertapénème (ERT) et ceftazidime/avibactam (CZA) a été réalisée en triplicat par microdilution en milieu liquide. L’effet inoculum a été défini comme une augmentation de la CMI par un facteur ≥8 pour un inoculum de 5.107 UFC/mL.
 

Resultats
La souche ATCC 13047 exprimant AmpC présentait un effet inoculum pour toutes les molécules testées à partir de 5.106 UFC/mL pour TZP, 107 UFC/mL pour ERT, IPM, MEM et 5.107 UFC/mL pour FEP et CZA. Pour les mutants isogéniques (?ampC, ?ampR et ?ampG), aucun effet inoculum n’a été observé en dessous de 5.107 UFC/mL mais uniquement à partir de 108 UFC/mL, soit une concentration bactérienne 10 à 100 fois supérieure par comparaison à la souche de référence, à l’exception de FEP. Pour cette molécule, l’effet inoculum était observé pour ATCC 13047 et les 3 mutants isogéniques à 5.107 UFC/mL.

Conclusion
L’expression d’AmpC contribue activement à l’effet inoculum de la souche ATCC 13047, ce qui pourrait être étendu aux autres membres du CEC. Les gènes impliqués dans la régulation d’ampC (i.e. ampR et ampG) contribuent également à la modulation de cet effet. Un traitement modulant directement ou indirectement l’expression d’ampC pourrait être une alternative thérapeutique intéressante pour le traitement des infections à fort inoculum dues à CEC.

Mots cles
E. cloacae, effet inoculum, ampC.

Objectif - Introduction
The rise in carbapenemase-producing bacteria (CPB) is becoming a significant concern in healthcare facilities, as limited treatment options contribute to higher mortality rates.
The aim of this study was to investigate the presence of antibiotic resistance genes (ARGs) within priority pathogens, while also analysing plasmids carrying and transferring these genes between bacteria.

Materiels
In total, we studied 44 CPB isolates with indicative phenotype, confirmed by multiplex PCR, collected from patients and environment during major outbreaks in Portuguese hospitals. Species identification was conducted using MALDI-TOF, and genomic characterization was carried out by whole-genome sequencing using Illumina NextSeq and Nanopore MinION platforms. Bioinformatics analysis involved the concatenation of FASTQ file obtained from Illumina and Nanopore. The quality of the assembly was confirmed, and ARGs and plasmids were identified using bioinformatics tools.

Resultats
All identified isolates (13 Klebsiella pneumoniae, 2 K. variicola, 1 K. quasipneumoniae, 1 K. oxytoca, 9 Enterobacter hormaechei, 4 E. cloacae, 2 E. asburiae, 2 E. roggenkampii, 4 Citrobacter freundii, 2 Raoultella ornithinolytica, 1 Serratia nevei, 1 Escherichia coli, 1 Pantoea eucrina, 1 Aeromonas caviae) carried the bla_VIM-1 gene. Four isolates had bla_VIM-1 chromosomally encoded, 37 harbored bla_VIM-1 on a plasmid and in three cases the origin of the gene could not be identified; mcr-9.1 gene was detected in four isolates, among which one E. asburiae harbored mcr-9.1 and bla_VIM-1 on the same plasmid, and mcr-10.1 on another. Additional carbapenem-resistance genes were identified, including plasmid-encoded bla_OXA-181 (3 isolates), bla_IMP-2, bla_KPC-3, bla_NDM-1 and bla_NDM-5. Extended-spectrum β-lactamases included bla_CTX-M-15 (11 isolates), bla_SHV-12 (3), and bla_SHV-27 (1). All isolates carried sul1 genes and either qnrS or qnrB types; most isolates had variants of the tet gene, along with other ARGs.

Conclusion
This study suggests an increased risk of intra- and inter-species dissemination of CPB in Portuguese hospitals due to the predominance of plasmid-encoded genes with high identity between isolates. The identification of multiple ARGs, to last resort antibiotics, across various species highlights the urgent need for effective infection control measures

Mots cles
Carbapenemase-producing bacteria, VIM β-lactamase, Plasmid dissemination, outbreak

Objectif - Introduction
The spread of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) creates a public health threat. Three classes of carbapenemases are incriminated: classes A (mainly KPC), B (MBL) and D (related OXA-48). Their detection makes it possible to guide the results of antibiograms, confirmation tests and treatment. Expertise rules (BIOARTTM system) associated with VITEK®2 in addition to the AESTM expertise system, were evaluated to detect these classes using commercial AST cards containing key markers (ceftazidime-avibactam (CZA), meropenem+/-vaborbactam (MEM, MEV) and imipenem+/-relebactam (IPM, IPR)).

Materiels
Three groups of expert rules were defined based on the MICs of marker antibiotics for 3 types of carbapenemases (KPC, MBL, OXA-48 like) and applied to a system with AESTM 9.04. A total of 90 CPE (40 Class A (31 KPC, 7 SME, 2 NMC-A), 29 Class B (4 IMP, 7 VIM, 18 NDM including 1 associated with an OXA-48 like), 22 Class D (22 OXA-48 like including 1 associated with an NDM)), and 40 carbapenem resistant by impermeability strains, characterized by PCR or sequencing, were assessed using the MICs obtained with VITEK®2 (AST-N439 or AST-N812+XN33). Sensitivity (overall and single choice), and specificity were calculated for each phenotype.

Resultats
The detection sensitivity (overall and single choice) and specificity, are presented in the table below.
Performances are similar between the 2 AST card configurations. Sensitivities and specificities are greater than or close to 90% for all classes. For MBLs, sensitivity as a single choice would make it possible to frequently dispense with confirmation tests via the elimination of resistance by impermeability. The low sensitivities at single choice for KPC and OXA-48 are mostly due to the low discrimination with the carbapenem resistant impermeability phenotype.


 

Conclusion
The introduction of new antibiotics in VITEK®2 cards permit to screen carbapenemase classes without requiring additional tests. The results being simultaneous with the antibiogram, allows suppression of imipenem+relebactam and meropenem+vaborbactam results for isolates producing MBL or OXA-48 in accordance with the CASFM 2024 recommendations.

Mots cles
CARBAPENEMASE, KPC, MBL, OXA-48, VITEK®2, AES, screening

Objectif - Introduction
Multidrug-resistant (MDR) Pseudomonas species are major causes of life-threatening infections in severe burn victims. Carbapenem resistance in these bacteria is often linked to OprD2 mutations and production of carbapenemases, particularly class B. This study aimed to identify the genetic factors behind carbapenem resistance in a clinical Pseudomonas isolate from the blood of a 10-year-old girl, five months after she sustained extensive third-degree burns due to high-voltage electrocution.

Materiels
Ceftazidime- and carbapenem-resistant presumptive P. aeruginosa (CCRPa) isolates collected between January 2019 and March 2023 from a teaching hospital in Sousse, Tunisia, were analyzed using PCR and NG-Test Carba 5 lateral flow immunochromatography (LFIA) to detect major carbapenemases (KPC, OXA-48-like, NDM, VIM, IMP). Positive isolates underwent antibiotic susceptibility testing and whole-genome sequencing (WGS) for resistome and multilocus sequence typing (MLST) analysis. Additional genetic studies were conducted through electroporation, mating-out assays, and long-read WGS.

Resultats
In total, 1,006 presumptive P. aeruginosa isolates were identified, with 10.8% (109) being CCRPa. The majority (86.2%) exhibited extensively drug-resistant phenotypes and were mainly isolated from ICU and surgical patients. NG-Test Carba 5 detected carbapenemases in five isolates: four with VIM-like enzymes and one with OXA-48-like. WGS confirmed the presence of VIM-2 or VIM-5 in four P. aeruginosa isolates and identified an OXA-204-producing Pseudomonas guariconensis (OXA-204-Pg) isolate. The OXA-204-Pg strain showed resistance to nearly all antibiotics except colistin and cefiderocol, with a resistome comprising multiple acquired resistance genes.
 

Conclusion
This study is the first to describe an OXA-204-producing Pseudomonas species, underscoring the potential for OXA-48-like carbapenemases to spread to non-fermenters and highlighting the effectiveness of LFIA for initial carbapenemase screening in such bacteria.

Mots cles
Pseudomonas sp., OXA-204, CMY-4, Burn-Unit.

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
AAC(6’)-Ib-cr gene, amikacin resistance, ESBL, pediatric urinary tract infections 

Objectif - Introduction
La diffusion de l’antibiorésistance en Afrique est un problème de santé publique majeur, pour lequel le rôle des réservoirs extra-humains est peu connu. Notre objectif est d’étudier la diffusion des entérobactéries productrices de β-lactamase à spectre élargi (E-BLSE) entre des patients d’un centre de santé au Bénin et les animaux vivant autour de leur domicile par l’étude de la clonalité entre les souches isolées, peu démontrée à ce jour. Un typage moléculaire des souches des patients montrait une hétérogénéité importante.

Materiels
Après dépistage du portage digestif humain d’E-BLSE chez les patients du centre (56/61 ; 92%), 10 à 15 selles animales ont été échantillonnées dans le quartier de 16 d’entre eux sélectionnés. Après ensemencement sur milieux gélosés sélectifs, un test phénotypique de confirmation par disques combinés, une identification bactérienne par spectrométrie de masse MALDI-TOF et un antibiogramme ciblé ont été réalisés. Les souches d’Escherichia coli (E.coli) de 10 binômes patients/quartiers investigués ont ensuite été séquencées pour analyse génomique et phylogénétique.

Resultats
La prévalence de la colonisation animale par E-BLSE était de 69,7% (150/215). Un total de 94 souches d’E.coli ont été séquencées (animaux n=84 ; homme n=10). Les génomes séquencés avaient en médiane 2 gènes codant pour des BLSE avec une majorité de bla_CTX-M (100% des souches, n=94) ainsi que 5 gènes de résistance pour d’autres classes d’antibiotiques avec une résistance aux quinolones prédominante (90,4% des souches ; n=84) sans différence entre les souches humaines et animales. Une grande diversité a été observée avec 46 Sequence Type (ST) observés, dont le ST3580 était le plus fréquent (13,2% ; n=12) et isolé chez des souches humaines et animales. Vingt-trois souches clonales ont été identifiées au sein de 9 clusters sans lien direct homme/animal. Des souches clonales étaient cependant observées chez des espèces animales différentes ainsi que des quartiers différents suggérant une diffusion à large échelle.

Conclusion
Il existe une contamination humaine et animale massive à E-BLSE en Afrique de l’Ouest sans dissémination directe entre les 2 groupes, suggérant un rôle du secteur environnemental dans la sélection avec des concentrations résiduelles d’antibiotiques et/ou dans la contamination/transmission par des gènes de résistance.

Mots cles
Epidémiologie / Antibiorésistance / One Health / BLSE

Objectif - Introduction
Nous décrivons l’investigation épidémiologique et moléculaire d’une épidémie multi-espèces d’entérobactéries productrices de carbapénèmase (EPC) survenue en 2022 dans un service de chirurgie. La persistance de l’épidémie et la diversité des espèces et carbapénémases rencontrées nous ont poussé à explorer l’hypothèse d’un réservoir environnemental combiné à des échanges de plasmides de résistance entre espèces.

Materiels
Dix-huit souches d’EPC issues du dépistage des 9 patients impliqués dans cette épidémie ont fait l’objet d’un séquençage génomique complet (Illumina). La recherche d’EPC dans l’environnement abiotique du service (19 siphons de douche) a détecté 32 souches dont 30 ont pu être séquencées. Les séquences chromosomiques des souches ont été comparées deux à deux. Un lien épidémique récent entre deux souches est confirmé si leurs séquences présentent moins de 15 variants nucléotidiques (SNPs). Les gènes de résistance sont analysés avec AMRFinderPlus, les plasmides typés avec MOB-Suite.

Resultats
Parmi les paires de souches de dépistage et d’environnement présentant moins de 15 SNPs de distance génétique, une paire implique des isolats de dépistage EPC, évoquant une transmission croisée entre patients ; deux paires impliquent chacune un isolat de dépistage EPC et un isolat environnemental, évoquant une transmission environnementale ; et quatre paires impliquent uniquement des isolats environnementaux. E. coli et K. pneumoniae sont préférentiellement retrouvées dans les dépistages EPC, E. cloacae complexe et C. freundii complexe préférentiellement dans l’environnement. L’analyse des plasmides montre une grande diversité dans les gènes de résistance. Une comparaison phylogénétique des plasmides permettrait d’apporter de nouveaux arguments pour étayer les hypothèses de transmission.

Conclusion
Nous avons documenté la coexistence, au cours d’un même évènement épidémique, de transmissions impliquant à la fois l’environnement humide et les patients dépistés. La diversité de plasmides et d’espèces d’EPC suggèrent la présence d’un réservoir persistant dans l’environnement humide des chambres. Nous soulignons l’importance de développer des outils d’intégration des données de localisation dans le service et de séquençage pour aboutir à une investigation efficiente au plus près d’une épidémie.

Mots cles
épidémie, EPC, réservoir, environnement, séquençage NGS, plasmide

Synoptique

Effectifs des souches séquencées

EPC environnementales

Caractéristiques plasmidiques

Objectif - Introduction
La lutte contre l’émergence et la diffusion des bactéries multi-résistantes (BMR) et hautement résistantes (BHRe) aux antibiotiques est une priorité de santé publique. Dans notre région, une veille génomique est assurée par la cellule régionale d’épidémiologie génomique, la CREM. Le développement de la génomique bactérienne, favorisé par l’apparition du Next-Generation Sequencing (NGS) permet désormais l’étude des souches bactériennes à l’échelle du nucléotide. Parallèlement, les outils de data-visualisation (DV) se sont développés depuis la pandémie de COVID-19. Notre objectif était de développer un outil de DV pour permettre aux professionnels de mieux visualiser la répartition des souches et les éventuels liens entre elles.
 

Materiels
La base de données de la CREM rassemble depuis 2019 les données de génomique des entérobactéries BMR et BHRe de 3 sources : a) les souches envoyées par les établissements de santé de la région pour l’investigation d’épidémies, b) l’ensemble des souches d’un des 2 CHU de la région, c) les souches recueillies dans le cadre d’une enquête transversale régionale réalisée dans les 3 secteurs de soins (enquête FLASH). Après consultation des biologistes et hygiénistes de la région par questionnaire, l’outil DV-CREM a été développé avec les outils R Shiny et ShinyApps.
 

Resultats
Deux onglets permettent de visualiser sous forme de tableau, de graphiques et de carte le contenu de la base de données pour les BMR (N=1128 souches) et les entérobactéries productrices de carbapénemases (N=198), avec possibilité de sélectionner le laboratoire de provenance, le gène responsable de la résistance et la période. Un autre onglet permet de rechercher un sequence type (ST) pour en voir la diffusion régionale. Un glossaire permet aux utilisateurs d’obtenir des informations sur les données génomiques présentées.
 

Conclusion
L’outil DV-CREM permet aux professionnels concernés de visualiser la répartition régionale des souches, le lien génomique entre elles. Les perspectives sont d’intégrer dans l’outil : les antibiogrammes des souches, l’identification de souches responsables de clusters épidémiques, l’épidémiologie plasmidique ainsi que les données des entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) en collaboration avec le CNR.
 

Mots cles
Antibiorésistance, Data-visualisation, génomique, épidémiologie régionale
 

Objectif - Introduction
Les éléments intégratifs et conjugatifs (ICEs) sont des éléments génétiques mobiles intégrés dans le chromosome, capables de s’exciser sous forme extra-chromosomique circulaire, de s’autotransférer par conjugaison et de se réintégrer dans un autre chromosome pour se répliquer. Ces dernières années, il a été mis en évidence que les gènes codant pour les carbapénémases chez Pseudomonas aeruginosa étaient fréquemment retrouvés sur des ICEs. L’objective de ce travail était d’analyser la mobilisation d’un ICE (ICEPa6523) et d’évaluer son rôle dans la dissémination du gène bla_IMP-13.

Materiels
Une analyse rétrospective menée entre 2010 et 2020 à Bordeaux a mis en évidence huit isolats de P. aeruginosa multirésistants par la production de la carbapénémase IMP-13, dont le gène était porté par un ICE. Des tests de conjugaison dans la souche PAO1 ont été réalisés à différents moments de la croissance exponentielle à partir d’une des souches cliniques, et les génomes des transconjugants et des isolats cliniques parentaux ont été séquencés (WGS : whole genome sequencing) par les techniques Illumina et Oxford Nanopore.

Resultats
Tous les isolats cliniques se sont révélés être des souches ST621. Les données ont révélé que bla_IMP-13 était porté par un ICEclc-like de 88589 pb avec une teneur en GC de 62% abritant 85 CDS, et qu'il était inséré au locus ARNt^Gly PA0729.1. L'ICE, nommé ICEPa6523, était identique dans les huit isolats cliniques étudiés et dans toutes les souches ST621 trouvées dans les bases de données. Les tests de conjugaison ont été fructueux mais le taux de conjugaison était très faible, environ 10^-8 transconjugants par donneur. Le WGS a montré que les transconjugants obtenus étaient variés. Ils étaient tous insérés au locus ARNt^Gly PA0729.1 de PAO1, mais les extrémités 3’ étaient différentes, donnant des ICE insérés de taille variable. Dans certains cas, le transfert de l'ICE semblait mobiliser voire échanger certains gènes parentaux adjacents situés immédiatement en aval de l'ICE.

Conclusion
En conclusion, ces résultats suggèrent que même si la propagation de bla_IMP-13 est principalement due à un clone épidémique de ST621, la mobilisation d'un élément de type ICEclc porteur de bla_IMP-13 est possible à taux faible, selon un mécanisme complexe entrainant la formation d’extrémité 3’ variable.

Mots cles
ICE, IMP-13, conjugaison, whole-genome sequencing, Pseudomonas aeruginosa

Objectif - Introduction
Grâce au projet international MAGITICS (MAchine learning for diGItal diagnosTICS of antimicrobial resistance), nous avons pu obtenir les caractéristiques phénotypiques et génomiques de 319 isolats de P. aeruginosa collectés entre 2000 et 2023 dans la région Nouvelle-Aquitaine. L’objectif était de caractériser les modifications présentes dans le gène oprD et de les corréler avec la résistance phénotypique.

Materiels
Les antibiogrammes des 319 isolats ont été réalisés en milieu gélosé MH, et les CMI déterminées par microdilution en milieu liquide pour l’imipénème. Les ADN ont été extraits avec le kit DNeasy^®PowerSoil^®Pro (Qiagen), les librairies préparées avec le Nextera XT DNA Library Preparation Kit et le séquençage effectué sur Nextseq2000 system (Illumina). L’analyse du gène oprD a été réalisée grâce à l’outil PorinPredict. Dans certains cas des PCR et un séquençage Sanger a été nécessaire pour vérifier l’organisation du gène.

Resultats
Les CMI ont montré que 51,1% des 319 isolats étaient résistants à l’imipénème (CMI > 4mg/L). Les variants OprD les plus fréquents étaient OprD_1 (33,9%) et OprD_2 (32,3%). Le gène oprD était modifié pour 140 isolats (43,9%). Les types de modification étaient surtout l’insertion d’une séquence d'insertion (IS) (35%), l’apparition d’un codon stop prématuré (16,4%) ou la délétion d’une base (16,4%). Au total 23 IS différentes ont pu être identifiées principalement insérées dans oprD_2. Parmi les 140 isolats, 11 étaient aussi producteurs d’une carbapénémase et 20 possédaient une ESAC (extended spectrum AmpC) conférant une résistance au ceftolozane/tazobactam. Hors isolats porteurs d’une carbapénèmase ou d’une ESAC, la modification du gène de la porine entrainait une résistance à l’imipénème, à l’exception d’un isolat ayant une CMI à 4 mg/L, malgré l’insertion d’une IS dans oprD_2. Par contre 15 des 20 isolats présentant une ESAC étaient sensibles à forte posologie à l’imipénème en lien avec une diminution de l’affinité de la céphalosporinase pour l’imipénème, restaurant la sensibilité de la bactérie pour cet antibiotique.

Conclusion
Ce travail nous a permis d’évaluer l’intérêt de l’outil PorinPredict pour typer le gène oprD. Cela nous a aidé à caractériser la nature et la fréquence des modifications responsables de la résistance à l’imipénème, avec une prédominance de l’insertion d’IS dans oprD_2.

Mots cles
Résistance à l’imipénème, OprD, Pseudomonas aeruginosa, WGS,  IS

Objectif - Introduction
La détection des bactéries entéropathogènes communes (Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia) par les méthodes bactériologiques standards est fastidieuse et peut parfois conduire à un rendu tardif des résultats. L’approche moléculaire est susceptible de pallier à ces inconvénients.

Materiels
Sur l’ensemble des selles reçues au laboratoire pour coproculture standard (examen direct+culture sur milieux sélectifs), le panel PCR UC-TIB-Gastro-BAC (Salmonella /Yersinia enterocolitica-pseudotuberculosis/ Campylobacter / Shigella) était systématiquement réalisé en parallèle sur l’automate Cobas®5800 (Roche), après mise en suspension d’environ 1mL de selle en milieu Cobas® PCR Media. En cas de discordance, une 2ème méthode de biologie moléculaire (BM) et un recueil des informations cliniques pouvaient être réalisés.

Resultats
Entre juillet et aout 2024, 122 coprocultures ont été réalisées. En culture standard, 1 Shigella sonnei et 4 Campylobacter jejuni ont été retrouvés, contre 5 Shigella spp/EIEC et 11 Campylobacter spp en BM. Toutes les selles positives en culture étaient positives en PCR.Parmi les résultats discordants (BM positive et culture négative) pour Shigella spp/EIEC et Campylobacter spp, respectivement 2/4 et 3/7 ont été confirmés par une autre méthode de BM. Les discordants restants (2/4 Shigella spp/EIEC et 4/7 Campylobacter spp) présentaient une faible quantité d’ADN initiale (CT>35), un résultat non reproductible (PCR négative lors d’un deuxième passage) et un contexte clinique peu évocateur de diarrhée aigue bactérienne.
 

Conclusion
Cette étude confirme la bonne sensibilité du panel Cobas® UC-TIB-Gastro-BAC pour la détection des entéropathogènes communs. Sa facilité d’utilisation et la rapidité de rendu de résultats en font un test fiable pour le diagnostic en routine de ces infections. La pertinence clinique des résultats faiblement positifs (CT entre 35 et 40) reste à définir pour fixer un seuil d’interprétation.
 

Mots cles
Salmonelle, Shigelle, Campylobacter, Cobas, selles
 

Objectif - Introduction
Les gastro-entérites (GEA) infectieuses peuvent avoir une étiologie bactérienne, virale et/ou parasitaire sans que les signes cliniques permettent un diagnostic de certitude.
Aux Hospices Civils de Lyon (HCL), le diagnostic des GEA et la détection de Clostridium difficile (CD) sont réalisés à l’aide des 3 panels EBP, EVP et CD sur le système BD MAXTM (BD) au choix des cliniciens pouvant induire un risque de sous-diagnostic. Centralisés au sein de l’Institut des Agents Infectieux (IAI) pour l’ensemble des HCL, le délai moyen de résultats (TTR) est proche de 10-12h bien que réalisé 24h/24 grevant toute valeur médicale pour le patient des services d’urgences. Ce travail a pour but de comparer les apports médicaux et organisationnels d’une PCR syndromique QIAstat-Dx (QIAGEN, QS) par rapport à BD.

Materiels
Le test GI sur QS détectant 2 cibles bactériennes et 4 cibles parasitaires supplémentaires a été réalisé sur une collection de 163 selles (44% de positifs) sur lesquelles au moins 1 panel BD avait été prescrit. En cas de discordance, une nouvelle analyse a été effectuée sur l’analyseur pris en défaut. Le TTR est calculé sur la différence entre l’heure d’enregistrement et l’heure de validation des résultats dans le système informatique du laboratoire (GLIMS).

Resultats
Avec 5 tests invalides (3%), le QS a permis la détection de 26 cibles infectieuses non recherchées par la prescription initiale sur 19 (11%) prélèvements différents : 2 CD, 1 Campylobacter spp, 7 EAEC, 11 EPEC, 2 Cryptosporidium spp et 3 Giardia spp. Par rapport à BD, 15 discordances ont été détectées avec QS (Tableau 1). Sur 30 échantillons (i.e. volumétrie moyenne journalière à l’IAI), le test QS a permis de gagner 2 heures 18 (+/-43) min sur le TTR par rapport au BD dans notre organisation (Tableau 2).

Conclusion
Comparé à la combinaison de 1 à 3 panels du BD, le test syndromique QS montre des performances supérieures à iso-cibles et permet la détection d’étiologies supplémentaires à la GEA. Bien qu’unitaire, il est également plus praticable (facilité d'utilisation, interprétation automatisée des courbes) et efficient permettant un gain d’au moins 2h sur le TTR se rapprochant de la durée moyenne de séjour aux urgences (8-10h).

Mots cles
PCR multiplex, GEA, microbiologie 24/24, Qia-Stat, BDMax, Selles

*co-premiers auteurs

Objectif - Introduction
La prise en charge des infections respiratoires basses (IRB) en milieu de réanimation est difficile et compliquée par la diversité des pathogènes. Le pronostic dépend étroitement de la rapidité de la mise en place d’une antibiothérapie adaptée.Evaluer l’apport du Panel BioFire® FilmArray® Pneumonia Panel plus (BPPP) (Biomérieux) détectant 27 agents pathogènes impliqués dans les IRB et 7 marqueurs de résistance aux antibiotiques en une heure environ avec un résultat semi-quantitatif pour les 15 bactéries, dans la prise en charge des IRB en comparaison à la culture conventionnelle

Materiels
Etude rétrospective incluant 44 patients hospitalisés au service de réanimation et ayant bénéficié du panel PBPP conjointement à la culture conventionnelle. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée selon les normes du CA/SFM

Resultats
44 patients ont fait l’objet de cette étude avec un Sex-ratio H/F= 1,8. Les critères d’inclusion étaient la pneumopathie hypoxémiante dès l’admission ou l’aggravation de la fonction respiratoire malgré une antibiothérapie à large spectre. Le BPPP était négatif pour 20%. Pour les 35 autres cas, le panel a permis de détecter 77 bactéries, 17 virus et 44 gènes de résistance. Les bactéries les plus détectées étaient A.baumannii (16) suivis de P.aeruginosa (11), K. pneumoniae (11) et S.aureus (11). Le virus le plus détecté était Human Rhinovirus/Enterovirus. Le résultat fourni par le BPPP a permis une adaptation précoce de l’antibiothérapie dans plus de 50% des cas. En comparaison à la culture standard, le BPPP a permis de détecter 77 bactéries contre 26 détectées par la culture dénotant de son intérêt dans le diagnostic des IRB décapitées. Deux bactéries ont été détectées uniquement par la culture: Burkholderia cepacia et Achromobacter xylosoxidans qui ne sont pas incluses dans le BPPP. Le seuil de détection des bactéries était concordant dans 75%. La concordance entre les gènes de résistance et la résistance phénotypique était de 76%

Conclusion
Le BPPP est un outil précieux dans la détection des pathogènes respiratoires permettant un diagnostic non seulement rapide mais aussi étiologique des IRB décapitées avec une détection conjointe des agents pathogènes viraux et bactériens. Malgré son coût élevé, son utilisation s’avère pleinement justifiée dans la prise en charge des IRB sévères

Mots cles
Panel BioFire®FilmArray®Pneumonia Panel plus,culture conventionnelle

Objectif - Introduction
La colonisation pulmonaire des nouveau-nés prématurés par des mycoplasmes du genre Ureaplasma a été associée à un risque majoré de développer une dysplasie broncho-pulmonaire. Les méthodes de détection actuellement utilisées sur secrétions trachéales reposent sur la culture qui présente certains désavantages : rendu de résultat retardé, spécificité médiocre ou difficulté de lecture. Le but de cette étude était de comparer un automate de PCR rapide aux résultats de la culture.

Materiels
33 prélèvements d’aspirations trachéales chez des enfants âgés de 0 à 89 jours (médiane 9 jours) hospitalisés en réanimation néonatale à l’hôpital Robert-Debré entre 2021 et 2024 ont été analysés en culture sur milieu solide (A7) et milieu liquide (Galerie Mycoplasma DUO, Bio-Rad) ainsi que par PCR rapide avec le kit sSPRT™ STI Panel sur l’automate FlashDx pour la détection de mycoplasmes urogénitaux (Ureaplasma et Mycoplasma hominis). Les prélèvements avaient été mélangés par le service avec du milieu de transport pour recherche de mycoplasmes (Milieu de suspension-transport, Bio-Rad) avant analyse sauf pour 3 prélèvements.

Resultats
Sur les 33 prélèvements, 14 étaient positifs en PCR Ureaplasma dont 3 également positifs en PCR M. hominis. La PCR était valide sur les prélèvements prétraités (addition de milieu de transport) ou sans additif (2 PCR négatives et une PCR positive) ou sur UTM.
Les 14 positifs en PCR Ureaplasma, étaient tous positifs en culture.
Sur les 3 également positifs en PCR M. hominis la culture ne retrouvait M. hominis que dans 2 cas.
Sur les 19 négatifs en PCR, la culture était négative dans 12 cas et contaminée (ininterprétable) dans 7 cas.
Le résultat était obtenu en 54 minutes par PCR et en 48-72 h par la culture.

Conclusion
La PCR FlashDx STI, sur aspiration trachéale pure ou additionnée de milieu de transport, permet un diagnostic plus fiable que la culture (ininterprétable car contaminée dans 21% des cas), en <1h, de colonisation respiratoire par Ureaplasma. Les désavantages sont le prix (~30€ le test) et l’absence de marquage IVD. Le traitement par azithromycine en cas de colonisation par Ureaplasma des voies respiratoires pourrait être remis en cause. L’intérêt du diagnostic reste à discuter si d’autres thérapeutiques s’avéraient utiles pour limiter le développement d’une dysplasie broncho-pulmonaire.

Mots cles
Ureaplasma, PCR automatisée, nouveau-né, dysplasie bronchopulmonaire

Objectif - Introduction
La coproculture peut représenter un défi technique pour les laboratoires. Certaines techniques PCR permettent une recherche spécifique plus rapide que la coproculture. L’objectif de cette étude est d’évaluer en routine la PCR GI Bacterial PLUS ELITe MGB® Kit, Elitech® (PCR GI).
 

Materiels
Etude prospective de mai à juin 2023 avec inclusion de toutes les coprocultures.
Réalisation de la PCR GI à partir de selles en milieu fecal Swab (Copan®) en plus de la méthode de routine qui repose sur la culture sur milieux Hektoen (Biomérieux®), Campylobater (Biomérieux®), Yersinia CIN (Biomérieux®), enrichissement sur sélénite (Biomérieux®) et milieu ChromID Salmonella (Biomérieux®).
Les selles avec recherche spécifique de C. difficile n’ont pas été incluses dans l’étude.

Analyse des résultats par agent bactérien et calcul des performances de la PCR.
 

Resultats
Cent trente neuf coprocultures ont été réalisées.
Trente et une PCR étaient positives avec 12 C. difficile, 11 Campylobacter, 4 Salmonella, 2 Shigella et 2 Yersinia. La culture a permis d’identifier 4 Salmonella, 2 Shigella et 1 Yersinia. 
La 2ème Yersinia identifiée par PCR a été retenue comme un faux positif. Uniquement cinq Campylobacter ont été identifiés en culture.

L’étude des 12 selles positives à C. difficile en PCR a permis de confirmer 4 selles comme positives avec GDH et toxine A/B +, 7 selles comme douteuses initialement GDH+/toxines - mais positives en PCR Xpert® C. difficile et 1 selle négative en GDH/toxines/PCR Xpert® C. difficile considérée comme un faux positif de la PCR GI.
Enfin, 1 Plesiomonas shigelloides a été identifié en culture puis par PCR spécifique. La sensibilité, spécificité, VPN, VPP et le coefficient Kappa de la PCR GI, en excluant les C. difficile non recherchés initialement (n=127) sont respectivement de 95,8%, 93,2%, 77,7%, 98,9% et 0,88.

Conclusion
Les données de cette étude permettent de conclure aux bonnes performances globales de la PCR GI avec une performance équivalente à la culture pour les Salmonelles, Shigelles, Yersinia et une performance supérieure à la culture pour les Campylobacter.
La PCR GI a permis de détecter 12 C. difficile alors qu’aucune recherche spécifique n’avait été prescrite.  En terme de performance pour C. difficile, la PCR GI est équivalente à la stratégie classique avec cependant un faux positif.

 
 

Mots cles
Coproculture
GI Bacterial PLUS ELITe MGB® Kit

 

Objectif - Introduction
Faire une revue des valeurs de Ct en cas de détection moléculaire des bactéries entéropathogènes : Campylobacter (Cam), Salmonella spp. (Sal), Shigella/EIEC (Shi), Yersinia enterocolitica (Yer), Vibrio spp. (Vib) et Aeromonas (Aer).
Etudier la rélation potentielle entre la valeur du Ct et l'âge pour chaque cible détectée.
Evaluer l’association entre la valeur de Ct et le résultat de la culture orientée en cas de positivité des cibles Sal, Shi, Yer et Vib. Le laboratoire n'ensemence pas les échantillons en cas de détection des cibles Cam et Aer (prestation de conseils).

Materiels
Etude rétrospective entre le 01/07/ 2020 et le 30/06/2024 des données de la qPCR multiplex (réactif Allplex GI-Bacteria(I) Assay) et des résultats (négatif/positif) de la culture orientée en cas de détection d’une des cibles suivantes :  Salmonella spp. (Sal), Shigella/EIEC (Shi), Yersinia enterocolitica (Yer) et Vibrio spp. (Vib).

Resultats
81727 tests réalisés : 8,8% de positifs avec au moins 1 cible détectée (n=9727).
Une seule cible détectée dans 96 % dans cas : Cam (64.4%), Aer (16,7%), Sal (7,4%), Shi (7,7), Yer (4.2%) et Vib (1,2%). La valeur de Ct moyenne se situe entre 30 et 35 sauf pour Vib (29,61) et Aeromonas (39,27) (Fig. 1)
La valeur du Ct tend à augmenter avec l’âge pour les cibles Cam et Yer et a diminué pour la cible Sal. L'âge est sans influence pour les autres cibles (Fig. 2).
En cas de culture orientée positive, la valeur moyenne du Ct est significativement plus basse qu’en cas de culture négative (4 à 10 Ct selon la cible) mais aucune valeur seuil ne permet de prédire un résultat de culture négatif sauf la cible Shi : Ct ≥ 37 (Fig. 3).

Conclusion
La valeur moyenne du Ct tend à augmenter avec l’âge pour les cibles Cam et Yer et a dimuné pour la cible Sal alors qu'elle reste globalement stable pour les autres cibles, quel que soit la tranche d'âge considérée.
La valeur du Ct ne permet pas de prédire le résultat de la culture sauf pour la cible Shi : la culture est toujours négative en cas de Ct supérieur ou égal à 37.
 

Mots cles
qPCR multiplex – Bactéries entéropathogènes - Culture

Figure 1. Détection d'une cible unique : répartition des valeurs de Ct (valeur moyenne ± écart-type)

Figure 2. Répartition des valeurs de Ct selon l'âge en fonction de la cible

Figure 3. Répartition des valeurs de Ct selon le résultat de la culture (positif/négatif) en fonction de la cible

Objectif - Introduction
Notre étude visait à évaluer les performances cliniques du kit AMPLIQUICK® Fecal Bacteriology du laboratoire Biosynex pour la détection des bactéries entéropathogènes dans les cas de diarrhées aiguës communautaires.

 

Materiels
Dans cette étude, 194 échantillons de selles ont été inclus rétrospectivement et 207 prospectivement, portant ainsi le nombre total d’échantillons testés à 401. Parmi les 194 échantillons rétrospectifs, 181 provenaient du CHU de Bordeaux et 13 d’une précédente étude. Pour les 207 échantillons prospectifs, 143 provenaient de la routine du CHU de Bordeaux et 64 d’un laboratoire privé de la région bordelaise.
Tous ces échantillons avaient été analysés par PCR multiplex syndromique, utilisant soit le kit BDMax panel standard (Becton Dickinson) soit le kit Allplex GI-Bacteria(I) Assay (Seegene).
En cas de discordance des résultats obtenus par technique AMPLIQUICK® Fecal Bacteriology avec les résultats attendus, les échantillons ont été retestés à l'aide des kits Seegene Gastrointestinal panel 1 et 2 ou par des PCR ciblées.
 

Resultats
Sur les 401 échantillons, 190 étaient attendus positifs à Campylobacter sp (C. jejuni ou C. coli), 48 à Salmonella spp, 39 à Shigella spp/EIEC, 21 à Yersinia enterocolitica, 30 à E. coli Stx-pos et 64 étaient attendus négatifs. Neuf autres échantillons étaient soit positifs à d’autres entéropathogènes (Pleisiomonas, Vibrio spp et C. difficile) soit positifs à 2 entéropathogènes.
Seules 4 discordances (3 échantillons) ont été répertoriées sur AMPLIQUICK® : 1 faux positif à ETEC, 1 faux négatif à EHEC et 1 à la fois faux positif Salmonella spp et faux négatif EHEC.
Globalement pour Campylobacter spp, Salmonella spp, Yersinia, C. difficile, Aeromonas spp, ECEH, EPEC, EAEC et Shigella spp, les sensibilités et les spécificités allaient de 99 à 100%. Les sensibilités et spécificités des C. difficile hypervirulent, toxine cholérique, Vibrio spp, ETEC et Pleisiomonas shigelloides non pas pu être calculées faute de cas positifs suffisants.
 

Conclusion
Le kit BIOSYNEX AMPLIQUICK® Fecal Bacteriology permet en une seule PCR le criblage complet des principales bactéries des infections gastrointestinales avec une excellente performance clinique, ce qui en fait un outil fiable pour le diagnostic rapide des gastro-entérites bactériennes en pratique courante.
 

Mots cles
Ampliquick - Selles –PCR syndromique- Entérophathogènes

Objectif - Introduction
K. kingae (Kk) est la première espèce bactérienne responsable d’arthrite septique (AS) chez l’enfant entre 4 mois et 3 ans. La culture du liquide articulaire (LA) présente un faible rendement (10-20%) et la méthode diagnostique recommandée est la PCR. Les AS à Kk ont une évolution rapidement favorable sous amoxicilline. Un diagnostic rapide permet d’adapter l’antibiothérapie et de raccourcir éventuellement la durée de l’antibiothérapie et de l’hospitalisation. En cas de PCR négative, l’antibiothérapie probabiliste pourra être stopper rapidement sous certaines conditions.
Objectif: Evaluer les performances du kit Biofire joint infection panel de Biomérieux sur la détection de Kk dans les LA de l’enfant.

Materiels

les LA d’enfants suspects d’AS à l’hôpital Robert Debré et stériles ont été testés prospectivement en parallèle avec le kit Biofire et la PCR du LBMR. Le kit Biofire détecte les principaux pathogènes responsables d’AS dont Kk en une seule étape de préparation d’une cassette en ~2 min et un résultat obtenu en ~1heure. La technique du LBMR comporte une extraction sur automate Qiagen EZ1 (DNA tissue kit) puis une amplification à l’aide du kit King-U de Progénie sur thermocycleur CFX96 de BIORAD. Des dilutions sériées d’échantillon et de suspension d’une souche ATCC ont également été testées.
 

Resultats
33 LA d’enfants de 7 mois à 5 ans ont été inclus du 09/2022 au 04/2024. 9 avaient une PCR LBMR négative et une PCR BioFire négative. 24/33 (68%) avaient une PCR LBMR positive mais 5/24 (21%) avaient une PCR BioFire négative. Ces 5 PCR BioFire faussement négatives avaient des CT élevés en PCR LBMR (CT>33). La réalisation des PCR sur des dilutions sériées d’échantillon ou de solution de souche de Kk ATCC a confirmé la moindre sensibilité du Kit BioFire® par rapport à la PCR LBMR lorsque le CT est >33.

Conclusion
En cas de test positif, le Kit BioFire® permet un diagnostic spécifique rapide des d’AS à Kk conduisant à une adaptation de l’antibiothérapie précoce. Toutefois en raison d’une sensibilité imparfaite (79%), une PCR négative ne permet pas d’éliminer ce diagnostic. Une approche en 2 temps, par BioFire puis, en cas de résultat négatif, par PCR spécifique, serait une option mais pourrait être limitée par le volume de liquide articulaire disponible et le surcoût.

Mots cles
arthrite septique, pédiatrie, Kingella kingae, PCR

Objectif - Introduction
Suite à la mise en place au laboratoire d’une PCR multiplex (PCRm) ciblant les bactéries entéropathogènes courantes nous avons étudié son apport diagnostique et les facteurs influençant la discordance entre les résultats de la PCRm et ceux de la coproculture conventionnelle.

Materiels
Etude prospective monocentrique incluant les échantillons de selles analysés pour coproculture dans notre CH, sur 14 mois.
Une PCRm (panels enteric et extended bacterial, BDMAX™) était réalisée en 1^ère intention (en journée, 5 j/7) suivie d’une mise en culture sur milieu spécifique en cas de PCR+ afin de préciser l’espèce, le sérotype et l’antibiogramme.
Pour chaque selle positive en PCR nous avons étudié la concordance PCR/culture, les valeurs de cycle seuil (C_t), le délai entre prélèvement et ensemencement et la prise d’antibiotique (ATB) avant le prélèvement.

Resultats
En 14 mois 1471 selles furent techniquées dont 159 positives en PCR pour ≥1 bactérie pathogène potentielle (moyenne de rendu du résultat : 1,02 j). Ont ainsi été identifiés 85 Campylobacter (5,8%), 26 Salmonella (1,8%), 23 E. coli shigatox+ (EHEC) (1,6%), 13 Yersinia (0.9%), 9 ETEC, 4 Vibrio et 3 Shigella, soit au final 36 germes difficilement/non cultivables (EHEC, ETEC, Vibrio) détectés en PCRm.
Parmi les 4 principaux pathogènes cultivables les résultats étaient discordants (PCR+/culture-) dans 42/127 cas (33,1%). Les facteurs associés à une culture négative malgré une PCR+ étaient une plus faible charge bactérienne dans les selles et une prise d'ATB préalable, tandis que le délai d’ensemencement ne différait pas significativement entre ces groupes (Tab.1).
Parmi les diarrhées à Campylobacter les 2 mêmes facteurs de discordance ont été retrouvés. Idem pour les Salmonelloses, bien que l’étude manque de puissance pour le facteur "antibiothérapie préalable" (Tab.2).

Conclusion
Etant plus sensible que la culture sur milieux sélectifs la PCRm offre une plus-value diagnostique réelle (42 bactéries supplémentaires identifiées malgré une culture négative). Les principaux facteurs de discordance étaient en effet une plus faible quantité bactérienne et une prise d’ATB préalable.
?Etonnamment ici le délai d’ensemencement semblait peu influer sur le résultat de la culture.
Enfin, selon notre organisation interne, la PCRm raccourcit le rendu des résultats de 24h et permet de réduire grandement le nombre de géloses ensemencées.

Mots cles
PCR multiplex
coproculture
diarrhée

Tableau 1 : Concordance des résultats parmi les infections dues aux 4 pathogènes les plus facilement cultivables (Campylobacter, Salmonella, Shigella, Yersinia).

Tableau 2 : Concordance des résultats parmi les infections dues aux 2 germes les plus fréquemment retrouvés : Campylobacter spp. et Salmonella spp.